imagej菜单栏列出了ImageJ的所有命令，它包含八个菜单：

File：基本的文件操作，包括打开、保存、创建新图片，大多数命令看名字就知道什么意思
Edit：编辑和绘制操作，以及全局设定
Image：图像显示，包括图像格式的转化、怎样显示等
Process：图像处理，包括点操作、过滤器和算术运算
Analyze：图像分析，统计测量、直方图绘制和其他与图像分析有关的操作
Plugins：创建、编辑和管理插件，列出了用户安装的所有宏、脚本和插件。
Window：已打开的窗口的选择和管理
Help：升级，文档资源和版本信息

File菜单

New新建

可以新建的东西有很多：

Image：可以指定图片的标题、类型、尺寸、初始填充。且如果Slices大于1，则创建了一个stack
Hyperstack：与Image-Hyperstacks-New Hyperstack相同
Text Window：创建一个编写宏的文本窗口
Internal Clipboard：打开ImageJ内部剪贴板中的内容
System Clipboard：打开系统剪贴板中的内容
TrakEM2：Fiji中还加入了编写TrakEM2程序
Script：Fiji中还加入了新建脚本。

Open打开

可以打开的东西也有很多：

常见图片，后缀有TIFF、GIF、JPEG、DICOM、BMP、PGM和FITS格式。也可以通过插件打开额外的后缀的图片
ImageJ和NIH的图片查询表，后缀是.lut
以制表符分割的表格，后缀是.xls和.csv
选区，后缀是.roi和.zip
文本文件，后缀是.txt、.ijm、.js和.java
其他

Open Next打开下一个

关闭当前图片，打开目录中的下一个图片（如果有的话）。按住Alt打开目录中的前一个图片（如果有的话）。

Open Samples打开样例

打开ImageJ服务器上的样例图片，可以用来测试宏、脚本、插件等。

Open Recent打开最近文件

子菜单会显示最近15个打开的文件，可以选择其中一个。

Import导入

Image Sequence

打开所选文件夹中的一系列图片作为一个stack。图片可能有不同的尺寸，也可以是任意ImageJ所支持的格式。非图片格式的文件会被忽略。

Number of Images：指定打开多少张图片
Starting image：如果设置为n，将会从文件夹中的第n张图片开始导入
Increment：增量步长，即每隔多少张图片导入
File Name Contains：填入一个字符串，ImageJ将会仅打开含该字符串的文件
Enter Pattern：可以使用正则表达式做进一步的过滤
Scaled Images：设置一个小于100的数会减少内存要求，如填入50会使得所需内存减少2525。如果勾选Use Vritual Stack后，该选项会被忽略
Convert to RGB：允许将RGB和灰度同时存在的图片全部转换为RGB。注意，如果该选项不勾选，且第一张图是8-bit，那么后面所有的图都将转为8-bit。勾选这个选项来避免这种问题。
Sort Names Numerically：勾选后，将会以数值顺序打开文件，即以1、2、..10的顺序，而不是以1、10、2..的顺序。
Use Virtual Stack：勾选后，图片将会使用Virtual Stack Opener该插件以只读Virtual Stack的形式打开。这使得太大而难以放入内存的图片的读取成为可能。

Raw

用于导入ImageJ所不支持的图片文件，需要事先知道关于该特定文件的信息，包括图片大小、与开头数据的偏移量等。

LUT

打开一个ImageJ或NIH的图片查询表，或者一个原生的表。原生的表必须是768字节大小，且包含256个红色、256个蓝、256个绿。如果事先没有图片打开，那么一个256*32的图片会创建来显示该表。

Text Image

打开一个制表符分隔的文本文件作为一个32-bit的真实图片。图片的宽度和高度是通过扫描和计算文件的单词数和行数所确定的。对于不大于255的文本文件，使用Image-Type-8-Bit来转换为8-bit图片。在转换前，在Edit-Options-Conversions中不勾选Scale When Converting，从而避免图片被缩放到0-255范围。

Text File

打开一个文本文件。也可以通过上面的File-Open或拖拽打开。

URL

通过一个URL来下载和显示图片。

Results

打开一个ImageJ表格或任意制表符和逗号分隔的文本文件。.csv和.xls文件可直接拖拽打开。

Stack From List

从一个包含一系列图片文件路径的文本文件或URL中打开stack或virtual stack。文件可以放在不同的文件夹中，但必须是相同的尺寸和类型。

TIFF Virtual Stack

打开一个TIFF格式的文件作为Virtual Stack。

AVI

使用内置的AVI reader插件打开一个AVI文件，作为stack或virtual stack。动画速度是从图片帧速率获取的。

XY Coordinates

导入一个两栏的文本文件，比如通过File-Save As-XY Coordinates所存取的选区。选区可在当前图片中显示，如果当前文件太小，则在新的空白图片中显示。活跃选区的坐标可以通过Edit-Selection-Properties中的List coordinates显示。

Close

关闭当前活动图片。

Close All

关闭所有图片。

Save

将当前活动图片存成TIFF格式。如果仅存储一个所选区域，创建一个选区，然后使用Image-Duplicate。
Save命令与File-Save As-TIFF是相同的。

Save As

将图片存储为TIFF、GIF、JPEG或原始格式。也能用来存储测量结果、查询表、选区和选区的坐标。

TIFF

TIFF是唯一一种（除了“raw”原始格式）支持所有ImageJ的数据格式（8-bit、16-bit、32-bit 浮点型和RGB）以及唯一支持空间和密度标定数据的格式。除此以外，选区和Overlay也存储在TIFF文件的header中。

GIF

将当前活动图片存储成GIF格式。在此之前，首先要将RGB图片通过Image-Type-8-bit Color转换一下格式。Stacks将被存成有动画的GIF。使用Image-Stacks-Tools-Animation Options来设定帧率。

JPEG

将当前活动图片存储成JPEG格式。通过Edit-Options-Input/Output来设置JPEG的压缩率。
当存成JPEG时，Overlay会被永久嵌入图片中。

Text Image

将当前活动图片存储成以制表符分隔的文本文件。已标定的和浮点类型的图片是用Analyze-Set Measurements所设定的Decimal places小数位数这样的精度来保存。对于RGB图片，每个像素通过三原色的平均来转成灰度，或者如果Edit-Options-Conversions中的If Weighed RGB to Grayscale Conversion勾选后，通过加权平均来转成灰度。

Zip

将当前活动图片或stack存成一个压缩的Zip格式的TIFF。

Raw Data

将当前活动图片或stack存成没有header的原始像素数据。8-bit图片存成unsigned bytes，unsigned的16-bit图片存成unsigned short，signed 16-bit图片存成signed short，32-bit图片存成float，RGB存成每像素3个字节的数据。

Image Sequence

把一个stack或hyperstack存成一个图片序列。

AVI

把一个stack或hyperstack存成AVI文件。

PNG

把当前活动图片存成PNG。

FITS

把当前活动图片存成FITS。

LUT

把当前活动图片的查询表存成文件。

Results

把“Results”窗口的内容存成制表符分隔或逗号分隔的csv文件。

Selection

把当前选区的边界存到文件中，然后稍后可以使用File-Open再导入。

XY Coordinates

把当前ROI的XY坐标存入一个两栏、制表符分隔的文本文件。ROI坐标也可以通过Edit-Selection-Properties勾选List coordinates来获得。

