GROMACS中mdp文件注解小结

；预处理
title = OPLS Lysozyme MD ；标题，可任意定义（最长64个字，简单点好）
cpp = /lib/cpp ；预处理器，与C/C++的预处理器一样，默认为（/lib/cpp）
include = ；引用文件，即拓扑文件中引用其他文件的路径，引用方式与C/C++
引用一样：格式： -I/home/../include -L/home/../lib
define = -DFLEXIBLE ；预定义。默认无预定义。可以使用预定义方法控制模拟进程。
； -DFLEXIBLE 会告诉grompp ，采用柔性的水代替刚性水到拓扑结构，这对于共轭梯度
或l-bfgs是必要的，而且可以使最陡下降法效果更好。
； -DPOSRES 会告诉grompp包括posre.itp到拓扑结构，用于位置限制动力学模拟。
；模拟控制
integrator = md ；动力学模拟方法，即整合牛顿力学定理的方法，根据模拟目的不同选
择不同。选项：
； md：使用跳蛙算法(leap-frog)整合牛顿定律。
； sd：另外一种跳蛙法统计整合(stochastic dynamics)。使用这个选项时，某个或者某些原
子组(tc_grps)的温度设定为某特定温度(ref_t[K])，这些组运动反方向的摩擦常数可以设定为某一个
值(tau_t[ps])。 tcoupl参数在这个选项中被忽略。这个参数的随机算子由ld_seed设定。 (NOTE: 这个
方法中温度偏差的回原要比使用Berendesen热浴方法快一倍，即使使用相同的tau_t值。 )
； bd：使用Euler整合方法处理Brownian或者坐标Langevin动力学模拟，模拟中的粒子的速
度为所受力除以摩擦因子(bd_fric[amu ps-1)，加上一个随机的热力学噪音(bd_temp[K])。当bd_fric=0
时，模拟粒子的摩擦因子为其质量除以tau_t，这与sd方法一致。随机算子由ld_seed指定。
；以下几种算法不是integrators，但是也在此处指定，主要用于能量最优化模拟等。
； steep：使用最速下降法进行能量优化，能量优化最大位置移动用emstep[nm]设定，能量最
大容忍度由emtol[kJ mol-1nm-1]决定。
； cg：使用共轭梯度法进行能量优化，能量最大容忍度为emtol[kJ mol-1nm-1]决定。在进行
最速下降法能量优化之后再进行一次共轭梯度法能量最优化是十分有效的能量最优化综合方法，可
以使用nstcgsteep设定。在要对能量优化进行常态分析时，最好使用双精度的GROMACS，以保证
较高的精确度。
； l-bfgs: 根据low-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno approach进行的准牛顿算法能
量优化。实际中似乎比cg收敛更快，但由于必须进行纠正步骤，还没有实现并行。
； nm：对tpr文件中的系统结构进行常态分析。 GROMACS必须为双精度。
； tpi：插入测试粒子（Test particle insertion）。拓扑结构的最后一个原子为测试粒子。
; Start time and timestep in ps
tinit = 0 ；模拟开始时间。默认为0，单位为[ps]。 (能量最小化用不用，只针对integrator为
md、 sd和bd的情况)
dt = 0.002 ；时间步长(2fs)。默认为0.001，单位为[ps]。 (能量最小化用不用，只针对integrator
为md、 sd和bd的情况)
nsteps = 50000 ；最大模拟步数。默认为0。
; For exact run continuation or redoing part of a run
init_step = 0 ；开始步骤，默认为0。第i步的时间由下式计算： t = tinit + dt*(init_step + i)。自
由能lambda由此计算： lambda = init_lambda + delta_lambda*(init_step + i)。非平衡模拟参数依赖
于模拟步数。所以重启停止的模拟或重做某部分模拟时，必须设定init_step为重启那一步。 tpbconv
自动完成此工作。
; mode for center of mass motion removal---质心移动
comm_mode = Linear ；对系统或者系统中各个组质心的操作，有三种选项：
； Linear：移动质心的平动;
； Angular：移动质心的转动和平动;
； No：不对质心进行任何操作。
; number of steps for center of mass motion removal
nstcomm = 10 ；对质心进行操作的频率，默认为10，单位为[steps]。
; group(s) for center of mass motion removal
comm_grps = ；对质心进行操作的组，可以是索引文件中的一个，或者多个组。默认为整个系统。
； Langevin动力学
; Friction coefficient (amu/ps) and random seed
bd_fric = 0 ； Brownian动力学摩擦系数。默认为0，单位为[amu ps-1] 。当bd_fric=0，
每个粒子的摩擦系数由质量除以tau_t算出。
ld_seed = 1993 ；用来为Brownian动力学模拟随机温度噪音提供初始随机数。默认为1993[整
数]。当ld_seed = -1，随机数通过(time() + getpid()) % 1000000给出。当使用多处理器时，每个处理
器的随机数为ld_seed加上处理器编号。
；能量最小化
; Force tolerance and initial step-size
emtol = 10 ；最大容许力。默认为10.0，单位为 [kJ mol-1 nm-1]。当最大作用力小于此值，
认为最小化过程收敛。
emstep = 0.01 ；起始步长。默认为0.01，单位为[nm]。
; Frequency of steepest descents steps when doing CG
nstcgsteep = 1000 ；经过多少步共轭梯度优化后，执行一次最速下降。默认为1000，单位为
[steps]。
nbfgscorr = 10 ； L-BFGS优化中纠正步骤数，默认为10。步数越多越精确(至少理论上是
这样)，运算越慢。
；壳层分子动力学
当壳层或弹性限制存在于系统中，每一步都进行壳的位置和弹性限制的长度的优化，直到力均方根
小于emtol，或者迭代步数达到niter。
; Force tolerance and initial step-size

