玩转基因组浏览器之初识IGV
欢迎关注”生信修炼手册”!
基因组浏览器可以直观的展示基因组及其各种注释信息,是展示NGS数据和分析结果的利器。在维基百科中,将基因组浏览器定义为一种展示生物数据库中基因组学数据的图形化界面,可以用于展示和查看基因结构,蛋白,基因表达,调控,突变,比较基因组等多种信息的软件。
基因组浏览器有很多种,常见的几种列表如下
UCSC Genome Browser
Ensembl Genome Browser
JBrowse
IGV
其中前三者都是基于网页的,而IGV则提供了独立的安装包,允许在本地运行。IGV由大名鼎鼎的Broad Institue团队开发和维护,官网如下
https://software.broadinstitute.org/software/igv/
该软件支持芯片数据,NGS数据,基因组注释等多种类型的数据,除了本地化安装外,也提供了web服务,网址如下
https://igv.org/app/
无需下载安装,只需联网,打开浏览器即可使用。本地化的软件采用java语言进行开发,下载地址如下
https://software.broadinstitute.org/software/igv/download
支持Windows, Mac, Linux多种平台,同时还提供了命令行版本的运行工具igvtools。软件的安装非常简单,直接下载对应平台的安装包即可。安装好之后,双击图标即可启动,界面如下
在IGV中,各种类型的信息以行为单位进行展示,每一行称之为track
, 不同类型的数据其可视化方式不同。用IGV展示数据,基本步骤如下
1. 导入参考基因组
默认情况下,软件会导入hg19的参考基因组,启动时会看到如下所示的界面
可以看到是从亚马逊的云服务器上下载了一个后缀为.genome的文件,该文件包含了基因组的序列和基因结构信息。导入之后,就可以按照染色体名称,染色体区域或者基因名称来快速查看感兴趣的基因组区域。
在这个服务器上,还提供了很多其他的基因组文件,通过点击菜单栏的Genomes->Load Genome From Server, 可以查看所有支持的物种,图示如下
如果你的物种不在这个列表内,或者你想用自己的数据来构建参考基因组,也是可以的。利用基因组序列和基因结构信息,自己构建一个.genome的文件,然后导入到软件中即可,创建的方法后续再详细介绍。
2. 导入需要展示的数据
基因组导入之后,参考坐标系就有了。接下来就是导入需要展示的数据,IGV支持多种格式的数据,图示如下
利用文件后缀来识别不同的格式,通过点击菜单栏的Files->Load From File按钮,即可导入。不同格式的文件展示形式不同,以tdf等定量结果为例,默认的展示结果是柱状图,示意如下
左侧为track name, 右侧为数据的柱状图展示,并且标记处了数据的范围,右键点击这个track, 可以设置tack name, track height, color等属性。
以上就是IGV的基本用法。IGV在chip_seq, m6AATAC等文章中使用广泛,可以很好的展示reads的分布情况,示例如下
将IGV的原始输出结果用PS等工具进行排版和美化,就可以实现上图中的效果。
·end·
—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
原创不易,欢迎收藏,点赞,转发!生信知识浩瀚如海,在生信学习的道路上,让我们一起并肩作战!
本公众号深耕耘生信领域多年,具有丰富的数据分析经验,致力于提供真正有价值的数据分析服务,擅长个性化分析,欢迎有需要的老师和同学前来咨询。
更多精彩
KEGG数据库,除了pathway你还知道哪些
全网最完整的circos中文教程
DNA甲基化数据分析专题
突变检测数据分析专题
mRNA数据分析专题
lncRNA数据分析专题
circRNA数据分析专题
miRNA数据分析专题
单细胞转录组数据分析专题
chip_seq数据分析专题
Hi-C数据分析专题
HLA数据分析专题
TCGA肿瘤数据分析专题
基因组组装数据分析专题
CNV数据分析专题
GWAS数据分析专题
2018年推文合集
2019年推文合集
写在最后
转发本文至朋友圈,后台私信截图即可加入生信交流群,和小伙伴一起学习交流。
扫描下方二维码,关注我们,解锁更多精彩内容!
一个只分享干货的
生信公众号
玩转基因组浏览器之初识IGV相关推荐
- 玩转基因组浏览器之利用IGV查找motif结合位点
欢迎关注"生信修炼手册"! motif在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能,在转录因子的chip_seq, m6A_seq等落雨都有广泛应用,之前也写了很多的文章来介 ...