Revert

Revert实际的操作是：不保存而关闭窗口，重新打开图片。

Page Setup

控制输出的尺寸及其他选项。

Print

打印当前图片。

Quit

退出程序。

这里详解Edit菜单的功能。

Edit

Undo

撤销上一步操作。

Cut

将当前选区中的内容复制到内部剪贴板，然后用当前背景色填充选区。

Copy

将当前选区中的内容复制到内部剪贴板，如果没有选区，则复制整个图片。

Copy to system

将当前选区中的内容复制到系统剪贴板。

Paste

将内部剪贴板的内容（如果为空，则是系统剪贴板）粘贴到当前图片。

Paste Control

粘贴以后，使用该菜单控制图片的粘贴方式。

Clear

将选区中的内容清除，换成当前的背景色。Backspace和Del是该操作的快捷键。

Clear Outside

将当前选区以外的区域清除，换成背景色。

Fill

将当前前景色填充进当前选区。

Draw

使用当前的前景色和线宽绘制当前选区的轮廓。使用Edit-Options-Colors设定前景色和背景色，使用Edit-Options-Line Width设定线宽。

Invert

对当前选区或当前图片进行取反。对于8-bit和RGB图片，Invert总是使用min=0min=0和max=255max=255。对于16-bit和32-bit的图片，分别使用真实的最小和最大值。

Selection

Select All

创建一个与图片相同大小的矩形选区

Select None

使当前图片的选区失效

Restore Selection

恢复之前的寻去到它原先的位置。该命令可以用于在不同图片之间传递选区，也可以用于恢复之前不小心删除的ROI。
在不同图片之间传递ROI的方式有：

激活有当前选区的图片，然后激活要传递选区的图片，然后Edit-Selection-Restore Selection
使用ROI管理器
使用Analyze-Tools-Synchronize Windows

Fit Spline

用一个三次样条(cubic spline)曲线拟合一个多边形polygon或多线polyline选区。

Fit Circle

用一个圆circle拟合一个多点（至少三个点）或区域。不支持复合选区。如果是一个非闭合选区（比如点或线），拟合算法用的是基于Netwon的Pratt拟合；如果是一个闭合选区，该命令就是创建一个与该选区面积相同、重心相同的圆。

Fit Ellipse

用一个椭圆拟合一个选区，该椭圆与原始选区有相同的面积、取向和重心。

Interpolate

把当前选区转化成一个亚像素的ROI。

Convex Hull

将多边形选区转成它的凸包（凸包可看成紧紧套在选区的各个角点上的橡胶带）。

Make Inverse

反选选区，将原先选区的“内部”变成了“外部”。

Create Mask

创建一个新的名为“Mask”的8-bit图片，内部的像素是255，外部是0。默认下该图片的LUT是反的，所以黑色是255，白色是0，除非Process-Binary-Options中的Black Background勾选。

Create Selection

从一个做过阈值处理的图片或一个二值mask中创建一个选区。

Properties

打开一个对话框，使得用户设置画笔颜色Stroke color和画笔宽度，或者设置填充颜色。注意，选区只能被填充或绘制轮廓，不能两者同时设定。
也能通过勾选List coordiantes显示选区的XY坐标。
注意，该命令仅对当前活动选区有效。而ROI管理器的Properties（在Analyze-Tools-ROI Manager）对多个ROI有效。

Rotate

旋转选区

Enlarge

通过设定特定数目的像素来扩大或缩小选区。
该项设为0可以讲一个复合选区转为一个多边形选区。

Make Band

基于当前的选区形成一个条带，即可视为在当前选区上长出了一个条带。

Specify

打开一个对话框，允许用户定义一个矩形或椭圆形选区。可以定义大小和位置。

Straighten

该命令可以把图片中的弯曲的对象变直，比如图片中有条弯曲的河，通过该命令将该河拉直并提取成一张新的图片。该对象必须提前用分段直线工具标示出来。

To Bounding Box

将一个非矩形的寻去转为完全包含它的最小的矩形。

Line to Area

将一个线段选择转为一个选区。

Area to Line

将一个选区转为它的轮廓。

Image to Selection

创建一个图像选区ImageROI。

Add to Manager

将当前选区加入ROI管理器。

Options

使用该命令来改变ImageJ的用户偏好设置。

Line Width

改变线宽，用来改变Line Selections的线宽和Edit-Draw的线宽。

Input/Output

改变某些输入和输出的设置，比如JPEG的质量、table的后缀名、Results Table的选项。

Fonts

改变字体，改变Text Tool的文本显示和Image-Stacks-Label。

Plots

使用该对话框来控制ImageJ所产生的各种Plots的显示形式，如Image-Stacks-Plot Z-axis Profile、Analyze-Plot Profile。
比如坐标轴的长度、y轴的范围、是否绘制网格线等。

Rounded Rect Tool

设置圆角矩阵选择工具的属性。

Arrow Tool

设置箭头工具的属性

Point Tool

设置点工具的属性

Wand Tool

设置魔棒工具的属性

Colors

设置前景色、背景色和选区工具的颜色。

Appearance

控制图片怎样被显示，工具条怎样显示更好，以及设置菜单字体尺寸等。

Conversions

控制图片怎样从一种格式转换为另一种格式，比如转换过程中是否缩放，RGB怎样转成灰度等。

Memory & Threads

设置ImageJ可用的最大内存，以及当处理stack时线程数目。

Proxy Settings

修改Java虚拟机的代理。

Complier

设置所编译的插件的Java版本。

DICOM

设置与DICOM图片相关的参数。

Misc

设置其他的一些选项，有：

Divide by zero value：设置当除以0时怎样处理，默认是infinity无穷大，也可以设置max（最大的正值）和NaN（不是一个数字）。
Use pointer cursor：如果勾选了，ImageJ将会使用一个箭头指针，而不是默认的交叉十字类型的指针。
Hide “Process Stack?” dialog：勾选后，ImageJ将不会显示询问是否处理所有的slices，而是直接仅仅处理当前slice。
Require control/command key for shortcuts：勾选后，按快捷键时需要按下Ctrl。
Move isolated plugins to Misc. menu：可以有效降低Plugin菜单的大小，防止一直显示到屏幕底部
Run single instance listener：勾选后，ImageJ将会使用sockets来阻止多个实例开启。
Debug mode：勾选后，ImageJ将会把调试信息显示在Log窗口中。

Reset

将会在ImageJ退出后，删除”IJ_pref.txt”这个文件，然后在ImageJ重启后使用所有参数的默认值。

Image

Type

显示当前活动图像的类型（子菜单打钩的即是当前类型）以及将其转化成另一种类型。

8-bit：转化为8-bit灰度图。ImageJ将16-bit和32-bit的图像通过线性地将”min-max”缩放到”0-255”来转换成8-bit图像，其中min和max可以通过Image-Adjust-Brightness/Contrast来查看。注意，如果Edit-Options-Conversions中的If Scale When Converting 没有勾选，那么就不会缩放。
16-bit：转为unsigned 16-bit灰度图
32-bit：转为signed 32-bit浮点型灰度图
8-bit color：转为8-bit indexed 彩色图。当前图片必须是RGB图。
RGB Color：转为32-bit RGB图
RGB Stack：转为一个3-slice(RGB)的stack。
HSB Stack：转为一个3-slice(HSV)的stack。

Adjust

该菜单用来调节亮度/对比度、阈值和尺寸等。

Brightness/Contrast

使用该工具来交互地调节图片的亮度和对比度。对于8-bit图片，亮度和对比度是通过修改查询表LUT来改变，所以像素值是不变的。对于16-bit和32-bit图片，是通过改变从像素值到8-bit显示值的映射来改变的，所以像素值也不会改变。对于RGB图，亮度和对比度是通过修改像素值来改变的。

