0.简单说明：

matlab读取DICOM医学图像文件的方式很简单直接，matlab自带dicomread函数。

>> help dicomread
dicomread - Read DICOM image

This MATLAB function reads the image data from the compliant Digital Imaging and
Communications in Medicine (DICOM) file filename.

X = dicomread(filename)
X = dicomread(info)
[X,map] = dicomread(...)
[X,map,alpha] = dicomread(...)
[X,map,alpha,overlays] = dicomread(...)
[...] = dicomread(filename, 'frames', v)
[...] = dicomread(___,'UseVRHeuristic',TF)

但是，如果想要另外一种医学图像类型.mha或者.mhd的话，matlab就没有自带对应函数了。如果想继续用dicomread()函数，就需要用itk自己转换成dicom了，反而麻烦了。所以直接access MetaImage为宜，经自己测试，附上代码如下：

1. 代码正文：

1. 测试脚本1：

mhaAccessDemo.m

close all
clear
clc%% mha or mhd file access demo
hdInfo = mha_read_header('./liverMaskDemo.mha');
imgData = mha_read_volume(hdInfo);
imshow((imgData(:,:,round(end/2))));% 显示Axial（Z轴中间层数据）

测试结果图：

2. 图像头文件信息获取函数：

mha_read_header.m

function info =mha_read_header(filename)
% Function for reading the header of a Insight Meta-Image (.mha,.mhd) file
%
% info  = mha_read_header(filename);
%
% examples:
% 1,  info=mha_read_header()
% 2,  info=mha_read_header('volume.mha');
if(exist('filename','var')==0)[filename, pathname] = uigetfile('*.mha', 'Read mha-file');filename = [pathname filename];
end
fid=fopen(filename,'rb');
if(fid<0)fprintf('could not open file %s\n',filename);return
end
info.Filename=filename;
info.Format='MHA';
info.CompressedData='false';
readelementdatafile=false;
while(~readelementdatafile)str=fgetl(fid);s=find(str=='=',1,'first');if(~isempty(s))type=str(1:s-1); data=str(s+1:end);while(type(end)==' '); type=type(1:end-1); endwhile(data(1)==' '); data=data(2:end); endelsetype=''; data=str;endswitch(lower(type))case 'ndims'info.NumberOfDimensions=sscanf(data, '%d')';case 'dimsize'info.Dimensions=sscanf(data, '%d')';case 'elementspacing'info.PixelDimensions=sscanf(data, '%lf')';case 'elementsize'info.ElementSize=sscanf(data, '%lf')';if(~isfield(info,'PixelDimensions'))info.PixelDimensions=info.ElementSize;endcase 'elementbyteordermsb'info.ByteOrder=lower(data);case 'anatomicalorientation'info.AnatomicalOrientation=data;case 'centerofrotation'info.CenterOfRotation=sscanf(data, '%lf')';case 'offset'info.Offset=sscanf(data, '%lf')';case 'binarydata'info.BinaryData=lower(data);case 'compresseddatasize'info.CompressedDataSize=sscanf(data, '%d')';case 'objecttype',info.ObjectType=lower(data);case 'transformmatrix'info.TransformMatrix=sscanf(data, '%lf')';case 'compresseddata';info.CompressedData=lower(data);case 'binarydatabyteordermsb'info.ByteOrder=lower(data);case 'elementdatafile'info.DataFile=data;readelementdatafile=true;case 'elementtype'info.DataType=lower(data(5:end));case 'headersize'val=sscanf(data, '%d')';if(val(1)>0), info.HeaderSize=val(1); endotherwiseinfo.(type)=data;end
end
switch(info.DataType)case 'char', info.BitDepth=8;case 'uchar', info.BitDepth=8;case 'short', info.BitDepth=16;case 'ushort', info.BitDepth=16;case 'int', info.BitDepth=32;case 'uint', info.BitDepth=32;case 'float', info.BitDepth=32;case 'double', info.BitDepth=64;otherwise, info.BitDepth=0;
end
if(~isfield(info,'HeaderSize'))info.HeaderSize=ftell(fid);
end
fclose(fid);

