量子化学计算(Gausssian)图形工作站硬件方案
(一)量子化学计算如何选择硬件配置
由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异 ,那么如何选择好服务器/工作站的硬件配置,提高计算速度,缩短求解时间?主要看用量子化学计算软件的算法,及做什么求解,因为算法和精度决定了计算特点和求解规模,合理的硬件配置,大大发挥机器性能,缩短求解时间。
主要量子化学软件:Gaussian,GAMESS,MOLPRO,NWChem
1.1量子化学算法、精度与计算成本
1.2原子体系规模、算法及硬件配置特点
NO |
体系规模划分 |
主要算法 |
硬件配置最低推荐 |
1 |
1000个原子以上 |
分子力学 |
多GPU架构 |
2 |
250-1000个原子 |
半经验或DFTB |
4核~16核+32~64GB内存 |
3 |
100-250个原子 |
密度泛函DFT |
4核~44以上+64~128GB |
4 |
25-100个原子 |
多体微扰理论方法MPn |
8核~64核+128~256GB+高io |
5 |
10-25个原子 |
耦合簇CCSD(T) |
8~64核+192GB+高io |
6 |
10个原子以下 |
组态相互作用法CI/CC |
8~96核以上+256GB+高io |
1.3以Gaussian为例,先看多核并行计算测试
(1)基于Gaussian 09版本
这个测试分别用4核、8核、16核、32核、64核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比很理想
(2)基于Gaussian 16版本多核并行计算测试
这个测试分别对8核、16核、32核、44核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比到32核很理想,44核已经对求解没有多大提升了
数据来源: http://www.hpc.co.jp/benchmark20150706.html
1.4 量子化学计算硬件配置特点
(1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完全是线性的
(2)最新CPU架构和提升频率,对缩短求解时间非常显著
(3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求
|
CPU |
内存 |
硬盘 |
GPU |
HF和DFT |
非常重要 |
不可忽视 |
支持 |
|
MP2,MP4 |
重要 |
非常重要 |
||
TD-DFT |
非常重要 |
不可忽视 |
支持 |
|
SAC-CI |
非常重要 |
非常重要 |
数据来源:http://www.hpc.co.jp/chem/c_select_hardware.html
(4)核数与内存比例为 1:4最为理想
(5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有局限性,同时性价比不好
(6)组成集群的计算节点配置最好采用4核~10核超高频,效率最高
(二)基于量子化学计算,UltraLAB完美硬件配置推荐
2.1 UltraLAB图形工作站机型介绍
UltraLAB是西安坤隆计算机科技有限公司推出的定制图形工作站品牌,经过多年发展,该产品拥有傲视群雄的三大领先优势:先进计算硬件架构、完整齐全行业应用定制方案、专业硬件系统优化技术,大幅超越同类的“图形工作站”产品。以下是基于量子化学计算应用最快硬件架构产品系列:
NO |
机型种类 |
硬件特点 |
计算规模划分 |
1 |
极速工作站 H360 |
拥有最高频率4核5.1GHz |
中小计算规模,低精度应用 |
2 |
极速工作站H480 |
具备一定核数与超高频率两者完美结合, 如:6核4.5GHz,8核4.3GHz,10核4.3GHz |
中等计算规格,精度略高应用 |
3 |
极速工作站H610 |
具有双Xeon架构(最多44核)的自动超频加速 |
中大计算规模,高精度应用 |
4 |
高性能工作站 EX610 |
双Xeon 自动超频加速(最多44核)+ 8个并行存储 |
大计算规模,高精度应用 |
5 |
超级图形工作站 Alpha720 |
配备四颗Xeon(最高96核)+16个并行存储 |
超大计算规模,超高精度应用 |
2.2 硬件配置参考
NO |
型号 |
配置规格 |
报价 |
1 |
UltraLAB H360 15116-TBA |
Intel至尊处理器(4核5.1GHz)/ 16GBDDR4 /Quadro K620/ 2TB SATA企业级/塔式(865w)/23"图显 |
17300 |
2 |
UltraLAB H480 14532-S2TBA |
Intel至尊处理器(6核4.5GHz)/ 32GBDDR4 /Quadro K620/ 256GB SSD+2TB SATA企业级 /塔式(865w)/23"图显 |
23500 |
3 |
UltraLAB H480 14332-S2TCA |
Intel至尊处理器(8核4.3GHz)/ 32GBDDR4 /Quadro K620/ 256GB SSD+2TB SATA企业级/ 塔式(865w)/23"图显 |
31200 |
4 |
UltraLAB H480 14364-S5TCA |
Intel至尊处理器(10核4.3GHz)/ 64GB DDR4 /Quadro P600/ 512GBSSD+4TBSATA企业级/ 塔式(865w)/23"图显 |
45000 |
5 |
UltraLAB H610 23664-S5TCA |
2*Xeon E5 2667v4(16核3.6GHz)/ 64GBDDR4 /Quadro P600/ 512GBSSD+4TBSATA企业级/ 塔式(865w)/23"图显 |
65000 |
6 |
UltraLAB H610 23396-S5TCB |
2*Xeon E5 2687Wv4(24核3.3GHz)/ 96GBDDR4 /Quadro P600/ 512GB SSD+4TB SATA企业级/ 塔式(865w)/23"图显 |
75000 |
7 |
UltraLAB H610 230128-SATCB |
2*Xeon E5 2697v4(32核3.0GHz)/ 128GB DDR4 /Quadro P2000/ 1TBSSD+4TBSATA企业级/ 塔式(865w)/23"图显 |
96500 |
8 |
UltraLAB EX610 227192-SA28TB |
2*Xeon E5 2699v4(44核2.8GHz)/ 192GBDDR4 /Quadro P2000/ 1TBSSD企业级+28TB并行存储/ 塔式(865w)/23"图显 |
135000 |
9 |
UltraLAB Alpha720 427256-SA28TC |
4*Xeon E7 8867v3(64核2.7GHz)/ 256GBDDR3 /Quadro P4000/ 1TBSSD企业级+28TB并行存储/ 双塔式(1600w)/23"图显 |
235000 |
10 |
UltraLAB Alpha720 427384-SA28TC |
4*Xeon E7 8867v4(72核2.7GHz)/ 384GBDDR4 /Quadro P4000/ 1TBSSD企业级+28TB并行存储/ 双塔式(1600w)/23"图显 |
279000 |
11 |
UltraLAB Alpha720 427512-SB28TC |
4*Xeon E7 8890v4(96核2.7GHz)/ 512GBDDR4 /Quadro P4000/ 2TBSSD企业级+28TB并行存储/ 双塔式(1600w)/23"图显 |
360000 |
备注:以上价格仅供参考
上述配置其显著特点,
(1)全部采用最新intel硬件架构
(2)提供不用规模的高效完美硬件配置,满足不同算法和精度计算需求
(3)每个配置架构,CPU频率达到极致,提升性能关键指标
(4)足够多核数,并行存储高io,满足高精度计算,均衡无死角
(5)整机全部提供系统优化,大幅提升计算速度
(6)支持GPU计算扩展
详情咨询
西安坤隆计算机科技有限公司
国内知名高端定制图形工作站
微信
量子化学计算(Gausssian)图形工作站硬件方案相关推荐
- 计算机量子化学计算实验报告物化实验,experimental report:量子化学计算(HMO).pdf...