直方图：显示像素值是怎样映射到8-bit（0-255）范围的。直方图下方的两个数是要显示的最小和最大像素值，这两个值可以在下面调节。如果实际像素值小于最小值，则显示为黑色；如果实际像素值大于最大值，则显示为白色。
Minium and Maximum sliders：控制要显示的最小和最大像素值。按住Shift可以同时调节一个复合图片的所有通道。
Brightness slider：通过移动显示范围（即同时增大或减小最小和最大像素值）来增加或降低图片亮度。
Contrast slider：通过改变显示范围的宽度（即扩大或减小显示范围）来调节图片的对比度。
Auto：ImageJ将会基于图片直方图的分析来自动优化亮度和对比度。创建一个选区后，整个图片也将会根据该选区的分析来自动优化。优化的方式是使得一小部分的像素值是饱和的，即显示为白色或黑色。每次额外的点击都会增加饱和像素的数目。
Reset：恢复原来的亮度和对比度设置，将会显示整个范围的像素值。
Set：允许用户输入最小和最大显示范围。
Apply：应用当前设置。如果是选区，那么仅仅选区内的像素被修改。这是唯一的修改非RGB图片像素值的方式。

Window/Level

该命令和Brightness/Contrast是重复的，它更多地适用于医学图片的处理。

Color Balance

该命令改变一个标准RGB图片的每个通道的亮度和对比度。使用下拉菜单选择应用于哪个通道。
这里面的滑块和按钮的应用跟上面的B/C相同。
注意：当在色彩通道之间改变时，如果不点击Apply，那么之前的修改会丢失。

Threshold

该命令自动或交互地设置阈值的上界和下界，从而将灰度图片分割成感兴趣的区域和背景。红框内框住的范围即是选择区域。

Upper slider：调节阈值的下界。按住Shift能够在保持固定宽度阈值窗口的条件下调节下界。
Lower slider：调节阈值的上界。
Method：有16种不同的自动阈值算法可供选择。默认算法是改进IsoData算法。
Display：有三种选择方式：（1）Red：用红色显示阈值以内的数值；（2）B&W：用黑色显示特征，白色作为北京。（3）Over/Under：在阈值下界以下的像素用蓝色显示，阈值范围以内的用灰色显示，阈值上界以上的用绿色显示。
Dark background：但特征要比背景浅的话，就会被勾选。
Stack histogram：勾选后，ImageJ将首先计算整个stack的直方图，然后基于此再计算阈值。如果不勾选，则每个slice的阈值会单独计算。
Auto：使用当前选择的method以及当前图片或选区的的直方图来计算阈值。
Apply：将阈值范围内的像素设为黑色，其他设为白色。对于32-bit图片，Apply也会运行Process-Math-NaN Background。
Reset：去掉阈值，然后更新直方图。
Set：手动输入阈值的上下界。

Color Threshold

上面的Threshold是对灰度图像进行操作。这里的Color Threshold是对24-bit的RGB图像基于HSB、RGB或YUV等进行阈值设定。

Pass：勾选后，范围以内的值被选定和显示，否则，范围以外的值被选定和显示。
Thresholding Method：选择16种不同的自动阈值算法中的某一个
Threshold Color：选择阈值显示颜色
Color Space：选择色彩空间，有HSB、RGB、CIE Lab或YUV
Dark Background：当特征比背景要浅时，就勾选
Orginal：恢复原先的图片
Filtered：显示滤波后的图片，最终图片类型是RGB，不是8-bit灰度图
Select：基于当前设定创建一个ROI选区，选区是根据Process-Binary-Options对话框中的设定定义的。
Sample：基于用户自定义的ROI中的像素值设定滤波的范围
Stack：使用当前的设定处理剩下的slices（如果有的话）
Macro：基于当前设定创建一个宏
Help：打开内置的help对话框

Size

将当前图片或选区缩放到一个特定的以像素为单位的Width和Height。
缩放时可以设定是否保持长宽比，以及是否插值。

Canvas Size

改变画布尺寸，而不缩放真实图片。如果画布尺寸增加了，边界用当前的背景色填充，如果选择了Zero Fill，那么边界用数值为0的像素填充。也可以指定原图片在新画布中的位置。

Line Width

设置线宽，更简单的方式是双击Line Selection Tools的图标。

Show Info

显示图片信息

Properties

使用该命令显示和设置当前图片或stack的属性。
Channels、Slices、Frames的数目都可以更改，只要三者的成绩等于stack中图片的数目。
Unit of Length是一个字符串，用来表明下方的Pixel Width、Pixel Height和Voxel Depth的测量单位。这三个维度可以自动转换，如果单位在ImageJ已知的单位之间转换，这些单位有：nmnm、μmμm（或写成umum和micronmicron）、mmmm、cmcm、metermeter、kmkm和inchinch等。
对于时间序列的stack，可以设定Frame Interval，即frame rate的倒数。如果单位是sec，这个设置也会同时设定Animation Options中所用的frame rate。
Origin是图片坐标系的参考点，该参考点的x和y坐标永远是像素为单位。
如果勾选Global，这里的设置将会施加到当前session打开的所有图像。

Color

该菜单是处理彩色图片。

Split Channels

将一张RGB图分割成三个8-bit的灰度图，分别是红绿蓝的三个通道。如果是复合图片或hyperstacks，该命令将分割这个stack成不同的channels。

Merge Channels

把2-7张图片合并成RGB图片或多通道的复合图片。
如果勾选了Create composite，那么就会创建一个多通道的复合图片，如果不勾选，那么就会创建一个RGB图片。当创建复合图片时，原始的LUT和显示范围都会保留，除非勾选了下面的Ignore source LUTs。创建RGB时总是忽略原始的LUTs。
如果勾选了Keep source Images，源图片不会被清除。

Channels Tool

等同于Image-Hyperstacks-Channels Tool。

Stack to RGB

将一个含2个或3个slices的stack转化成RGB，假定slices是按R、G、B的顺序排列的。stack必须是8-bit或16-bit的灰度图。也可以将一个复合图片转成RGB。

Make Composite

将RGB图、stack等转成复合图片。

Show LUT

显示当前图片的LUT。

Edit LUT

打开ImageJ的LUT编辑器。

Color Picker

设定前景色和背景色。当前调色板是基于HSB，双击某个颜色可以设置RGB值。

Stacks

该菜单包含与Stacks相关的命令。

Add Slice

在当前slice之后插入一个空白slice，按住Alt则在当前slice之前插入。

Delete Slice

删除当前slice。

Next Slice

显示下一个slice

Previous Slice

显示上一个的slice

Set Slice

显示一个特定的slice

Images to Stack

从当前在不同窗口显示的图片创建一个新的stack。
如果图片尺寸不同，那么可以选择转换的Method。Copy(center)和Copy(top-left)：将最宽的照片的宽度设为stack的宽度，将最高的照片的高度设为stack的高度。较小的图片将会复制到slice的中间center或左上角top-left。边界用数值为0的像素填充。Scale(smallest)和Scale(largest)：Stack将会选择最小或最大的图片的尺寸，其他的图片会被缩放到新的尺寸，如果勾选了Bicubic interpolation，就会使用双三次插件。
Title Contains：输入一个字符串，然后ImageJ将会仅仅转换包含该string的图片。

