chip_seq在增强子研究中的应用

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增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列，可以显著提高靶标基因的转录活性，属于顺式作用元件的一种。

1981年Benerji在SV40 DNA中发现一个140bp的序列，可以大大提高血红蛋白融合基因的表达水平，位于SV40 早期基因的上游，由两个正向重复序列组成，每个长度在72bp 。

和启动子区的转录调控机制相比，增强子的作用方式有以下几个特点

具有远距离效应，增强子和靶标基因的距离可以非常的远，从几K到几M的距离都可以
无方向性，增强子可以对其两侧的靶标基因进行调控，而且靶基因可以在任意一条链上，而启动子只能下游临近的基因

鉴定增强子的方法多种多样，在chip_seq领域，常用的有以下几种方式

对多个转录因子的peak区域进行聚类，识别增强子区域
将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark
使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A作为抗体进行chip_seq，识别增强子
使用组蛋白乙酰化转移酶P300作为抗体进行chip_seq,识别增强子

通过对chip-seq数据进行分析，鉴定出了非常多的增强子序列。在此基础上，进一步提出了超级增强子的概念，将增强子富集的区域定义为超级增强子，识别的方法如下

首先利用chip数据识别到增强子区域，然后对增强子区进行合并，距离在12.5kb范围内的增强子合并为一个区域，最后将合并后的区域和未合并的区域根据某种score进行排序，画出第三步的图，将斜率在1以上的区域称之为超级增强子。

目前增强子和超级增强子也有对应的数据库出现，在后续文章中会详细介绍。

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