emtol = 10	；力最大值小于此值认为优化收敛。默认为 10.0 ，单位为[kJ mol-1 nm-1]。
对于壳层分子动力学，此值应不超过1.0，由于此变量还用于能量最小化，默认值设为10.0。
; Max number of iterations in relax_shells

niter = 20	；优化壳位置和弹性限制迭代步骤的最大值。默认为20
; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints
fcstep = 0	；优化弹性限制的步长。默认为 0，单位为 [ps2]。应该为mu/(d2V/dq2)， mu

为弹性限制中两粒子的折合质量， d2V/dq2为势能在限制方向的二阶偏导。
；测试粒子插入
rtpi = 0.05 ；测试粒子插入半径。默认为0.05，单位为[nm]。
；输出控制
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
nstxout = 1000 ；在轨迹文件中写入坐标(x)的频率。默认为 (100)，单位为 [steps]。
nstvout = 1000 ；在轨迹文件中写入速度(v)的频率。默认为 (100)，单位为 [steps] 。
nstfout = 0 ；在轨迹文件中写入力(f)的频率。默认为 (0)，单位为 [steps] 。
; Output frequency for energies to log file and energy file

nstlog = 1000	；在log文件中写入能量的频率。默认为 (100)，单位为 [steps] 。
nstcalcenergy = -1 ；计算能量的频率，默认为-1。一般应该和nstlist相同或者是nstlist的倍数。

nstenergy = 1000 ；在energy文件中写入能量的频率。默认为 (100)，单位为 [steps] 。
; Output frequency and precision for .xtc file
nstxtcout = 1000 ；在xtc文件中写入坐标的频率。默认为 (0)，单位为 [steps] 。
xtc_precision = 1000 ；写入xtc轨迹的精确度。默认为 (1000)，单位为 [real] 。
; selects the subset of atoms for the .xtc file

xtc_grps =	；写入xtc文件的组group(s)。默认为整个系统(如果nstxtcout大于0)
; Selection of energy groups

energygrps =	；写入energy文件的组group(s)。
；邻居搜寻
; nblist update frequency
nstlist = 5	；更新Neighbor list的频率。默认为 (10)，单位为 [steps] 。 nstlist=0时，用
于真空模拟。当nstlist=-1时，自动更新频率，用于截断半径(cut-off)小于rlist。 )
; ns algorithm (simple or grid)