Stack to Images

将当前stack的slices转成分开的图片窗口。

Make Montage

创建拼贴集。

Reslice

通过当前stack或hyperstack的图片体重新切片。

Output spacing：输出间距，决定了重构的蒸饺的图片的数目，spacing越大，输出的stack的size越小
Start at：决定图片的边缘，即重构从哪个地方开始
Flip vertically：勾选后，输出的每个slice都是垂直翻转
Rotate 90 degree：勾选后，每个slice都旋转90度
Avoid interpolation：勾选后，不做插值

Orthogonal Views

提供当前stack的正交视图，即如果原stack是XY视图，则该命令提供YZ和XZ视图。

Z Project

将stack沿着垂直于图片的轴，即Z轴，进行投影。

3D Project

可以很自由地对stack进行各个方向的投影。

Plot Z-Axis Profile

将ROI选区的平均灰度值对slice进行作图。该命令需要一个点选区或线选区。

Label

对stack添加一系列数字（比如时间戳）和/或标签。数字和标签使用当前前景色绘制。
标签的初始X和Y坐标及字体尺寸等基于当前的矩形选区（如果有的话）。

Format：指定标签的结构。0：普通序列；0000：用前导的0填充数字；00:00：将标签转为minutes:seconds这样的时间戳；00:00:00：将标签转为hours:minutes:seconds这样的时间戳；Text：仅包含下面的Text输入框中的内容；Label：显示slice的标签。
Starting value and Interval：指定第一个数值和间隔。注意，对于时间戳，必须使用公制时间间隔，比如Interval为3600时将创建1 hour的间隔
Text：字符串
Use overlay：勾选后，创建的标签就作为无损的Overlay，之前添加的overlay将会被删除。
Use text tool font：勾选后，标签将使用Fonts部件中指定的风格

Tools

Combine：将两个stack组合，创建一个新的stack
Concatenate：将多个图片或stack连接起来，类型和尺寸不符的图片将被忽略。
Reduce：按照指定的Reduction Factor减少stack的尺寸。
Reverse：与Image-Transfrom-Flip Z命令相同
Insert：在指定的位置在目标图片上插入一张源图片。目标图片和源图片可以是单一图片或stacks，但必须相同类型，且目标图片一旦被插入后就被永久修改。如果源图片是单一图片，一种更简单的组合两个图片的方法是：通过Edit-Selection-Image to Selection创建图片ROI，然后Image-Overlay-Add Image
Montage to Stack：将一个拼贴集转为一个stack，这与上面的创建拼贴集是相反操作
Make Substack：从当前stack中提取一些图片成为新的stack。
Grouped Z Project：创建Z轴投影的多个结果
Remove Slice Labels：从stack中去除slice标签

Animation

Start Animation：重复按次序显示该stack的slices。
Stop Animation：停止动画播放
Animation Options：设置每秒多少帧，即动画速率。

Hyperstacks

这个菜单针对于Hyperstacks，即4D或5D的图片。

New Hyperstack

创建一个新的hyperstack，属性主要有Width(w)、Height(h)、Channels(c)、Slices(z)、Frames(t)。

Stack to Hyperstack

将stack转化为hyperstack。RGB的stack将转为3个通道的hyperstack。Order就是channels、slices和frames的次序。ImageJ的hyperstack总是czt次序，不是czt顺序的stack将被重新排序为czt。

Hyperstack to Stack

将hyperstack转为stack。

Reduce Dimensionality

该命令通过创建一个新的hyperstack而将原hyperstack降维，比如抽取给定z坐标的所有的channels和时间点，或者抽取在当前channel和时间点的所有的z的slices。
不勾选channels将会删除所有的channels、但保留当前channel，不勾选Slices将仅保留当前的slice，不勾选Frames仅保留当前时间点。

Channels Tool

打开Channels部件。

Crop

基于当前的矩形选区来裁剪图片或stack。

Duplicate

创建一个新的窗口，包含当前图片或矩形选区的副本。对于stack和hyperstack，可以指定channels、slices和Frames的复制范围。

Rename

重命名当前图片。

Scale

通过对话框中的缩放因子来调整当前图片或选区的大小，可以选择两种重采样方法：双线性或双三次插值。
为了更好的显示效果，对于图片和文字，使用整数缩放因子，如果该因子小于1，则勾选Average when downsizing。
如果勾选了Create New window，则缩放的图片或选区可以复制到一个新的图片；如果缩放一个选区，且不复制到新图片，则勾选Fill with Background Color将提供背景色，而不是填充0。勾选Process entire stack后将缩放整个stack。

Transform

该菜单包含常用的几何图形变换的命令。

Flip Horizontally

水平翻转

Flip Vertically

垂直翻转

Flip Z

将stack中的slice的顺序翻转

Rotate 90 Degrees Right

顺时针90度旋转

Rotate 90 Degrees Left

逆时针90度旋转

Rotate

旋转特定角度。

Grid Lines：可以用预览模式在图片上加上网格线
Interpolation：可选择双线性或双三次的重采样方法
Fill with Background Color：对于8-bit或RGB图片，勾选此项后会填充当前背景色，而不是0
Enlarge to Fit Result：勾选后，图片将会被避免裁剪

Translate

平移特定的像素值。对于stacks，可以平移当前图片或所有图片。勾选Preview可以预览效果。图片边缘的背景将被设为0。

Bin

通过指定X、Y、Z方向的收缩因子，来减小图片的尺寸。最终的像素可以通过Average、Median、Maximum或Minimum等方法计算。Undo撤销操作仅对二维图片有效，即对stack无效。
Z方向的操作与Image-Stacks-Tools-Grouped Z Project效果相同。然而，有两个主要的不同点：Bin替代了当前图片，Grouped Z Project则创建了一个新的substack；Bin中的Z shrink factor可以填入任意值，而Group size必须能够stack尺寸所整除。

Image to Results

将当前选区打印到Resutls Table中，同时清除之前的结果。如果没有ROI，则处理整个图片。表格中详细显示了XY坐标及其像素值。
对于RGB图片，每个像素通过平均或加权平均算法转化为灰度值。

Results to Image

是上面操作的逆操作，将Results Table中的表格数据转化为32-bit图片。

Zoom

该菜单控制怎样显示图片。对于下面的In和Out命令，更提倡使用+、-或上下箭头。如果有选区时，使用上下箭头时需要按住Shift或者Ctrl。

In

有21种可能的放大级别。放大时，如果箭头在画布中，那么将会围绕箭头放大，如果箭头不在画布中，将会围绕图片的中心扩大。左上角的Zoom Indicator表明了当前显示的是图片的哪一部分。当放大到一定级别后，默认就会显示像素的格点，除非勾选Edit-Options-Appearance中的Interpolate zoomed images。当需要滚动放大的图片时，在拖拽鼠标的同时按住空格键。
默认Overlays和选区是按一个像素的宽度来显示，如果想要在较高放大级别下加粗ROI边缘，将Edit-Selection-Properties中的Stroke width设为非零。

Out

缩小放大层级。

Original Scale

显示最初打开时的尺寸。快捷键是双击“放大镜”工具的图标

View 100%

使用100%放大，即1个图片像素等于1个屏幕像素。将Edit-Options-Appearance中的Enable Open Images at 100%勾选后，即可设置图片在打开时就是100%显示。

