关于ChIPseekR包的注释重复的问题

对Y叔的ChIPseekR中关于注释重复的问题研究了一下，特此记录

例子：

setwd("F:/file")
suppressPackageStartupMessages(library(GenomicFeatures))
suppressPackageStartupMessages(library(ChIPseeker))
peak <- readPeakFile("Maize_peaks.txt")
TXDB <- loadDb("TxDb/maize/EnsemblPlant.AGP.V3.19.sqlite")
anno <- annotatePeak(peak,tssRegion = c(-5000, 5000), TxDb=TXDB)
anno
# Annotated peaks generated by ChIPseeker
# 6365/6365  peaks were annotated
# Genomic Annotation Summary:
#               Feature Frequency
# 4             5' UTR  1.5396701
# 3             3' UTR  0.3613511
# 1           1st Exon  1.4768264
# 7         Other Exon  1.3668500
# 2         1st Intron  1.3040063
# 8       Other Intron  2.3095051
# 6 Downstream (<=300)  6.6457188 # Y叔说这里标错了，应该是<=3000
# 5  Distal Intergenic 84.9960723
plotAnnoPie(anno)

在注释结果 anno中结果被分为 5’ UTR、3’ UTR、1st Exon、Other Exon、1st Intron、Other Intron，如果有annotation overlap，优先性依次降低(即归属为前面的，就不会划分给后面)。但是在pie图中只有细分的Promoter、other Exon、1st Intron、Other Intron，Downstream(<=300)，Distal Integenci(概念不清楚的话参考wiki)。这部分解释见如何定义基因下游区间。

大意是 annotatePeak()函数中 tssRegion定义的Promoter区域以tss为中心，范围其实包括了通常意义上的基因的 upstream and downstream，也很可能包括了基因的外显子，内含子，5’ UTR、3’ UTR（如果基因ORF比较短的话）所以在画图中就直接显示被细分的Promoter了。然后Downstrream(<=300) 其实应该是Downstrream(<=3000) （github已提issue)，也就是基因末端向 intergenci区域延伸3000kb的部分。为了能提供overlap的信息，作者提供了 vennpie() 和 upset() 两个函数。此外还有一些问题，可以参考chipseek几个注释的问题。其中详细的解释了 几种注释策略，以及想不以tss为设置范围中心的参数设置策略，都很有用。

From document:

All the peak information contained in peakfile will be retained in the output of annotatePeak. The position and strand information of nearest genes are reported. The distance from peak to the TSS of its nearest gene is also reported. The genomic region of the peak is reported in annotation column. Since some annotation may overlap, ChIPseeker adopted the following priority in genomic annotation.

Promoter

5’ UTR

3’ UTR

Exon

Intron

Downstream（within 3kb)

Intergenic

Downstream is defined as the downstream of gene end.

ChIPseeker also provides parameter genomicAnnotationPriority for user to prioritize this hierachy.优先级可调

参考资料：

multiple annotation in ChIPseeker
如何定义基因下游区间
chipseek几个注释的问题
document

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