凌恩客户文章|《Microbiome》：宏基因组构建反刍动物全消化道超1万个MAGs新进展
凌恩生物客户最新合作文章“An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminant”（DOI: 10.1186/s40168-021-01078-x）发表在微生物学权威1区期刊Microbiome（IF=14.650）。南京农业大学动物科技学院毛胜勇教授、吉林农业大学动物科学技术学院李志鹏教授、西北工业大学生态与环境学院邱强教授、亚热带生态所王敏研究员为本论文共同通信作者。
反刍动物可利用植物纤维生产肉奶等高营养价值的食品，其胃肠道（GIT）微生物组在宿主健康和动物生产中起着重要作用。长期以来，科学家重点关注反刍动物瘤胃微生物的菌群组成和功能，而缺乏对全消化道微生物在饲料利用效率、甲烷生成和宿主健康的功能解析方面的综合理解。
本文选取了奶牛、水牛、牦牛、山羊、绵羊、狍子和獐子7种代表性反刍动物，采集了瘤胃、网状组织、重瓣胃、皱胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠、直肠的全消化道10个区段的食糜样品共370个样品。研究构建了154M的反刍动物胃肠道基因集（RGMGC），反刍动物的alpha和beta多样性衡量微生物群落，在基因分类和功能水平上都比单胃动物更复杂，草食动物比杂食动物具有更高的细菌多样性和丰富度。反刍动物胃肠道的微生物群主要在分类学和功能水平上分为三个不同的胃肠道隔室组（胃、小肠和大肠）。
图1 反刍动物的胃肠道（GIT）基因集
图2 反刍动物GIT微生物功能和分类
图3 反刍动物GIT微生物组的特定功能特征
研究首次构建了反刍动物全消化道微生物基因集（非冗余基因>154M），同时组装了超过10,000个非冗余的微生物基因组，且在种水平上鉴定出了8,745个新基因组。跨GIT区域的综合基因集证明了微生物组和反刍动物生理适应之间的空间关联，8,745个新表征的基因组大大扩展了反刍动物尤其是来自下肠道的微生物群的基因组资源。
图4 反刍动物GIT微生物相互作用网络图
图5 新物种具有不同的功能分类
反刍动物全消化道约有60%微生物基因组编码氢酶基因，具有代谢氢的能力。这些微生物分布在24个门（主要是Firmicutes和Bacteroidetes），72个目（主要是Bacteroidales和Oscillospirales），304个属（主要是Prevotella）中。其中，约50%微生物基因组能通过发酵途径产生氢分子（主要是Firmicutes），有95个甲烷菌基因组能利用氢生成甲烷，其他消耗氢微生物有352个。
图6 Methanomassiliicoccales目的系统发育树和FE富集的基因组分析
本次研究大大扩展了先前已知的反刍动物内源微生物多样性和GIT微生物组的分类分类率。这些候选物种编码数百种酶和新的生物合成基因簇，提高了我们对反刍动物甲烷产量和饲料效率的理解。
参考文献
An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminants. Microbiome, 2021.
DOI: 10.1186/s40168-021-01078-x
凌恩客户文章|《Microbiome》：宏基因组构建反刍动物全消化道超1万个MAGs新进展相关推荐
- 凌恩客户文章：16S全长鉴定癌症细胞组织特异性微生物谱
期刊:Appl Microbiol Biotechnol 影响因子:4.813 发表时间:2022.04 样本类型:食管鳞状细胞癌组织 客户单位:东南大学刘冉课题组 一.研究背景 食管癌是常见的恶性肿 ...
- 凌恩客户文章：多组学揭示肥胖多囊卵巢综合征（PCOS）患者发病机制
期刊:NPJ Biofilms Microbiomes 影响因子:7.290 发表时间:2021.07 样本类型:粪便.血液 客户单位:汕头大学医学院第一附属医院鄞国书课题组 一.研究背景 多囊卵巢综 ...
- 凌恩客户文章|JCR 一区:多组学联合分析揭示PCOS真元凶
期刊:Journal of Ovarian Research 影响因子:5.506 发表时间:2022年10月 客户单位:汕头大学医学院第一附属医院鄞国书课题组 一.研究背景 多囊卵巢综合征(PCOS ...
- NBT-19年2月刊4篇35分文章聚焦宏基因组研究
新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究 Nature Biotechnology (NBT,自然生物技术,IF 35.7)在2019年2月刊(https://www.nature.com/nbt/volu ...
- NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
文章目录 新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究 1. 超高速细菌基因组检索技术 摘要 序列搜索方法 2. 宏基因组中设计全面可扩展探针捕获序列多样性 摘要 CATCH设计探针 3. 1520个人类肠道可 ...
- Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染
Microbiome | 宏基因组测序中减少样品中真核宿主的DNA污染 文献导读 与16S rRNA测序相比,使用鸟枪法宏基因组测序不仅可以更加深入地了解样本中微生物的分类和功能,也可以避免PCR扩增 ...
- 凌恩客户文献|宏基因组binning解析中国浓味白酒窖泥微生物群落MAGs和代谢潜力
近期,凌恩生物客户四川农业大学在<Food Research International>(IF=6.475)期刊发表题为"Metagenome and analysis of ...
- 南农大毛胜勇团队再发《Microbiome》！揭示反刍动物胃肠道中微生物介导的B和K2维生素生物合成
凌恩生物客户南京农业大学毛胜勇教授团队再次在国际权威期刊<Microbiome>(IF=16.837)发表题为"Metagenomic insights into the mic ...
- 凌恩生物美文分享 | 提升科研有一套 | 宏基因组磷循环分析又出新！
磷是包括微生物在内的所有生命体中不可缺少的元素.在生物大分子核酸.高能量化合物ATP.以及生物体内糖代谢的某些中间体中,都有磷的存在.在自然界中,磷的循环包括可溶性无机磷的同化.有机磷的矿化.不溶性磷 ...
最新文章
- springmvc+quartz简单实现定时调度
- 面试官：说说一条查询sql的执行流程和底层原理？
- Winform中设置ZedGraph当前所有曲线的颜色
- 使用dubbo需要导入的jar包
- java 缓存 30秒后失效_如何处理缓存失效、缓存穿透、缓存并发等问题
- 算法学习之剑指offer（六）
- C语言编程七层塔381,【计算机类职业资格】二级C语言-381 (1)及答案解析.doc
- c语言 倒计时不清屏_c语言 清屏函数
- java 开发工具及其他使用工具介绍
- php可以运行js代码吗,php可以运行js代码吗？
- 一文解读该用开源BI工具还是智能BI工具？
- 科研论文中，图片组合方法和导出高分辨率的方法
- 苹果x屏幕多少钱_xsmax闪屏，苹果xsmax换屏幕多少钱
- 安卓获取浏览器上网记录_Android 获取自带浏览器上网记录
- C语言编程入门训练（一）
- miflash刷机:fastboot模式/保留数据刷机
- pwnable.kr unlink
- 设计word模板添加书签
- 如何计算阻力系数与升力系数【翻译】
- stm32学习笔记——通用计时器基本原理