To Selection

基于当前的选区进行缩放。如果没有选区的话，就会使得图片缩放到fit to screen级别。

Set

手动设定精确值供缩放，也可以同时设定缩放的中心点的坐标。

Overlay

该菜单用于设置对图片无损的Overlay。Overlay包含一个或多个选区：箭头、线段、点、各种形状和文本等，也可以包含图片选区，即ImageROI。

Add Selection

该命令用于将选区立即加入当前的Overlay，快捷键是B。按住Alt+B将会显示一个对话框供设置Stroke Color、Width和Fill color。除了文本选区，Stroke color和width这两个与Fill color是不共存的。
如果勾选了New overlay，那么之前添加的Overlay将被删除。
如果在Analyze-Set Measurements中勾选了Add to overlay，那么要测量的选区(Analyze-Measure)将会自动添加到Overlay。

Add Image

通过将一张图片添加到另一张图片的overlay而实现组合图片的效果。要组合的图片可以是任意类型，但不能比主图大。组合时可以设置透明度，初始的XY坐标是基于当前矩形选区。
默认情形下，创建的新图片不能随意在画布上移动，即不是一个图片选区ImageROI，它存在TIFF的header中。如果想得到一个图片选区，可以通过Edit-Selection-Image to Selection或者Image-Overlay-To ROI Manager。

Hide Overlay

隐藏Overlay

Show Overlay

显示Overlay

From ROI Manager

从ROI管理器中的选区创建一个overlay，注意之前添加的overlay将被删除。

To ROI Manager

把当前Overlay中的选区复制到ROI管理器，这样就可以对其进行编辑。注意，ROI管理器中的之前项目会被删除。

Remove Overlay

永久清除overlay，使其不可被恢复

Flatten

创建一个新的RGB图片，其中的overlay被渲染成图片数据，该RGB图片与原图片的尺寸相同，这跟Plugins-Utilities-Capture Image不同，后者是创建一个“所见即所得”的与当前窗口尺寸相同的图片。

Labels

定义怎样对overlay打标签。比如定义颜色、标签字体、标题、背景等。

Overlay Options

定义默认的overlay的Stroke color、width和Fill Color。将Stroke width设为0，则选区的边缘的宽度就是1个像素，不管放大多少倍。

LookUp Table

该菜单包含选择哪种色彩查询表用来将灰度图创建成伪彩色图。

Invert LUT

反转当前的LUT。对于8-bit图片，表中的每一个值v都被255-v所替代。与Edit-Invert不同的是，像素值没有被改变，只是在屏幕上显示的方式改变了。

Apply LUT

将当前的LUT施加到图片或选区的像素值上。该命令等价于Image-Adjust-Brightness/Contrast的Apply操作。对于阈值处理过的图片，等价于Image-Adjust-Threshold的Apply操作。

Process

Smooth

对当前图片或选区进行模糊处理。该过滤器将每个像素值设为它的3*3邻居的平均值。

Sharpen

对当前图片或选区进行锐化，即增加对比度和强调细节，但有可能对噪点进行了加强。该滤波器使用下面的权重因子：

−1 −1 −1−112−1−1−1−1−1−1−1 −112−1 −1−1−1

Find Edges

使用Sobel边缘检测器来高粱像素值强度的剧烈变化。使用下面的两个3*3的卷积核来产生垂直和水平的梯度。最终的图片是计算两个梯度的平方的和的平方根得到：

1 0 −120−210−1121000−1−2−112110−1 00020−2 −1−2−110−1

Find Maxima

计算当前图片的局部最大值，然后创建一个含最大值等形式的二值图片。对于RGB图片，挑选的是luminance的最大值，luminance是根据Edit-Options-Conversions中的平均或加权平均计算出来的。

Noise Tolerance：如果最大值没有比周围的数值大这个tolerance，那么该最大值会被忽略。即，设置了一个最大值减去该tolerance的阈值，超过该阈值的区域才被分析。
Output Type：Single Points：图片是每个最大值所对应的点；Maxima Within Tolerance：每个最大值周围在Tolerance范围之内的所有点；Segmented Particles：假定每个最大值都属于一个颗粒，然后使用一个泛洪算法将图片分割，与之对比的是，Process-Binary-Watershed使用的是欧拉空间距离；Point Selection：在每个最大值点上显示一个多点选区；List：在Results窗口中显示每个最大值点的坐标；Count：显示最大值的数目。
Exclude Edge Maxima：排除边缘上的最大值点
Above Lower Threshold：仅适用于阈值处理过的图片，仅寻找在阈值下界以上的最大值，图片的阈值上界被忽略。如果在Output Type中选择Segmented Particles，那么在阈值下界以下的区域处理成背景。
Light Backgroud：如果图片背景要比要寻找的对象亮，则勾选。

该命令不适用于stacks，但FindStackMaxima宏可以作用于stack的所有图片。

Enhance Contrast

通过使用histogram stretching或histogram equalization来增强图片对比。该命令不会改变像素值，只要Normalize、Equalize Histogram等不勾选。

Saturated Pixels：决定图片中要饱和处理（即转成黑色或白色）的像素的个数。增大这个值会增加对比度。
Normalize：勾选后，ImageJ将会重新计算像素值使得范围等于该图片类型的最大范围，或者对于浮点图片，范围是0-1.0。比如，对于8-bit图片，该最大范围是0-255，对于16-bit图片，范围是0-65535。对于RGB图，该项不显示。
Equalize Histogram：勾选后，ImageJ将会使用histogram equalization来加强图片。勾选此项后，上面两项将失效。
Use stack histogram：勾选后，ImageJ将会使用整体的stack的histogram，而不是单个slice的histogram。

Noise

Add noise

对图片增加随机噪声，噪声服从均值为0、标准差为25的高斯分布。

Add Specified Noise

增加一个均值为0、手动输入标准差的高斯噪声。

Salt and Pepper

通过随机替换2.5%的黑色像素和2.5%的白色像素来增加椒盐噪声。该命令仅适用于8-bit图片。

Despeckle

这是一种中值滤波器，它将像素值替换为它周围3*3的像素点的均值。中值滤波器对于去掉上面的椒盐噪声很有用。

Remove Outliers

如果一个像素点离它周围点的均值超过一定数值，该命令就会去除这个像素点。该命令对CCD相机的hot pixels或dead pixels很有用。

Radius：决定计算均值的范围（单位是像素）。使用Process-Filter-Show Circular Masks来显示半径是如何转变为面积的。
Threshold：决定阈值（单位是像素）
Which Outliers：决定比均值更亮还是更暗的像素点去除。

Remove NANs

该滤波器将32-bit图片中的NaN像素点替换成由Radius定义的圆形kernel区域内部的像素点的平均值。

Shadows

创建阴影效果，使得光看起来从不同的方向照来。这些操作实际上是使用了不同的3*3的卷积核。

Binary

创建或处理二值图片，图片里仅有两个值，ImageJ处理成0和255，也有软件处理成0和1。这里假设对象是黑色的，背景是白色的，除非Process-Binary-Options中的Black Background被勾选。

Make Binary

将一张图片转化为黑白二值图片。如果之前使用Image-Adjust-Threshold设置了阈值，就会跳出一个对话框使设置怎样处理阈值以外和以内的像素。如果没有设置阈值，就会分析当前选区或整个图片的直方图，然后自动设置阈值进行二值化。如果是Stack，就会显示Convert to Mask对话框。注意，对于未经过阈值处理的图片和stack，Make Binary和Convert to Mask表现类似。

Convert to Mask

将图片转为黑白二值图片。该mask有一个反转的LUT（即白色是0，黑色是255），除非在Process-Binary-Options中勾选了Black Background。效果跟上面的Make Binary近似。

