安装和维护ImageJ

2 安装和维护ImageJ 机翻Imagej文档

可以从http://imagej.nih.gov/ij/download.html下载ImageJ 。有关如何在Linux，Mac OS 9，Mac OS X和Windows [ 1 ]上安装ImageJ的详细信息，请访问http://imagej.nih.gov/ij/docs/install/（“帮助▷安装…↓”命令）。特定于平台的“疑难解答”和“已知问题”部分特别有用。在http://fiji.sc/wiki/index.php/Downloads中描述了Fiji↓安装。

下载的软件包可能不包含最新的错误修复程序，因此建议您在首次安装后立即升级ImageJ。更新IJ [？]仅包含运行帮助▷更新ImageJ…↓，这会将最新的ij.jar安装在ImageJ文件夹中（在Linux和Windows上）或在ImageJ.app内部（在Mac OS X上）。

帮助▷更新ImageJ…↓可用于升级（或降级）ij.jar文件以发布更新或每日构建。发布更新经常在IJ新闻网站上发布，并按字母顺序标记（例如，1.43m）。通常，这些版本包含一些新功能和错误修复，有关详细信息，请参见ImageJ新闻页面。另一方面，每日版本会标有数字子索引（例如v.1.43n4），并且经常在没有文档的情况下发布。不过，如果有的话，可以在http://imagej.nih.gov/ij/source/release-notes.html上找到每日构建的发行说明。。当发布周期结束时（v。1.42以1.42q结尾，v。1.43以1.43u结尾，等等），将创建一个安装包，可以从http://imagej.nih.gov/ij/download.html下载。通常，此软件包与一小部分附件捆绑在一起（Macros↓，Scripts↓和Plugins↓）。

Luts，Macros和Tools Updater，一个宏工具集，用于对ImageJ网站上列出的宏进行实时更新

2.1 ImageJDistributions

ImageJ本身并没有那么强大：它的真正优势在于可将ImageJ的功能扩展到其基本核心以外的大量Plugin↓。来自世界各地的贡献者的数百个（可能是数千个）免费提供的插件在ImageJ的成功中起着举足轻重的作用[ 102 ]。运行帮助▷更新ImageJ…↓，但是不会更新您可能已安装的任何插件 [B] 。

可以从多个来源（ImageJ的插件页面[帮助▷插件…↓ ]，ImageJ信息和文档门户网站以及斐济的网页等）获得 ImageJ附加组件（插件↓，脚本↓和宏↓），这些信息可以手动更新艰巨的任务。。仅出于这个原因，它就非常方便地使用与预先组织好的附加组件捆绑在一起的ImageJDistributions↑。

以下是最相关的项目列表，这些项目解决了在其基础之外组织和维护ImageJ的艰巨任务。如果您是生命科学家，并且对选择哪种分布方式有疑问，则应该选择Fiji↓。它经过大量维护，提供自动更新程序，改进的脚本功能以及强大的插件。在ImageJ↓顶部构建的软件包中讨论了ImageJ的更多专业化版本。

斐济

斐济（斐济只是ImageJ，包括电池）是ImageJ与Java，Java 3D和几个插件组成的发行版，这些插件被组织成一个一致的菜单结构。引用其开发人员的话：“斐济与ImageJ相提并论，而Ubuntu与Linux相较”。斐济的主要重点是协助生命科学领域的研究，包括图像配准，拼接，分割，特征提取和3D可视化等。它还支持许多脚本语言（BeanScript，Clojure，Jython，Python，Ruby，请参见 其他语言的脚本↓）。重要的是，斐济附带了一个方便的更新程序，该更新程序知道您的文件是最新的，过时的还是本地修改的。综合文件适用于大多数插件。斐济项目于2008年11月在ImageJ用户和开发者大会上首次公开发布。

MBF图像

该MBF的ImageJ捆绑或ImageJ的显微镜（原WCIF-ImageJ的）功能的插件和宏，整理和托尼·柯林斯组织在MacBiophotonics设施，麦克马斯特大学的集合。该手册随附一本全面的手册，描述了如何在光学显微镜图像数据中使用该套件。对于显微镜专家来说，这是一个很好的资源，但是并没有得到积极维护，落后于核心ImageJ的开发。

请注意，您可以将MBF ImageJ的插件添加到斐济，同时结合两个程序的优点。实际上，您可以同时使用多个ImageJ发行版，可以通过收集最能满足您需求的插件来组装自己的ImageJ包（可能是您机构中的其他人已经开始使用它了？），也可以创建符号链接以在不同安装之间共享插件。

ImageDev 上所有与ImageJ相关的项目的描述

2.2 相关软件

2.2.1 基于ImageJ构建的软件包

Bio7 Bio7是用于生态建模的集成开发环境，主要关注基于个人的建模和空间显式模型。Bio7功能：统计分析（使用R）；空间统计；R和Java之间的快速通讯；BeanShell和Groovy支持；使用嵌入式流程图编辑器进行灵敏度分析，并创建3D OpenGL（Jogl）模型（另请参见ImageJ互操作性↓中的RImageJ）。