- 玩转基因组浏览器之自定义IGV的参考基因组
欢迎关注"生信修炼手册"! IGV软件内置了很多的参考基因组,全部放在亚马逊的云服务器上,完整的参考基因组列表见如下链接 http://software.broadinstitut ...
- 玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对
欢迎关注"生信修炼手册"! 除了动态的查看基因组学数据,IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对,后者用于motif的查找,本文的重点是介绍 ...
- 玩转基因组浏览器之查看MAF文件
欢迎关注"生信修炼手册"! 对于基因组变异位点的存储,除了VCF外,还有一种常见的文件格式--MAF,是专门针对human突变位点注释信息的存储而定义的一种文件格式,最早在TCGA ...
- 玩转基因组浏览器之查看gwas结果
欢迎关注"生信修炼手册"! IGV支持动态查看gwas分析结果,对于gwas结果而言,要求至少要包含以下几列 CHR BP SNP P 对列的顺序没有要求,IGV通过文件名后缀来识 ...
- 玩转基因组浏览器之展示RNA二级结构
欢迎关注"生信修炼手册"! 除了展示GTF, bed等常规格式的基因结构信息,IGV还可以展示RNA的二级结构,在下面这篇文章中,就是通过IGV的这一功能来直观的展示RNA二级结构 ...
- 浏览器之战将进入HTML5时代
HTML5这个技术术语最近频频出现在与各大巨头相关的报道中:在iPad不支持Flash的争议声 中有它的身影,谷歌因为它放弃了对自家产品Gears的支持,而刚刚发布的IE9预览版对它的支持也成了一个热 ...
- 群雄逐鹿 浏览器之战将进入HTML 5时代
HTML 5这个技术术语最近频频出现在与各大巨头相关的报道中:在iPad不支持Flash的争议声中有它的身影,谷歌因为它放弃了对自家产品Gears的支持, 而刚刚发布的IE9预览版对它的支持也成了一个 ...
- 浏览器之战:烽烟再起?
我承认这个题目有点哗众取宠... 宣战:IE归来 在几个预览demo之后,微软终于在2011/2/10发布了他们的IE9 beta版本.为了壮势,微软在IE博客里用一些demo和测试数据来证明IE9比 ...
最新文章
- Eclipse,Mycclipse自动补全快捷键设置
- mysql 只允许本地登陆 centos,Centos中MySQL设置密码跟不允许匿名登陆
- 初中计算机实践研究计划,初中信息技术个人研修计划
- 为CentOS添加网络yum源
- java注解大全_java开发注解大全
- wc 统计文件的行数
- 开发---推荐16个国外的源码下载网站
- 23种设计模式详解_太厉害了,清华大牛一个坦克项目就把23种设计模式给抽丝剥茧了...
- .NET Core 中导入导出Excel
- 关于Outlook删除原邮箱邮件的解决办法
- python time perf_Python Time 的学习笔记
- MySQL之算术表达式、聚合函数及GROUP BY 与 HANVING 等函数的应用
- 作者:杨波,山东农业大学硕士生。
- 【python】filter()函数
- 百度,淘宝,腾讯三大巨头HTML页面规范分解
- UIDevice获取设备数据以及如何获取应用信息
- CCS各个版本软件的下载及安装说明(内涵有详细获取安装包以及步骤奥)
- invoke-obfuscation使用遇到的问题及Encoding免杀
- 【机器学习实战】利用朴素贝叶斯算法(naive_bayes)实现新闻分类
- 编程数学读书笔记 -- 第二章逻辑
热门文章
- 基于SmartThreadPool线程池技术实现多任务批量处理
- django 重置密码
- 连接计算机名提示输入网络凭据,Win10访问局域网共享文件时提示输入网络凭据如何解决...
- 近期杂文集锦-数学方法谈
- 一步步自定义视频播放器——TextureView+MediaPlayer自定义视频播放器
- Excel数值函数(3):对“自动筛选”的结果求和、平均值、极值等
- iOS App构建版本
- c语言定义禁止优化变量,c语言防止优化
- 串口编程之一: WIN32 API 中串口DCB 结构的介绍
- atcoder Beginner Contest 156 Roaming(组合数学 插板法)