根据列名提取指定列 shell awk

例子文件

colname.txt

enzyme    sample1    sample2    sample3    sample4    sample5
1    2    2    3    4    5
2    2    4    6    8    8
3    4    7    8    9    10
4    5    2    5    9    0

只想要提取sample1和sample5还有enzyme的数据

从网上搜到的方法, 首先建立一个awk的脚本叫select.awk 内容如下:

这里的cols是提取的列名字, 这里的input是输入的文件

BEGIN {split(cols,array,",") # 分割cols这个变量 到out这个array里
}
NR==1 {for (i=1; i<=NF; i++) # 读取第一行,i是从1开始一直到input文件的最后一列ix[$i] = i # ix[$1]=1 也就是说 ix[enzyme]= 1 这样就有对应的列名 所对应的列是第几列.
}
NR>=1 {for(i=1; i <= length(array); i++) # 遍历col给提供的参数# print the OFS as a characterprintf "%s%s", $ix[array[i]], OFS #$ix[array[1]] -> $ix[enzyme]-> $1 得到所对应的数值print ""
}

输出文件

enzyme sample1 sample5
1 2 5
2 2 8
3 4 10
4 5 0

这样就可以提取指定列了.

补充几个小科普

1. awk 里面的 NR==1 , 是指的第一行

echo -e "test test\ntest1 test1"|awk 'NR==1 {print $1}'

输出: test (这个指令是说输出第一行的第一列)

2. awk split 分割字符串

echo "test1|test2|test3" | awk '{split($0,a,"|"); print a[3],a[2],a[1]}'

zhidignliele输出

test3 test2 test1

3. awk -f

-f 指的是--file progfile

4. printf 输出

％s 表示输出一个字符串

5. BEGIN/END简单用法,就是在执行具体操作之前,执行的操作,简单来说语句是下面的格式

awk 'BEGIN { actions } /pattern/ { actions }/pattern/ { actions }……….END { actions }
' filenames

example

下面是testfile.com这个文件

cat testfile.com
www.apple.com
www.banana.com
www.orange.com
www.watermelon.com
www.kiwi.com
www.grape.com
www.avocado.com
www.cantaloupe.com

我想要在输出这个文件之前打印这些都是水果, 命令行如下

awk 'BEGIN {print "those are all fruits:"} {print $0} ' testfile.com

输出结果:

those are all fruits:
www.apple.com
www.banana.com
www.orange.com
www.watermelon.com
www.kiwi.com
www.grape.com
www.avocado.com
www.cantaloupe.com

如果加patter,只输出以包括a字母的水果, 这里的/a/ 就是上文所对应的pattern

awk 'BEGIN {print "those are all fruits:"} /a/ {print $0} ' testfile.com
those are all fruits:
www.apple.com
www.banana.com
www.orange.com
www.watermelon.com
www.grape.com
www.avocado.com
www.cantaloupe.com

如果是想在结尾再加上 this is the end 语句,则见下面例子

awk 'BEGIN {print "those are all fruits:"; } /a/ {print $0; } END {print "this is the end";}' testfile.com
those are all fruits:
www.apple.com
www.banana.com
www.orange.com
www.watermelon.com
www.grape.com
www.avocado.com
www.cantaloupe.com
this is the end

参考ref

https://www.tecmint.com/learn-use-awk-special-patterns-begin-and-end/

https://stackoverflow.com/questions/8009664/how-to-split-a-delimited-string-into-an-array-in-awk

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