Erode

在二值图片中在图像边缘去除像素，在非阈值化的图片上使用Filters-Minimum来腐蚀灰度图。

Dilate

在二值图片中在图像边缘增加像素，在非阈值化的图片上使用Filters-Maximum来膨胀灰度图。

Open

开操作，即先腐蚀后膨胀。这将平滑对象及去除独立的像素点。

Close

闭操作，即先膨胀后腐蚀。这将平滑对象及填充小洞。

Outline

在二值图片中在前景图片中产生一个像素宽的轮廓。

Fill Holes

填充小洞（4个相连的背景色的元素）。

Skeletonize

在二值图片中对对象边缘不断地去除像素点知道形成一个单像素宽的形状。

Distance Map

从二值图片中产生一个欧氏距离映射EDM。每一个前景像素被设为等于其离最近的背景像素的距离。下面的Ultimate Points、Watershed和Voronoi操作都是基于EDM算法。
该命令的输出类型需要在Binary-Options中设定，注意当选择Overwrite或8-bit output时，大于255的距离会被设为255。

Ultimate Points

产生极限腐蚀点，这种点是上面EDM的最大值。

Watershed

泛洪分割可以自动分割两个碰撞的颗粒。它首先计算欧氏距离映射EDM，然后找到极限腐蚀点。接着尽可能膨胀每一个极限腐蚀点，直到达到颗粒的边缘或者达到另一个正在膨胀的极限腐蚀点。泛洪分割对重叠不严重的平滑凸包对象的分割很有用。
在Edit-Options-Misc中开启debug模式后，该命令可以创建一个泛洪算法怎样工作的动画。

Voronoi

将图片分割成与两个最近邻颗粒的边界有相等距离的一系列的点连成的线。因此，每个颗粒的Voronoi包含了与该颗粒更近的所有点。当颗粒是单个的点时，这个过程称为Voronoi镶嵌或称Dirichlet镶嵌。
在输出中，在Voronoi胞内部的值是0，分割线上的点的像素值等于两个最近邻颗粒的距离。

Options

指定Binary命令的有关设置：

Iterations：指定腐蚀、膨胀、开、闭操作的迭代次数，迭代过程可以被Esc打断。
Count：指定腐蚀或膨胀时在边缘上去除或添加的像素的临近背景像素个数。
Black Background：指定背景为黑色。
Pad edges when eroding：勾选后，不会在图片的边缘进行腐蚀，该选项也会影响闭操作。
EDM output：决定输出类型。
Do：预览一下上述设置的影响。

Math

该菜单对当前图片或选区上的每个像素加减乘除一个常数。

Add

相加一个常数。对于8-bit图片，大于255的结果被置为255；对于16-bit图片，大于65535的结果被置为65535。

Subtract

减去一个常数。对于8-bit和16-bit图片，小于0的结果被置为0。

Multiply

乘以一个常数。对于8-bit图片，大于255的结果被置为255；对于16-bit图片，大于65535的结果被置为65535。

Divide

除以一个常数。对于非32-bit的图片，忽略除以0的操作；对于32-bit图片，如果源像素分别是正值、负值或零，那么默认除以0的结果是正无穷、负无穷和NaN。可以Edit-Options-Misc重新定义除以0的结果。

And

与一个特定的二进制常数进行逐位与运算

OR

与一个特定的二进制常数进行逐位或运算

XOR

与一个特定的二进制常数进行逐位异或运算

Min

如果像素值小于某特定常数，则该像素值被替换为该常数

Max

如果像素值大于某特定常数，则该像素值被替换为该常数

Gamma

对每一个像素值施加f(p)=(p/255)γ∗255f(p)=(p/255)γ∗255，其中γγ在0.1和5.0之间。对于RGB图片，该函数作用于所有的3个通道，对于16-bit图片，图片的最小和最大值将代替255用于缩放。

Set

用特定值来填充图片或选区。

Log

对于8-bit图片，对图片或选区中的每个像素施加f(p)=ln(p)∗255/ln(255)f(p)=ln⁡(p)∗255/ln⁡(255)；对于RGB图片，该函数作用于三个通道；对于16-bit图片，图片的最小和最大值将代替255；对于float型图片，不进行缩放。如果想计算log10log10，则对该结果乘以0.4343。

Exp

对当前图片或选区进行指数变换

Square

对当前图片或选区进行平方变换

Square Root

对当前图片或选区进行平方根变换

Reciprocal

对当前图片或选区进行倒数变换

NaN Background

将32-bit浮点型图片的非阈值的像素设为NaN。对于浮点型图片，Image-Adjust-Threshold的Apply就是执行的该命令。

Abs

产生当前图片或选区的绝对值，仅对32-bit浮点型图片或signed 16-bit图片有效。

Macro

可以自定义算术运算。

FFT

该菜单支持频域显示、编辑和处理，基于二维快速哈特利变换FHT。三维的FHT可以通过3D Fast Hartley Transform插件来实现。

FFT

进行傅里叶变换，显示功率谱。测量的点的极坐标由Anayze-Measure所记录。如果鼠标在当前频谱窗口上悬停，那么它的位置是通过极坐标显示。

Inverse FFT

进行逆向傅里叶变换。

Redisplay Power Spectrum

从频谱图片中重新计算功率谱。

FFT Options

显示快速傅里叶变换的选项。

Bandpass Filter

去除高频和低频。

Custom Filter

使用用户自定义的空间域图片作为滤波器。

FD Math

对两张图片进行convolve或deconvolve。

Swap Quadrants

交换象限。

Filters

该菜单包含五花八门的滤波器。

Convolve

使用填入文本区域的kernel进行空间卷积。
一个kernel就是一个矩阵，它的中心是源像素，其他的元素是该像素的邻居。通过对像素点乘以相应的kernel中的系数然后相加得到结果。对kernel的尺寸没有限制，但它必须是方形，且必须是奇数宽度。
勾选Normalize Kernel可以使得每个系数都除以所有系数的和，从而保持图片的亮度。

Gaussian Blur

该过滤器使用一个高斯函数进行卷积，从而实现平滑效果。

Gaussian Blur 3D

计算一个三维高斯低通滤波。

Median

将像素替换为周围点的平均像素值，从而实现降噪效果。

Mean

怎么感觉跟上面的Median是一个意思呢。。

Minimum

将像素替换为周围点的最小值，从而实现灰度腐蚀。

Maximum

将像素替换为周围点的最大值，从而实现灰度膨胀。

Unsharp Mask

通过从原图片中提出一个模糊的版本，从而锐化和加强边缘。

Variance

将每个像素替换为邻居的方差，从而高亮边缘。

Show Circular Masks

产生一个包含上面Median、Mean、Minimum、Maximum和Variance滤波器使用的圆形mask产生的事例。

Batch

包含批量处理一系列图片的命令。
Batch命令是非递归的，即命令是施加在当前Input文件夹的所有图片上，但不作用于它的子文件夹，除非使用BatchProcessFolders宏中定义了目录遗传树。
关于批处理有三个重要提醒：

文件很容易被覆盖，因为批处理器总是静默地覆盖有同样名称的已有文件；
目标Output文件夹应该有足够的硬盘空间来存储所创建的图片；
对于非原始格式的图片，批处理操作会被那个读取该文件格式的插件或库所影响。

Convert

在指定文件夹中批量转换或调整文件尺寸。

Input：选择源文件夹
Output：选择目标文件夹
Output Format：选择输出图片的格式
Interpolation：如果Scale Factor不设为1，那么将会使用重采样方法。
Scale Factor：是否缩放。

