BWA and Bowtie

BWA——Burrows-Wheeler Aligner

Installation

下载：http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/压缩文件

解压缩：$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2

转至目录：$cd bwa-0.7.12

编译：$make

测试：$./bwa #正常情况下会出现帮助信息

Run

1.获取参考基因组；

2.建立参考基因组的索引：$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa index Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa &；

#设置可执行程序路径 #建立索引的参数 #参考基因组

3.获取DNA序列reads；

4.把DNA序列reads给Map到参考基因组上：

$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa mem Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa ../Arabidopsischipdata/SRR651185.fastq > SRR651185.sam &；

#所用算法 #参考基因组索引的路径设置 #DNA测序reads路径设置 #输出文件

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