ns_type = grid ； neighbor search 的种类
； grid：在体系中产生网格，更新临近原子名单时仅检查临近网格。大体系中
网格搜寻比简单搜寻快很多。
； simple：更新邻原子名单时检查所有原子。
; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy
pbc = xyz ； xyz：在所有方向使用周期边界条件（pbc）
； no：不使用周期边界条件，忽略盒子。模拟时不考虑截断，设定所有cut－offs
为0， nstlist＝0
； xy：只在x和y方向上使用周期性边界条件。只适用于ns_type=grid，可以和walls
联用。当没有walls或只有一个wall时，系统在z方向上的尺寸是无限的，因而不能使用压力耦合或
Ewald求和法。使用两个walls时，则没有这种限制。
periodic_molecules = no ； no：分子是有限的，可以使用快速分子pbc。
； yes：适用于分子通过周期性边界条件相互耦合的系统，这需要一
个慢的pbc算法，而且分子不是作为一个整体输出。
; nblist cut-off

rlist = 1	；短程邻居列表的阈值。默认为 (1)，单位为 [nm] 。
; long-range cut-off for switched potentials

rlistlong = -1 ；长程邻居列表的阈值。默认为 (-1)，单位为 [nm] 。
；静电相互作用
; Method for doing electrostatics

coulombtype = PME	；告诉gromacs计算原子静电相互作用的方法。
； Cut-off：双重范围阈值，邻居列表阈值rlist，库仑力阈值rcoulomb，其中rcoulomb≥rlist。
； Ewald：经典Ewald加和静电力，此时要求rcoulomb=rlist。对大系统计算极其缓慢。
； PME：快速Particle-Mesh-Ewald静电力。一般都使用这种方法。网格尺寸由fourierspacing
控制，插值顺序由pme_order决定，网格间距取0.1nm。
； PPPM： Particle-Particle Particle-Mesh算法用于长程静电相互作用。网格尺寸由
fourierspacing控制，一般网格间距取0.05-0.1nm。
； Reaction-Field：库伦力阈值为rcoulomb的反应场，其中rcoulomb≥rlist。阈值范围之外的
介电常数为epsilon_r。
； User：用户自定义， mdrun需要一个table.xvg文件，这个文件要包含用户定义的排斥、
色散和库仑力作用势能函数。

rcoulomb-switch = 0 ；指定从何处开始切换库伦势。默认为 (0)，单位为 [nm] 。
rcoulomb = 1.0 ；指定库仑力阈值。默认为 (1)，单位为 [nm] 。
; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field
epsilon_r = 1 ；相对介电常数。默认为（1）， 0代表无穷大。

epsilon_rf = 1	；反应场的相对介电常数，只适用于reaction-field静电力。默认为（1）， 0
代表无穷大。
；范德华相互作用
; Method for doing Van der Waals

vdw-type = Cut-off ；告诉gromacs计算原子范德华相互作用的方法。
； Cut-off：双重范围阈值，邻居列表阈值rlist，库仑力阈值rvdw，其中rvdw≥rlist。
； Shift： LJ(not Buckingham)势在整个范围内呈下降趋势。在rvdw_switch和rvdw之间，
力平滑地衰减到0。邻居搜寻阈值rlist应该比rvdw大0.1到0.3nm，以适应邻居列表更新时带电基团的
尺寸和扩散作用。
； Switch： LJ(not Buckingham)势在rvdw_switch范围内正常，超过该值则在rvdw处切换
为0。势能和力函数都是连续光滑的。邻居搜寻阈值rlist应该比rvdw大0.1到0.3nm，以适应邻居列表
更新时带电基团的尺寸和扩散作用。
； Encad-Shift： LJ(not Buckingham)势在整个范围内呈下降趋势。
； User：用户自定义， mdrun需要一个table.xvg文件，这个文件要包含用户定义的排斥、
色散和库仑力作用势能函数。
; cut-off lengths
rvdw-switch = 0 ；指定从何处开始切换LJ势。默认为 (0)，单位为 [nm] 。
rvdw = 1.0 ； LJ或Buckingham的阈值。默认为 (1)，单位为 [nm] 。
; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure
DispCorr = EnerPres ；能量和压力的长程色散校正。
； no：不使用任何校正。
； EnerPres：对能量和压力使用长程色散校正。
； Ener：只对能量使用长程色散校正。
；表格
; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off