BoneJ BoneJ是用于小梁几何和整个骨骼形状分析的工具集合。

μ管理 微管理器是一个软件包用于自动化显微镜的控制。它使您可以执行常见的显微镜图像采集策略，例如延时，多通道成像，z堆栈及其组合。μManager与所有四个主要制造商的显微镜，大多数科学级相机以及显微镜成像中使用的许多外围设备一起使用。

磁共振成像 蒙彼利埃RIO成像设施（CNRS）开发的MRI细胞图像分析仪是一种快速的图像分析应用程序开发框架，为ImageJ的功能添加了可视化脚本接口。它可以创建批处理应用程序以及交互式应用程序。应用包括“ DNA梳理”，“细胞中染色蛋白的定量”，“核与细胞质之间的强度比的比较”和“计数在不同通道中染色的核”的主题。

ObjectJ ObjectJ是object-image的后继者，支持图形矢量对象，该对象可以对透明层上的图像进行非破坏性标记。矢量对象可以手动放置，也可以通过宏命令放置。合成对象可以封装不同的颜色编码标记结构，以将属于一起的要素捆绑在一起。ObjectJ在结果和图像之间提供来回导航。结果表支持统计，排序，颜色编码，限定和宏访问。

SalsaJ SalsaJ是专门为EU-HOU项目开发的学生友好型软件。它专用于教室中的图像处理和天文图像分析。SalsaJ已被翻译成多种语言。

TrakEM2 TrakEM2是用于形态数据挖掘，三维建模和图像拼接，配准，编辑和注释的程序[ 6 ]。TrakEM2与Fiji一起分发，并且能够：

3D建模 通过轮廓或轮廓序列定义的3D对象，可以从中构造蒙皮或网格并在3D中可视化。

关系建模 提取描述对象之间链接的地图。例如，哪个神经元通过多少个和哪个突触来接触哪个其他神经元。

BioImageXD，Endrov，图像SXM

2.2.2 ImageJ的互操作性

存在几个允许ImageJ与其他应用程序/环境进行交互的软件包：

Bitplane Imaris ImarisXT可以加载和执行ImageJ插件。bpImarisAdapter（仅Windows，并且需要Imaris和ImarisXT的有效许可证）允许在Imaris和ImageJ之间交换图像。

Cell Profiler CellProfiler [ 9 ]具有RunImageJ，该模块允许ImageJ插件在CellProfiler管道中运行。

Icy Icy是用于生物成像的开源社区软件，它执行具有几乎100％插件兼容性的ImageJ插件。

Knime Knime（[？] Konstanz Information Miner）包含多个图像处理节点（[？] KNIP），它们能够执行ImageJ插件和宏。

开放式显微镜环境 [？]所有开放式显微镜环境项目，例如Bio-Formats，VisBio和OMERO，都可以与ImageJ很好地集成。

RImageJ —用于ImageJ的R绑定 ImageJ和R之间的绑定（GNU S） —用于统计计算和图形的自由软件环境。RImageJ的文档可从http://cran.r-project.org/web/packages/RImageJ/RImageJ.pdf获得（另请参见“基于ImageJ↑的软件包中的Bio7” ）。

MIJ-Matlab-ImageJ双向通信 一个Java包，用于在Matlab和ImageJ之间进行双向数据交换，从而允许在两个成像软件之间交换图像。MIJ还允许MATLAB访问ImageJ的所有内置函数以及第三方ImageJ插件。开发人员在MIJ和Matlab File Exchange网站上提供了更多信息。Fiji↑具有Miji.m，这使在Matlab中使用Fiji组件提供的库和函数更加方便。

ImageJ相关链接，ImageJ2↓网站上的相关成像软件列表

2.3 ImageJ2

ImageJDev是联邦资助的，由多个机构组成的项目，致力于开发ImageJ的下一代版本：“ ImageJ2”。ImageJ2是对ImageJ的完整重写，其中包括具有兼容性层的当前稳定版本ImageJ（“ ImageJ1”），因此旧式插件和宏可以像在ImageJ1中一样运行。以下是总结的的ImageJDev项目目标：

根据社区的需求创建ImageJ的下一代版本并改进其核心体系结构。
为确保ImageJ仍然有用并与尽可能广泛的社区相关，请保持与ImageJ1的向后兼容性尽可能接近100％。
通过将ImageJ与现有的开源程序接口来扩展功能。
以清晰的视野领导ImageJ开发，避免重复工作
要为ImageJ提供集中的在线资源：程序下载，插件存储库，开发人员资源等。

请确保关注ImageJ2项目新闻和ImageDev博客，以获取有关此令人兴奋的项目的更新。