Macro

运行指定文件夹中的一个宏，最近使用的宏存储在/ImageJ/macros/batchmacro.ijm文件中，可以在重启时记忆住。

Input：选择要处理的图片所在的文件夹
Output：选择目标文件夹。如果为空，源文件不会被存储
Output format：指定输出格式
Add Macro Code：下拉菜单中包含了一些宏片段，可以组合起来形成一个宏。其他的代码可以粘贴进下面的编辑器中。之前写的宏可以通过下面的Open导入。
Test：用Input文件夹中的第一张图片进行测试
Open：导入之前写的宏
Save：保存组装好的宏

Virtual Stack

该命令与上面的macro的界面相同，允许操作virtual stack。

Image Calculator

对两张图片进行逻辑或算术运算，Image1可以是stack，或者Image1和Image2同时是stacks。如果两者都是stacks，那么都是有相同数目的slice。两张图片不一定有相同的文件类型或尺寸。

Operation：选择13种操作中的一种
Create New Window：勾选后，就会创建一个新的图片，如果不勾选，则结果作用在Image1上。
32-bit Result：勾选后，源图片在操作前会转换为32-bit float型

Subtract background

去除平滑的连续的背景，基于“rolling ball”算法。想象一个二维灰度图有一个第三维度，其值是每个点的像素值的大小，一个有特定半径的球在这个表面下面滚动，碰到该图的点就是要去除的背景。

Rolling Ball Radius：抛物线的曲率半径。
Light Background：允许处理明亮背景、对象深色的情形。
Separate colors：仅适用于RGB图像，如果未勾选，则操作仅影响亮度，而不对灰度和饱和度进行操作。
Create background (Don’t subtract)：勾选后，输出不再是扣除了背景的图片，而是背景本身。
Sliding Paraboloid：勾选后，球被一个有相同曲率的的抛物面所替代。
Disable Smoothing：为了计算背景，图片会先用一个3*3的最大值滤波器进行滤波，从而去除异常值和噪点的影响。勾选后，使用原始值进行操作。

Repeat Command

重复之前的命令。忽略Edit-Undo和File-Open这两个命令。

Analyze

Measure

基于当前选择，在Results Table中计算和显示区域统计、线长、角度或者点坐标等信息。具体的测量操作可以在下方的Set Measurment对话框中进行指定。

Analyze Particles

在二值图片或阈值处理过的图片上，对对象进行计算和测量。它是通过扫描图片或选区直到找到对象的边缘，然后用魔棒工具将对象的轮廓画出来，使用上面的Measure命令计算测量。

Size：给定一个面积范围，如果particle的尺寸面积在该范围之外，其将被忽略。如果标度过图片，则使用真实单位所形成的物理面积，否则使用像素的平方做单位。
Circularity：球形度范围，在此范围以外的particle将被忽略。
Show：决定在分析之后怎样显示结果。Nothing：图片或Overlay都不显示，注意，如果该particle analyzer测量到的particles数目为0以及Show选择Nothing，那么就会显示一个空白图片；Outline：显示一张含有用数字标示的particle的轮廓的8-bit图片；Bare Outlines：8-bit图仅显示轮廓，不显示标签；Masks：一张8-bit图片，包含particles的对轮廓的填充；Ellipses：8-bit图片，包括最近似的椭圆；Count Masks：16-bit图片，包含particle的对轮廓的填充，同时用与particle number相对应的灰度值显示；Overlay Outlines：在overlay中显示particle的轮廓，删除之前的overlay；Overlay Masks：在overlay中显示particle的轮廓的填充，删除之前的overlay。
Display Results：勾选后，每个particle的测量结果将在Results Table中显示
Clear Results：勾选后，Results Table中的之前的结果将被清除
Summarize：勾选后，将在一个Summary的表格中显示particle的个数、总面积、平均尺寸、面积分数和Set Measurements中的所有参数的平均值。
Add to Manager：勾选后，测量到的particles都将添加进ROI管理器。
Exclude on Edges：勾选后，碰到图片或选区边缘的particle将被忽略。
Include Holes：勾选后，内部的孔洞将被作为每个Particle的内部区域，即ImageJ将会仅通过外边界来寻找每个Particle，内部的。不勾选此项，将会通过泛洪填充来寻找对象，然后会在Particle中排除孔洞。
Record Starts：该选项允许插件和宏使用doWand函数来重新创建边界，CircularParticles宏展示了使用方法。
In situ Show：勾选后，原始图片将被新图片替代，该选项对上面的overlay无效。

Summarize

对于Results Table中的每一列，计算这一项的均值、标准差、最小和最大值。

Distribution

从Results Table的选定列中创建该列数据的频率直方图。

Label

该命令使用Results Table的行数来对当前的选区进行标注。

Clear Results

清除结果

Set Measurements

使用该对话框来指定Analyze-Measure、ROI管理器的Measure和Analyze-Analyze Particles怎样进行测量。对于阈值处理的图片，如果勾选了Limit to Threshold，则可以仅对高亮的像素点进行测量。
这些选项分成了两类：第一类是控制输出到Results Table中的测量的类型有哪些；第二类是怎样测量。
第一类的18个选项有：

Area：面积，如果下面的Analyze-Set scale用来进行空间标度，那么面积就是真实面积，否则用像素面积
Mean gray value：当前选区的平均灰度值。对于灰度图，就是所有灰度值加起来除以总个数；对于RGB图，使用之前介绍过的转换法则将每个像素转为灰度值；
Standard deviation：灰度值的标准差。
Modal gray value：出现频率最大的灰度值，即直方图中的高峰
Min & Max gray level：最小和最大灰度值
Centroid：中心点，即图片或选区中的所有像素点的XY坐标的平均
Center of mass：这是用亮度加权的XY坐标点的平均。
Perimeter：选区的外边界的长度。
Bounding rectangle：包住选区的最小矩形。使用矩形的左上角的坐标及长宽表示。
Fit ellipse：用椭圆来拟合选区，使用椭圆的主轴和次轴和角度来表示。如果上面的Centroid勾选后，椭圆的中心店也显示出来。注意，如果Analyze-Set Scale中的Pixel Aspect Ratio不勾选，那么ImageJ不能计算主轴和次轴的长度。
Shape descriptors：计算和显示以下形状因子：Circularity球形度、Aspect ratio长宽比、Roundness和Solidity。
Feret’s dismeter：在选区边缘上两点之间的最大距离
Integrated density：像素值的总和，它等于Area和Mean Gray Value的乘积。
Median：像素值的平均值
Skewness：均值的三次矩
kurtosis：均值的四次矩
Area Fraction：面积分数，对于阈值处理过的图片，它是红色高亮的像素的分数；对于非阈值处理过的图片，它是非零像素的分数。
Stack position：在stack或hyperstack中的位置：slice、channel和frame。

第二类的选项是控制怎样测量：

Limit to threshold：勾选后，仅阈值范围内的像素被测量
Display level：勾选后，图片名字和slice的序号会在Results Table中记录。
Invert Y coordinates：勾选后，XY的原点变成窗口的左下角，而不是默认的左上角。
Scientific notation：勾选后，用科学计数法显示结果
Add to Overlay：勾选后，所测量的ROI自动添加进Overlay
Redirect to：从该菜单中选择要统计的图片，这使得可以在一张图片中的统计同样应用于另一张图片的相应区域。
Decimal places：显示小数点的位数。

Set Scale

使用该对话框来定义空间比例，从而使得测量能用真实单位显示，比如mmmm和μmμm。
在使用该命令之前，先用一个直线选区工具在已知距离上进行划线，然后再调用该对话框，在Known Distance和Unit中填入真实距离及单位即可。
如果将Pixel Aspect Ratio设为非1，还可以支持水平和垂直两个方向上不同的空间比例。
当勾选Global后，该比例将会应用于所有的当前session已打开的图片中。