table-extension = 1	；在阈值之外对非键势查找表格的扩展。默认为 (0)，单位为 [nm] 。
; Seperate tables between energy group pairs

energygrp_table =	；
； Ewald
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid

fourierspacing = 0.16 ；使用PME或PPPM时， FFT网格的最大网格间距。默认为 (0.12)，单位
为 [nm] 。
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
；使用Ewald时为倒易空间中波矢的最大量级。使用PME或PPPM时为网格尺寸。这个值会改写各
个方向上的fourierspacing。
fourier_nx = 0
fourier_ny = 0
fourier_nz = 0
; EWALD/PME/PPPM parameters
pme_order = 4 ； PME的插值顺序，默认为4（相当于三次插值），在并行计算时可以尝试
6/8/10同时减小网格尺寸。
ewald_rtol = 1e-05
ewald_geometry = 3d ； 3d：在三个方向上使用Ewald加和。
； 3dc：相互加和仍为3d，但力和势能校正在z方向上进行，造成一个伪-2d
加和。如果系统中在x-y平面上有平板结构，可以使用这个选项来增加盒子z方向的尺寸。
epsilon_surface = 0 ；控制Ewald加和在3d的偶极校正。默认为0（代表关闭）。可以通过将其值
设为无限系统中假想表面的相对介电常数来开启它。注意：如果系统中含有自由移动的电荷，不能
使用该选项。
optimize_fft = no ； no：在启动时，不对网格进行最优FFT plan的计算。
； yes：在启动时，对网格进行最优FFT plan的计算。这对长的模拟可以节
约一定百分率的计算，但开始时需要花费几分钟的时间。
；温度耦合
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ；指定温度耦合的方法。
； no：没有温度耦合。
； berendsen：使用Berendsen恒温器，热浴温度为ref_t[K]，时间常数为tau_t[ps]。
不同组可以分别耦合，在tc_grps选项中可以通过加空格隔开来指定。
； nose-hoover：使用Nose-Hoover扩展系综。此时tau_t[ps]控制平衡时温度涨落
的周期。对于NVT模拟，保守能数量被写入能量和日志文件中。
； v-rescale：使用随机条件重新调解速度。恒温器与Berendsen耦合类似，但这
个随机项可以保证产生一个正确的正则系综。随机数通过ld_seed设定。即使tau_t=0，恒温器仍能正
常工作。对于NVT模拟，保守能数量被写入能量和日志文件中。该方法不能产生正确的动能。
nsttcouple = -1 ；耦合温度的频率。默认值为-1（此时nsttcouple = nstlist）。除非nstlist≤0，
则其值设为10.对于velocity Verlet积分器，其值设为1。
nh-chain-length = 10 ；对于velocity Verlet积分器，链式Nose-Hoover恒温器的数量。蛙跳
（leap-frog） md积分器只支持1。
; Groups to couple separately
tc-grps = Protein Non-Protein ；用温度热浴分别耦合的组。（特殊注释：做真空模拟，去掉
温度耦合中的“sol”部分。在有补偿离子的模拟中，为离子加入相应的温度耦合参数）
; Time constant (ps) and reference temperature (K)
tau_t = 0.1 0.1 ；耦合时间常数（tc-grps中的每个组对应一个时间常数）， -1代表没有温度耦合。
单位为[ps]。
ref_t = 300 300 ；耦合的参考温度，即动力学模拟的温度（tc-grps中的每个组对应一个时间常
数）。单位为[K]。
；压力耦合
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ；指定压力耦合的方法。
； no：没有压力耦合，意味着固定盒子尺寸。
； berendsen：指数弛豫压力耦合，时间常数为tau_p[ps]。每个时间步长测量盒子。
； Parrinello-Rahman：适用于在收据采集时需要测量压力。当起始压力不同时，数据会有
很大的振荡。对NPT系综（准确的涨落很重要）和压力耦合时间很短的模拟不适用。
； MTTK：实施Martyna-Tuckerman-Tobias-Klein，只适用于md-vv或md-vv-avek,与
Parrinello-Rahman类似。
pcoupltype = isotropic ；指定压力耦合的类型。
； isotropic：各向同性压力耦合，时间常数为tau_p [ps]。压缩系数和参考压力分别由
compressibility [bar-1]和 ref_p [bar]设定，需要指定一个值。
； semiisotropic：压力耦合在x和y方向上为各向同性，但在z方向上不同。这对膜的模拟很
重要。需要对x/y和z方向分别指定一个值。
； anisotropic：同上，但需要对xx， yy， zz， xy/yx， xz/zx 和yz/zy六部分分别指定一个值。
当非对角压缩系数设为0时，矩形盒子将保持矩形。注意：各向异性测量会导致模拟盒子产生巨大形
变。
； surface-tension：对平行于xy平面的表面进行表面张力耦合。对z方向使用标准压力耦合，
而对x/y维进行表面张力耦合。 ref_p的第一个值等于参考表面张力乘以表面数[bar nm]，第二个值为
z方向的参考压力[bar]。两个compressibility[bar-1]值分别对应x/y和z方向上的压缩系数。 z方向的压
缩系数必须精确，因为它影响表面张力的收敛，可以将其值设为0，此时盒子的高度不变。
nstpcouple = -1 ；耦合压力的频率。默认值为-1（此时nstcouple = nstlist）。除非nstlist≤0，则
其值设为10.对于velocity Verlet积分器，其值设为1。
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)
tau_p = 2.0 ；耦合时间常数，默认值为（1），单位为[ps]。
compressibility = 4.5e-5 ；压缩系数，单位为[bar-1]。对于1atm和300K条件下的水，压缩系数
为4.5e-5[bar-1]。

