【MOOC-生物信息学-生物数据库】
一、为什么需要生物数据库
构建？No！使用？Yes！
HIV病毒基因组：9752bp，编码9个基因；然而，人基因组：3,000,000,000bp……
生物数据库：被组织起来的大量生物数据，这些数据通过计算机可以被方便的访问、管理、更新
天文数字单位
| 中文名称 | 英文名称 | 10的几次方 | 常用 |
|---|---|---|---|
| 尧 | yotta | 24 | |
| 泽 | zetta | 21 | |
| 艾 | exa | 18 | |
| 拍 | peta | 15 | |
| 太 | tetra | 12 | √ |
| 吉 | giga | 9 | √ |
| 兆 | mega | 6 | √ |
| 千 | kilo | 3 | √ |
| 百 | hecto | 2 | |
| 十 | deca | 1 | |
| 个 | mono | 0 |
二、生物数据库的分类
生物数据库有多少？目前2000+！
著名期刊 Nucleic Acids Research（NAR）有生物数据库专刊
（内含 GenBank 和 PDB（Protein Data Bank）的最新版本数据库）
三、文献数据库—PubMed
链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
PubMed拥有超过240w的生物医学文献，来源于MEDLINE（生物医学文献数据库）、生命科学领域学术杂志以及在线的专业书籍，文献部分提供大全文链接。
高级搜索1—利用索引
格式：搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+空格+搜索词+空格+[缩写1+缩写2+……]+……
| 缩写 | 全称 |
|---|---|
| PMID | Pubmed ID |
| DP | Publication Date |
| TI | Title |
| PG | Page |
| AB | Abstracts |
| AD | Laboratory Address |
| AU | Authors |
高级搜索2—利用Advanced
无限添加条件
Tips
1.使用引号，词语合并搜索（如：“down syndrome”）
2.使用逻辑词 AND，OR，NOT（如：dUTPase [TI] AND bacteria [TI] NOT Smith [AU]）
3.使用正确的名i缩写 （如：“Abergel C”）
4.使用每一篇文章唯一的PubMed ID（如：PMID：12345678）
四、一级核酸数据库—GenBank
链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
注释
| 词条 | 记录的内容 |
|---|---|
| LOCUS | 基因座的名字、核酸序列长度、分子的类别、拓扑类型、更新日期 |
| DEFINITION | 序列的简短定义，即标题 |
| ACCESSION | 检索号（在数据库中是唯一且不变的，即使数据提交者改变数据内容） |
| VERSION | 版本号（格式是“检索号.版本编号”） |
| GI(GenInfo Identifier) | GI号（与版本号系统平行运行，一条序列改变后，将有新的GI号且版本号增加） |
| KEYWORDS | 几个关键词描述该条目（可用于数据库搜索） |
| SOURCE | 基因序列所属物种的俗名 |
| ORGANISM | 对所属物种更详细的定义，包含科学分类 |
| REFERENCE | 基因序列来源的文献（一条基因序列的不同片段可能来源于不同文献） |
| COMMENT | 自由撰写内容（如：致谢、无法归入前面的内容） |
| FEATURES | 核酸序列中各个已确定的片段区域（如：source，promotor） |
| source | 核酸序列的来源 |
| gene | 拼出完整基因所需片段的检索号以及具体位置、基因名字 |
| mRNA | 所有外显子在片段中的具体位置 |
| promoter | 启动子的位置 |
| misc_feature | 杂项 |
| RBS(Ribosome Binding Site) | 核糖体的结合位点 |
| CDS(Coding Segment) | 编码区 |
| sig_peptide | 编码用于亚细胞定位的信号肽的碱基位置 |
| mat_peptide | 编码成熟的蛋白的碱基位置 |
| exon | 当前序列所包含的外显子的位置及编号 |
| ORIGIN | 核酸序列（以“//”作为整条记录的结束符） |
关于LOCUS和ACCESSION
LOCUS相当于姓名，ACCESSION相当于学号，ACCESSION和LOCUS不一定相同
同一个人（LOCUS）在不同的学校（数据库）里可能有不同的学号（ACCESSION）
关于链接
1.FASTA：FASTA格式的核酸序列
2.Graphics：序列的图形概览
3.Send+Creat File：像PubMed文献列表一样纯文本保存整条记录
五、一级核酸数据库—Ensembl、JCVI
Ensembl—基因组数据库
http://www.ensembl.org
JCVI—微生物宏基因组数据库
http://www.jcvi.org
六、二级核酸数据库
RefSeq—参考序列数据库
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq
dbEST—表达序列标签数据库
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST
Gene—提供基因序列注释和检索服务的数据库
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
ncRNA—非编码RNA数据库
http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA
microRNA—已发表的microRNA序列和注释的数据库
http://www.mirbase.org
七、一级蛋白质序列数据库—UniProtKB
链接：https://www.uniprot.org
注释
| 词条 | 记录的内容 |
|---|---|
| Entry | 检索号 |
| Entry_Name | 检索名 |
| Function | 蛋白质功能 |
| Names & Taxonomy | 蛋白质的各种名称、所属物种及其分类学系谱 |
| Subcellular location | 蛋白质亚细胞的定位 |
| Pathology & Biotech | 蛋白质突变或缺失导致的疾病及表型 |
| PTM() / Processing | 蛋白质翻译后修饰或加工的信息 |
| Expression | 基因在mRNA/细胞中蛋白质水平上的表达或在不同器官组织中的表达 |
| Interaction | 蛋白质之间的相互作用 |
| Structure | 蛋白质二/三级结构 |
| Family & Domains | 蛋白质家族及结构域 |
| Sequences | 蛋白质的氨基酸序列 |
| Cross-references | 其他含有该蛋白质信息的数据库链接 |
| Publications | 有关这个蛋白质已发表的文献信息 |
| Entry information | 有关这条数据库记录的录入信息、免责声明 |
| Miscellaneous | 杂项 |
| Similar proteins | 在UniRef数据库里找到与该蛋白质在序列水平上相似的其它蛋白质（相似度从高到低) |
索引
八、一级蛋白质结构数据库—PDB
链接：http://www.rcsb.org
索引
九、二级蛋白质数据库—Pfam、CATH、SCOP2
Pfam—结构域家族数据库
http://pfam.xfam.org
CATH—结构分类数据库
http://www.cathdb.info
SCOP2—结构分类数据库
http://scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk/
十、 专用数据库—KEGG、OMIM
KEGG—京都基因与基因组百科全书
https://www.genome.jp/kegg
OMIM—人类孟德尔遗传在线
https://www.omim.org
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