Calibrate

功能是使用不同的函数来拟合像素值和灰度值之间的关系。

Histogram

计算和显示当前图片或选区的灰度值的分布直方图。
X轴是可能的灰度图，Y轴是该灰度值的像素个数。X轴下方的LUT用来显示图片的显示范围。再下方会显示总的像素个数、灰度值的平均值、标准差、最小、最大和modal值。
点击list或copy来存储直方图数据。点击Log来显示一个对数坐标的直方图。点击live可以在浏览stack或移动ROI时见识直方图的变化。

Plot Profile

显示沿着一条线或一个矩形选区的像素值的强度的变化曲线。为了得到多个选区的作图，可以使用ROI管理的Multi Plot命令。
其他类型的选区，可以先运行Edit-Selction-Area to Line将其转化为直线选择。

Surface Plot

在一个灰度图或伪彩色图上显示一个三维的像素值的图。作图是基于现有的矩形选区或整个图片。

Gels

使用该命令来分析一个一维的电泳凝胶。

Tools

该菜单提供了多种图像分析插件。

Save XY Coordinates

将当前图片的所有非背景像素点的XY坐标值和像素值写入一个文本文件中。背景假设为图片左上角的像素点的值。对于灰度图，每行写入三个值，用空格分割。对于RGB图，每行写入五个值。坐标系的原点是在图片的左下角。

Fractal Box Count

估计一个二值图片的分形维度。

Analyze Line Graph

该命令使用上面的Particle Analyzer来提取线图的坐标值。这个功能跟GetData软件一样，但明显不如专业的GetData好用。

Curve Fitting

曲线拟合。这块还是使用专业的软件吧。。

ROI Manager

可以用来管理多个ROI。

Scale Bar

绘制一个带标注的空间比例尺。

Calibration Bar

绘制一个带标注的色度条。

Synchronize WIndows

在多个窗口上同步鼠标移动和输入，使得某个图片上绘制的ROI能够复制到其他同步窗口中。

Plugins

这里详解Plugins菜单的功能。
Plugins菜单反映了ImageJ/plugins文件夹（至多两个子文件夹）的层级结构，因此可以创建子菜单（即子文件夹）来保持该菜单的简洁性，比如将EPS_Writer.class移动到ImageJ/Plugins/Input/PDF文件夹就可以实现将EPS Writer插件移入Plugins-Input-PDF子菜单下。
另外，勾选Edit-Options-Misc中的Move isolated plugins，就可以将仅有一个命令的插件移入Plugins-Miscellaneous菜单中。

Macros

该菜单包含了安装、运行、录制宏等命令。在文件StartupMacros.txt中包含的宏会在ImageJ启动时自动加载。ImageJ被设计成一次仅能安装一个集合的宏，因此，通过Install加载的最后一个集合的宏总会替换上一次的宏。

Install

安装宏。

Run

加载宏并运行，而不在Editor中打开。为了运行一个宏，同时查看它的代码，使用File-Open，然后在编辑器里点Macros-Run Macro。

Startup Macro

打开ImageJ/macros/StartupMacro.txt文件。

Record

打开ImageJ的命令录制器。为了创建一个宏，先打开录制器，然后使用一个或多个命令，然后点击Create。当录制器打开时，使用的每一个菜单命令都将产生一个run函数。

Shortcuts

快捷键相关的操作。

List Shortcuts

该命令显示快捷键列表。在command一列中用星号开头的快捷键是用Create Shortcuts创建的，而用^号开头的表明是通过所安装的macro创建，其会覆盖掉ImageJ的默认热键。

Create Shortcuts

为ImageJ的菜单命令指定一个快捷键。

Install Plugins

在用户指定的子菜单下安装一个插件。如果一个插件有showAbout()函数，那么它会自动添加到Help-About Plugins子菜单下。
注意，新版的ImageJ将Install Plugins单独提到Plugins这个一级菜单下了。

Remove

删除通过Create Shortcuts添加的命令。

Utilities

Control Panel

该命令用一个遗传树的结构来显示ImageJ的菜单。点击一个叶子节点来启动对应的命令。双击一个主干节点（文件夹图标）会展开或收起它。点击和拖拽一个主干节点可以在另外一个窗口中显示它的子节点。

Find Commands

无需浏览所有菜单而直接找到一个命令的最快捷的方式。
快捷键是“L”。

Search

查找包含某个特定字符串的宏、脚本、插件源代码等。

Monitor Events

通过使用IJEventListener、CommandListener、ImageLister界面，可以监视前景色和背景色的变化、工具切换、日志窗口、命令执行、图形窗口的打开、关闭和升级等。

Monitor Memory

显示内存使用情况。

Capture Screen

将电脑的当前屏幕截屏，显示成一个RGB图片。

Capture Image

将当前显示的图片保存进一个RGB图片，所见即所得。

ImageJ Properties

显示ImageJ的属性，如Java版本、OS名字和版本、文件路径、屏幕尺寸等信息。

Threads

显示当前运行的线程和优先级。

Benchmark

在当前图片上运行62种图像处理操作，然后在状态栏上显示运行时间。

Reset

使用该命令解锁一个锁定的图片、释放剪贴板所使用的内存和undo的缓存。

New

打开一个编辑窗口，用来编辑和运行宏、脚本和插件。

Macro

打开一个空白的编辑器窗口。

Macro Tool

打开一个创建圆形选区的宏demo。

JavaScript

打开一个名为Script.js的空白的编辑器窗口。

Plugin

打开一个使用PlugIn接口的原型插件。该类型的插件打开、捕捉和差生图片。使用Ctrl+R来编译和运行。注意插件的名字应该包含至少一个下划线。

Plugin Filter

打开一个使用PlugInFilter接口的原型插件。该类型的插件处理当前图片。

Plugin Frame

打开一个使用PlugInFrame类的原型插件。该类型的插件显示一个包含控制体（如按钮和滑块）的窗口。

Plugin Tool

打开一个使用PlugInTool的原型插件，该插件用于与画布交互。

Text Window

打开一个特定尺寸的文本窗口，用于宏的写入。

Table

打开一个类似于Results Table的空白table，用于宏的写入。

Compile and Run

编译和运行一个插件。如果一个文件的名字后缀是.class，则运行该插件。

Window

Show All

显示所有的窗口。

Put Behind

显示下一个窗口。

Cascade

将所有的图片都移动到屏幕的左上角，互相之间稍有偏移。

Tile

以“磁贴”的形式显示图片，尽量不互相覆盖。

Help

ImageJ Website

打开ImageJ的官网。

ImageJ News

打开ImageJ官网的新闻频道。

Documentation

打开ImageJ官网的文档部分。

Installation

打开ImageJ官网的安装部分。

Mailing List

打开ImageJ的邮件列表。

Dev. Resources

打开ImageJ官网的开发者资源。

Plugins

打开ImageJ官网的插件资源，其有超过500个插件。

Macros

打开ImageJ官网的宏资源，其有超过400个插件。

Macro Functions

打开ImageJ官网的宏函数参考页。

Update ImageJ

升级ImageJ到最新版本，将最新的ij.jar放在../../upgrade/，或者降级到../../download/jars/中的某个早期版本。

Refresh Menus

在添加（或移除）插件和宏后，使用该命令来更新菜单。

About Plugins

显示插件文件夹下的插件信息。

About ImageJ

显示ImageJ的版本、作者、网站、Java版本和可用内存等。

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