【生物信息】 系统发育树-有根树 转化 无根树-基于R语言
在生信数据处理过程中,有时候要求我们使用无根树
此处提供一种基于R语言ape包将有根树转化为无根树的方法和代码:
#install.packages("ape")
#https://rdrr.io/cran/ape/man/root.html
library(ape)#读取树文件
tree = read.tree("tree.nwk") #判断是否是有根树:TRUE:有根树 FALSE :无根树
is.rooted(tree)#将树变成无根树
new_tree = unroot(tree)#再次判断
is.rooted(new_tree)#输出无根树的文件文本
write.tree(new_tree)#将无根树写入指定文件
write.tree(new_tree,"new_tree.nwk")
别忘了 一键三连
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