3. 图像数据（坐标、灰度值）函数：

mha_read_volume.m

function V = mha_read_volume(info)
% Function for reading the volume of a Insight Meta-Image (.mha, .mhd) file
%
% volume = tk_read_volume(file-header)
%
% examples:
% 1: info = mha_read_header()
%    V = mha_read_volume(info);
%    imshow(squeeze(V(:,:,round(end/2))),[]);
%
% 2: V = mha_read_volume('test.mha');
if(~isstruct(info)), info=mha_read_header(info); end
switch(lower(info.DataFile))case 'local'otherwise% Seperate fileinfo.Filename=fullfile(fileparts(info.Filename),info.DataFile);
end% Open file
switch(info.ByteOrder(1))case ('true')fid=fopen(info.Filename,'rb','ieee-be');    %去掉fopen第一个参数的转置'otherwisefid=fopen(info.Filename,'rb','ieee-le');    %ditto
end
switch(lower(info.DataFile))case 'local'% Skip headerfseek(fid,info.HeaderSize,'bof');otherwisefseek(fid,0,'bof');
end
datasize=prod(info.Dimensions)*info.BitDepth/8;
switch(info.CompressedData(1))case 'f'% Read the Dataswitch(info.DataType)case 'char'V = int8(fread(fid,datasize,'char')); case 'uchar'V = uint8(fread(fid,datasize,'uchar')); case 'short'V = int16(fread(fid,datasize,'short')); case 'ushort'V = uint16(fread(fid,datasize,'ushort')); case 'int'V = int32(fread(fid,datasize,'int')); case 'uint'V = uint32(fread(fid,datasize,'uint')); case 'float'V = single(fread(fid,datasize,'float'));   case 'double'V = double(fread(fid,datasize,'double'));endcase 't'switch(info.DataType)case 'char', DataType='int8';case 'uchar', DataType='uint8';case 'short', DataType='int16';case 'ushort', DataType='uint16';case 'int', DataType='int32';case 'uint', DataType='uint32';case 'float', DataType='single';case 'double', DataType='double';endZ  = fread(fid,inf,'uchar=>uint8');V = zlib_decompress(Z,DataType);
end
fclose(fid);
V = reshape(V,info.Dimensions);
function M = zlib_decompress(Z,DataType)
import com.mathworks.mlwidgets.io.InterruptibleStreamCopier
a=java.io.ByteArrayInputStream(Z);
b=java.util.zip.InflaterInputStream(a);
isc = InterruptibleStreamCopier.getInterruptibleStreamCopier;
c = java.io.ByteArrayOutputStream;
isc.copyStream(b,c);
M=typecast(c.toByteArray,DataType);

2. 写在最后：

周末偷闲临时小纪，更多资料大家可以访问mathworks官网去获取。

matlab读取医学图像MetaImage类型的.mha和.mhd文件相关推荐

matlab读取xml文档并储存为.mat文件详解
起因是需要将c++中的矩阵传入matlab中进行处理,发现xml文档可以保留精度,因此选择xml作为中介完成从c++到matlab的数据传递. xml文档结构如下: <opencv_storag ...
matlab将txt数据分类,MATLAB读取txt文件，txt里面有字符串和数值两种类型
MATLAB读取txt文件,txt里面有字符串和数值两种类型 mip版关注:96 答案:4 悬赏:30 解决时间 2021-01-29 08:48 已解决 2021-01-28 15:04 M ...
Matlab读取 mp4 视频 Error Creating Source Reader Reason: 不支持给定的 URL 的字节流类型
问题描述在window环境下,使用Matlab读取视频时,如下蓝色代码读取视频 % 读取视频 inputPathName='C:\download\'; [filename,inpu ...
matlab 打开txt文件窗口,Matlab读取txt文件、xlsx文件
MATLAB读取和写入txt文件 https://blog.csdn.net/jisuanjiguoba/article/details/79997805 txt文件中既有空格又有tab键,请问怎么正 ...
MATLAB读取二进制文件------fread
fread: 读取二进制文件中的数据语法: A = fread(fileID) A = fread(fileID,sizeA) A = fread(fileID,sizeA,precision) A ...
Matlab读取点云数据显示
求matlab读取三维点云数据的程序. clear A=importdata('data.txt'); [IX,IY]=size(A); x=A(:,1 ...
matlab读取txt数据绘图（python命令行传参）
(1)命令行实现高斯分布一:综述 Python唯一支持的参数传递方式是『共享传参』(call by sharing)多数面向对象语言都采用这一模式,包括Ruby.Smalltalk和Java(Jav ...
matlab读取文件夹下所有文件的字符串,MATLAB读取文件夹下所有文件的文件名并读取数据...
MATLAB读取文件夹下特定类型格式文件的文件名并读取该格式文件的数据利用代码对大量数据进行自动批处理时,首先需要获取该数据存放的文件夹(文件夹路径),然后获取该文件夹下某一类型数据所有的文件名,最 ...
matlab读lExcel文字,matlab读取excel文件及其数据处理
在许多时候我们要借助于matlab读取excel的内容进行处理,以下是一种常用的处理方法 office的表格文件也就是xls文件本质上就是一个二维矩阵,二维矩阵是用来保存数据的最佳方式,所以在日常工作 ...

matlab读取医学图像MetaImage类型的.mha和.mhd文件

0.简单说明：

1. 代码正文：

2. 写在最后：

matlab读取医学图像MetaImage类型的.mha和.mhd文件相关推荐

最新文章

热门文章