ref_p = 1.0	；耦合的参考压力，单位为[bar]。
; Scaling of reference coordinates, No, All or COM

refcoord_scaling = no ；参考坐标的标定
； no：不修改位置限定的参考坐标。此时，维里和压力取决于参考坐标的绝对位置。
； all：参考坐标通过压力耦合的变换矩阵来标定。
； com：通过压力耦合的变换矩阵来标定参考坐标的质心。每个参考坐标的质心向
量不进行标定。
；模拟退火
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing = single periodic ； no：不进行模拟退火，只耦合参考温度值。
； single：退火点的单一顺序。如果模拟时间比最后一点的时间长，当
退火顺序到达最后时间点后，温度将会被耦合到这个常数值。
； periodic：一旦到达最后参考时间，退火将从第一个参考点重新开始。
这个过程一直持续到模拟结束。
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints = 3 4 ；各个温度组的退火参考/控制点数量的列表。 0代表不进行退火的组。
数字的个数应与温度组的数量相同。
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time = 0 3 6 0 2 4 6 ；各个温度组的退火参考/控制点时间的列表。单位为[ps]。
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp = 298 280 270 298 320 320 298 ；各个温度组的退火参考/控制点温度的列表。
单位为[K]。数字的个数应与annealing_time列出的数量相同。
；速度产生
gen_vel = no ； no：不产生速度。当输入结构文件不包含速度时，速度被设为0。
； yes：使用grompp时，根据Maxwell分布在温度gen_temp[K]，产生随机种子
为gen_seed的速度。
gen-temp = 300 ； Maxwell分布的温度。默认为 (300)，单位为[K]。（当你改变温度时，别忘
了改变gen_temp变量以生成速度）
gen-seed = 173529 ；用来初始化随机数发生器以产生随机速度。当其值设为-1时，随机种子由
进程ID号计算得到。默认为 (173529)，单位为 [integer]。
；键
constraints = all-bonds ； none：除了拓扑文件中明确定义的外，没有限制。
； hbonds：给含有氢原子的键添加限制。
； all-bonds：给所有的键添加限制。
； h-angles：给所有的键添加限制，同时给含有氢原子的角度添加限制。。
； all-angles：给所有的键和角度添加限制。
; Type of constraint algorithm
constraint_algorithm = lincs ；限制算法类型。
； LINCS： LINear Constraint Solver，可用于域分解。不能用于coupled角度限制。
； SHAKE：比LINCS慢，没有LINCS稳定，但可用于角度限制。不支持不同节点间原
子的限制，因而有inter带电基团限制时，不能用于域分解。 SHAKE不能用于能量最小化（EM）。
; Do not constrain the start configuration
continuation = yes ； no：对初始构型进行限制，并重置shells。
； yes：不对初始构型进行限制，不重置shells。用于准确的继续和再运行。
; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations
Shake-SOR = no
; Relative tolerance of shake
shake-tol = 0.0001 ； SHAKE的相对误差。
; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix

lincs_order = 4	；限制耦合矩阵扩展的最高位。对普通的MD， 4位就足够了。对于含有虚拟
位点的大时间步长模拟或BD，使用6位。对精确的能量最小化，使用8位。默认为4位。
; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for normal simulations, but use 2 to
conserve energy in NVE runs. For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.
lincs_iter = 1	； LINCS中校正旋转伸长的迭代次数。对于普通的模拟1步就够了（默认值）。
对于要保存精确能量的NVE模拟或精确的能量最小化，使用2。
; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond rotates over more degrees than

lincs-warnangle = 30 ；键旋转的最大角度。默认为 (30)，单位为[degrees]。超过该值LINCS将
发出警告。
; Convert harmonic bonds to morse potentials
morse = no ； no：键用谐振势代替。
； yes：键用Morse势能代替。
；能量组排除
energygrp_excl = Protein Protein SOL SOL ；排除非键相互作用的能量组pairs。（eg.此时只考
虑蛋白质和溶剂之间的非键相互作用）
； walls ；只适用于pbc=xy。
; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald

nwall = 0	；默认为0。 1代表z=0处有一个wall。 2代表z=0和z=z_box处各有一个wall。设为2
时，可用压力耦合和Ewald加和法（通常最好使用semiisotropic压力耦合，并把x/y压缩系数设为0，
否则表面积会发生变化）。 walls通过wall_atomtype选项与系统其它部分作用。对于nwall=2，能量
组wall0和wall1被自动添加以监督能量组与各个wall之间的相互作用。在z方向上的质心移动将关闭。

wall_type = 9-3 ； 9-3： LJ沿wall后面的体积进行积分： 9-3势能。
； 10-4： LJ沿wall表面进行积分： 10-4势能。
； 12-6：指导LJ势沿wall的z距离。
； table：用户定义势能，以wall的z距离为索引。
wall_r_linpot = -1 ；默认为 (-1)，单位为 [nm]。距离wall低于该值，势能成线性连续，力为
常数。将其设为正值对有原子在wall之外的平衡尤为重要。当该值≤0（＜0对wall_type=table），若
有原子在wall之外，将产生致命错误。

wall_atomtype =	；每个wall所处力场中原子类型名。在拓扑文件中使用自己的组合规则
定义一种特殊的wall原子类型，这样可以独立地调节每个原子类型与walls之间的相互作用。
wall_density =	；对wall_type为9-3和10-4，每个wall上的原子数密度，单位为[nm-3/nm-2]。

