MATLAB画聚类热图,使用ComplexHeatmap绘制热图
初学R,慢慢摸索。
安装:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")
library(ComplexHeatmap)
library(circlize) #设置颜色?
2.导入数据并绘图
链接里面用的是R的测试数据,我要用自己的数据画图,首先导入:
setwd('/Users/arabidopsis/Downloads/8-RNA-seq/')
heat
heat_matrix
pdf('2_heat_map-2.pdf') #保存为pdf文件
Heatmap(heat_matrix, name = "FPKM", col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")), show_row_names = FALSE) #绘图
dev.off()
3.绘图参数
col = colorRamp2(c(0, 10, 50), c("blue", "white", "red")) #设置绘图的颜色,可以根据数据实际情况调整
show_row_names = FALSE #是否显示每行名称,默认是TRUE。如果数据很多,行名称会堆叠显示,而且字非常小,感觉没必要
column_title = "Column title" # 显示列标题
column_title_side = "top" #设置列标题的位置,可选"top"或"bottom"
column_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold") #更改列文本的字体
row_title = "Row title", row_title_gp = gpar(fontsize = 14, fontface = "bold")) #设置行标题和字体格式
row_title_side ="right" #设置行标题的位置,可选"left"或者"right"
row_title_gp #更改行文本的字体
show_column_names:是否显示列名称。默认值为TRUE
width = unit(4, "cm") #设置图像宽度,是对cell宽度进行调整的一种简单方法。好像不能通过height调整宽度
#### 或者通过调整保存PDF的大小,调整修改图像的长宽比 ####
pdf('test.pdf',width=4, height=10)
......
dev.off()
除了这些常用的参数以外,还可以自定义树外观,修改聚类距离计算方式,热图拆分等等方法,具体可以参考上面的链接
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