拆分大sdf文件并删除分子属性数据

1. OpenBabel拆分sdf文件

使用openbabel来拆分大的sdf文件为单独的sdf文件，可下载安装openbabel

babel test_opt.sdf --split -aT -osdf

将会输出以每个分子第一行中定义的分子名称为file name
后期实测并不好用，很多sdf为空

2. shell脚本拆分含有多个sdf小分子的大文件

2.1 拆分文件，并取分子名称（sdf文件第一行）为每个分子命名

运行split_sdf.sh脚本

bash split_sdf.sh test.sdf

下面为提交拆分计算脚本split_sdf.sh

#读取sdf文件
sdf_file=$1#读取大的sdf文件中以`$$$$`为分割段落的行数
cat ${sdf_file}|grep -n "\\$\\$\\$\\$"|awk -F ':' '{print $1}' >end_num.txt#循环读取分割行数来拆分sdf文件，并以每个分割后的sdf文件的第一行重新命名该文件
j=1
for i in `cat ./end_num.txt`
do sed -n "${j},${i}p" ${sdf_file} >${i}.sdfj=$[$i + 1]file_name=`sed -n '1p' ${i}.sdf`mv ${i}.sdf ${file_name}.sdf
done
rm -f ./end_num.txt

2.2 拆分文件，并根据原始文件名依次加序号命名拆分后的文件

运行split_sdf.sh脚本

bash split_sdf.sh test.sdf

split_sdf.sh脚本的内容

#读取的sdf文件
sdf_file=$1#读取大的sdf文件中以`$$$$`为分割段落的行数
cat ${sdf_file}|grep -n "\\$\\$\\$\\$"|awk -F ':' '{print $1}' >end_num.txt#循环读取分割行数来拆分sdf文件，并根据原始文件名依次加序号命名拆分后的文件
j=1
for i in `cat ./end_num.txt`
dosplit_sdf=`basename ${sdf_file} .sdf`sed -n "${j},${i}p" ${sdf_file}>${split_sdf}_${j}.sdf((j=j+1))
done
rm -f ./end_num.txt

3. 删除sdf文件中的分子属性信息

sdf文件中的分子属性如下所示

<r_lp_tautomer_probability>
1

3.1 sed删除所有属性

sed  '/>.*>/,+2d'  test.sdf

3.1 OpenBabel 删除指定属性

babel -isdf test.sdf --delete “r_lp_tautomer_probability” -osdf test_delete.sdf

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