wall_ewald_zfac = 3 ；比例系数，只适用于Ewald summation（只适用于nwall=2，
ewald_geometry=3dc），最小值为2，默认为3。
；质心拉伸
; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force
pull = no ； no：不进行质心拉伸，以下所有拉伸选项都会被忽略。（如果存在于.mdp.文件中，
会产生警告！ )
； umbrella：在参照组和一个（或多个）组之间，使用伞形势能进行质心拉伸。
； constraint：在参照组和一个（或多个）组之间，使用约束进行质心拉伸。设置与
umbrella相同，但它使用的是刚体约束而不是谐振势。
； constant_force：使用线性势能（即恒力）进行质心拉伸。对该选项没有参考位置，
因而不使用参数pull_init和pull_rate。
pull_geometry = ； distance：沿着连接两个组的矢量方向进行拉伸，组成可以通过pull_dim选
择。
； direction：沿pull_vec方向进行拉伸。
； direction_periodic：与direction类似，但允许距离超过盒子尺寸的一半。此
时盒子不能为动态的。
； cylinder：用来对层进行拉伸，此时参考质心由参照组的局部圆柱形部分给
定。沿pull_vec方向进行拉伸。被选圆柱体的半径由pull_r1给定，圆柱体内所有相对重量为1，在
pull_r1和pull_r0之间，重量切换为零。半径必须小于盒子尺寸的一半。
； position：拉伸到“参照组+pull_init+time*pull_rate*pull_vec”的位置。
pull_dim = (Y Y Y) ；用于distance和position的距离组成。
pull_r1: (1) [nm] ； cylinder的内半径。
pull_r0: (1) [nm] ； cylinder的外半径。
pull_constr_tol: (1e-6) ； constraint的相对限制公差。
pull_start ； no：不修改pull_init。
； yes：把初始构象的质心距离添加到pull_init。
pull_nstxout: (10) ；写出所有拉伸组质心（坐标）的频率。
pull_nstfout: (1) ；写出所有拉伸组力的频率。
pull_ngroups: (1) ；拉伸组的数目（不包括参照组）。
pull_group0 ；参照组的名字。
pull_weights0 ；见pull_weights1
pull_pbcatom0: (0) ；见pull_pbcatom1
pull_group1: ；拉伸组的名字。
pull_weights1: ；相对重量（乘以原子质量即为质心总重量）。这个数字应该为0（意味着相对
重量均为1）或者为拉伸组的原子数目。
pull_pbcatom1: (0) ；
pull_vec1: (0.0 0.0 0.0) ；拉力方向。
pull_init1: (0.0) / (0.0 0.0 0.0) [nm] ； t=0时的参考距离。应该为一个单一值（对position为一向量）。
pull_rate1: (0) [nm/ps] ；参考位置变化速度。
pull_k1: (0) [kJ mol-1 nm-2 / [kJ mol-1 nm-1]] ；力常数。对umbrella拉伸为简谐力常数，单位
为[kJ mol-1 nm-2]。对constant_force拉伸为线性势能的力常数，单位为[kJ mol-1 nm-1]。
pull_kB1: (pull_k1) [kJ mol-1 nm-2 / [kJ mol-1 nm-1]] ；
；自由能计算
；隐式溶剂
implicit_solvent = no ； no：不使用隐式溶剂
； GBSA：使用Generalized Born formalism来做一个含隐式溶剂的模拟。有三种计算Born
半径的方法， Still, HCT and OBC。在gb_algorithm field指定，非极性solvation在sa_algorithm field
指定。
gb_algorithm = ； Still：使用Still方法计算Born radii
； HCT：使用Hawkins-Cramer-Truhlar方法计算Born radii

； OBC：使用Onufriev-Bashford-Case方法计算Born radii
nstgbradii： (1) [steps]	；（重新）计算Born radii的频率。若该值大于1，会违背能量守恒，导致轨迹不稳定。
rgbradii: (1.0) [nm]	；计算Born radii的截断半径，目前必须与rlist相同。

gb_epsilon_solvent: (80) ；隐式溶剂的介电常数。
gb_saltconc: (0) [M] ；隐式溶剂模型的盐浓度，目前不用。
gb_obc_alpha (1); gb_obc_beta (0.8); gb_obc_gamma (4.85) ； OBC模型的换算因子，默认为
OBC(II)。 OBC(I) 分别为0.8， 0和 2.91
gb_dielectric_offset: (0.009) [nm] ；计算Born radii时的di-electric offset距离， offset是每个原
子中心和相应原子的极化能中心。
sa_algorithm ； Ace-approximation ：（默认）
； None：不对非极性solvation进行计算
sa_surface_tension: [kJ mol-1 nm-2] ；默认用SA算法计算表面张力，默认值为-1

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