experimental report:量子化学计算(HMO) 武汉大学化学与分子科学学院物理化学课程实验报告 之 量子化学计算 刘凯 化基二班 2014301040058 2016 年3 月2 日 ...
- 计算机量子化学计算焓,量子化学计算方法及应用.doc
量子化学计算方法及应用,量子化学计算方法,量子化学中的计算方法,量子化学计算,量子化学计算软件,量子化学应用,量子化学,量子化学基础,量子化学徐光宪,图解量子化学 量子化学计算方法及应用 马建华 华侨 ...
- 计算机量子化学计算数据处理,实验37 量子化学计算.doc
实验37 量子化学计算.doc 实验37 量子化学计算 一.目的要求 1.通过计算机操作,了解如何运行量子化学应用程序及编制数据输入文件. 2.用HMO法计算共轭分子的电荷密度.键级及自由价,作出分子 ...
- 物化实验计算机量子化学计算,量子化学计算实验详解.pdf
您所在位置:网站首页 > 海量文档  > 中学教育 > 中学实验 量子化学计算实验详解.pdf5页 本文档一共被下载: ...
- 计算机量子化学计算实验报告物化实验,量子化学计算方法及应用实验报告.docx...
量子化学计算方法及应用实验报告 量子化学计算方法及应用实验报告 篇一:Gaussion软件在化学键长计算中的应用 毕业论文(设计)开题报告 (学生用表) 篇二:几种计算软件 Gaussian: 量子化 ...
- 购买量子化学计算用计算机,从材料堆积物品,到计算机辅助的量子化学
我们日常生活中,能够接触到的所有物品,基本上都是由某种物质的材料,通过一定的设计和加工,形成了宏观上的结构,这是大家早就习以为常的事情了.但是不同的人对宏观结构和物质材料的认识还是有很大差距的. 传统 ...
- 量子化学计算机理,几种化学反应机理的量子化学理论计算
摘要: 本论文运用量子化学理论对氨三乙酸两种脱水的反应机理以及甲醇羰基化氨解制甲酸的反应机理进行了理论研究,所有反应机理的研究均使用Gaussian 03程序,采用密度泛函理论(DFT)在B3LYP/ ...
- 计算机量子化学计算焓变,物理化学实验
绪论 1.1 物理化学实验目的与要求 1.2 误差及数据处理 1.3 计算机处理物理化学实验数据的方法 1.4 学生实验规则与安全 实验内容 2.1 热力学 实验1 恒温槽控温精度的研究 实验2 燃烧 ...
- Gaussian量子化学计算、LAMMPS分子动力学模拟
Gaussian是做半经验计算和从头计算使用最广泛的量子化学软件,可研究诸如分子轨道,结构优化,过渡态搜索,热力学性质,偶极矩和多极矩,电子密度和电势,极化率和超极化率,红外和拉曼光谱,NMR,垂直电 ...
最新文章
- Java项目:在线高中考试系统(java+SSM+Jsp+Mysql+Maven)
- matlab迷宫做短路径,迷宫最短路径问题解析
- extjs中文字体在firefox和Adobe Air里显示偏小的问题
- js实现图片无缝循环跑马灯
- 【转载】PHP报错分析(Corrupted encoded data detected in)
- 直播 | ACL 2021论文解读:为结构预测问题自动寻找更强的词嵌入拼接方式
- Nginx upstream (一) 整体流程分析
- sql 2008日志增长过快_SQL语句引起的空间暴增分析
- 采用Opserver来监控你的ASP.NET项目系列(三、监控你的服务器状态)
- psftp 上传下载文件
- idea docker 一键部署实战
- Java log4j使用
- vc++网络安全编程范例(15)-导出会话密钥
- html帮助文档看不了,Service Log按照文档设置之后,在web页面看不到,帮助文档的图片有点问题(看不到了),能不能处理一下...
- TypeError:Can't instantiate abstract class Ultraman with abstract methods sttack 报错
- 记一下特殊节日爬取微博表情包
- python中1 100的质数_Python求解1到100之间的质数
- 黑客进行攻击中最重要的环节“信息收集”
- Notebook交互式完成目标检测任务
- torchtorchvision对应版本