HPA:人类蛋白图谱数据库

2024-05-26 02:02:48

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HPA全称是Human Protein Atls，利用转录组学和蛋白质组学技术，从RNA和蛋白水平研究人类不同组织和器官中的蛋白表达情况，网址如下

https://www.proteinatlas.org/

根据32个不同组织中蛋白编码基因的RNA_seq数据，将基因进行了分类，结果如下所示

鉴于分泌蛋白，膜相关蛋白在病理生理学中的重要作用，将蛋白划分了下图所示的不同类别进行研究

通过不同组织中的RNA_seq数据，分析了蛋白编码基因在不同组织中的富集情况，如下所示

可以看到在脑组织中，膜香瓜蛋白较多，而在肺中，分泌蛋白较多。除了对不同组织/细胞中的蛋白表达进行比较分析，还进一步研究了不同肿瘤中蛋白的表达情况。

在HPA中，又进一步划分成了以下3个子类

1. The Tissus Atlas

用于查看和分析蛋白编码基因在不同组织和器官中的表达情况，以MYL7为例，链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000106631-MYL7/tissue
结果示意如下

2. The Cell Atlas

提供了蛋白编码基因在不同细胞系中的表达情况，同时还体用了对应的亚细胞定位信息，以CCNB1为例，链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000134057-CCNB1/cell

结果示意如下

3. The Pathology Atlas

提供了基因在肿瘤组织中的表达情况，以及生存分析，病理学图像等结果，以MK167为例，链接如下

https://www.proteinatlas.org/ENSG00000148773-MKI67/pathology

结果示意如下

通过HPA数据库，可以方便的探究蛋白编码基因在正常和肿瘤组织/器官中的表达情况。

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