R语言---Ubuntu中R语言更新至R4.2.1和R包devtools下载

R语言---Ubuntu中R语言更新至R4.2

1. Ubuntu18.04升级R语言至R4.2
- （1）更新下载地址
- （2）sudo下载
2. 重新下载R包
- （1）只更新Bioconductor包
- （2）更新所有包
3. R包devtools下载
4. 总结

时间： 2022-10-23

1. Ubuntu18.04升级R语言至R4.2

进入R官网（https://cloud.r-project.org/）进入ubuntu下载页面，或者直接搜索Ubuntu Packages For R - Brief Instructions进入。

（1）更新下载地址

# update indices
sudo apt update -qq# install two helper packages we need
sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | \sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

（2）sudo下载

下载最新版本R语言

sudo apt install --no-install-recommends r-base

使用上面的参数只下载必要的依赖文件：

详细版本的R更新可以查看：

https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/fullREADME.html

2. 重新下载R包

（1）只更新Bioconductor包

以ComplexHeatmap为例：

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ComplexHeatmap.html

发现现在的页面版本是Bioconductor version: Release (3.15)，不确定版本可以使用下面尝试加载命令，会提示正确版本信息：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")

随后更新BiocManager版本至3.15，此时就会更新所有的Bioconductor包（比较费时）：

BiocManager::install(version = '3.15')

（2）更新所有包

更新CRAN， Bioconductor和Github上的R包：

require(rvcheck)
update_all()

可以考虑将该命令放入系统中，每个月或几个月更新一次，实现R包更新自动化，不必每次手动检查了：

rvcheck::update_all()

3. R包devtools下载

为了更好的使用Github中的R包，需要下载devtools以此来获得Github中的野包（未被CRAN收录）：
打开R4.2.1，下载devtools：

install.packages("devtools")

该软件包含很多依赖包，下载到后面出现报错：

usethis R包不能安装，提示gert这个依赖包不能安装。

仔细看报错信息，看Ubuntu那行原来是缺少系统文件：

Configuration failed to find libgit2 library. Try installing:* brew: libgit2 (MacOS)* deb: libgit2-dev (Debian, Ubuntu, etc)* rpm: libgit2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)

下载系统文件：

sudo apt install  libgit2-dev

继续下载遇到同样的错误，看Ubuntu那行原来是缺少系统文件：

Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:* deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc)* rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL)* csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris)* brew: harfbuzz fribidi (OSX)
If harfbuzz freetype2 fribidi is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a harfbuzz freetype2 fribidi.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------
<stdin>:1:10: fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录
compilation terminated.
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘textshaping’
* removing ‘/home/cfc424/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/textshaping’下载的程序包在‘/tmp/RtmpBDL8b7/downloaded_packages’里
Warning message:
In install.packages("textshaping") :

下载系统文件：

sudo  apt  install  libharfbuzz-dev  libfribidi-dev

再次运行install.packages("devtools")，顺利完成，成功安装devtools。

4. 总结

R语言版本和R包版本是要常常更新的，否则时间长了，容易出现软件安装无法安装依赖包情况，这个时候，如果软件依赖过多，就只能重新下载R语言了，不必折腾过老的R版本，毫无价值。

有点问题，还是存在一些包版本未升级，只能用的时候自己update一下了。

参考：
https://cloud.r-project.org/ （R官网）
https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/fullREADME.html （下载R和R包全文档）
https://github.com/r-lib/textshaping/issues/21 （devtools安装中报错查询）
https://askubuntu.com/questions/65081/what-are-the-implications-of-no-install-recommends-apt-get-install