python 实现otu表水平转化

转化各水平OTU标

import xlrd
import xlsxwriter
i=0
j=1
p=0
k=0
numi=0
numj=0workbook= xlrd.open_workbook('/media/sf_Myshared/t1d_mejialeon.otu_table.100.denovo.xlsx')worksheets = workbook.sheet_names()
table = workbook.sheet_by_name('t1d_mejialeon.otu_table.100.den')sheet_names= workbook.sheet_names()book= xlsxwriter.Workbook('/media/sf_Myshared/PM_otu_final/t1d_mejialeon.otu_table.100.denovo.xlsx')sheet1=book.add_worksheet("sheet1")
nrows = table.nrows
ncols = table.ncols
name1=table.cell_value(0,0)for sheet_name in sheet_names:sheet2 = workbook.sheet_by_name(sheet_name)print (sheet_name) cols = sheet2.col_values(0) b = list(set(cols))
b.sort(key=cols.index)
for x in b:sheet1.write(numj,0,x)numj+=1
for each_b in b:count = 0for each_a in cols:if each_b == each_a:count += 1#print(count)k=k+countnumi=0for j in range(1,ncols):sum=0numi+=1for i in range(k-count,k):cellva=table.cell_value(i,j)sum=sum+cellvasheet1.write(p,numi,sum)#print (sum)p+=1#print (k-count)#print (b)book.close()

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