1、使用plink进行IBS矩阵的构建；

plink --bfile 45_zk -recode -out 45_zk ## 转换二进制文件45_zk 为文本格式

plink --file 45_zk --cluster --matrix --noweb ##构建IBS矩阵

会出现如上图所示的文件。接下来，我们会使用plink.mibs 和 plink.mibs.id

2、基于IBS矩阵，在R语言构建nj进化树，并写出nwk文件；

#包的安装与读取  install.packages("age")
install.packages("phangorn")
install.packages("seqinr")library(ape)
library(phangorn)
library(seqinr)##读入plink.mibs文件
dir()
m<-as.matrix(read.table("plink.mibs"))

这是小Y的一个数据，可以看到读入IBS矩阵后，共有个体366个


m<-as.matrix(read.table("plink.mibs"))
dimnames(m) <- list(1:366, 1:366) #366为个体数#构建单位矩阵g
g=matrix(1,nrow=366,ncol=366,byrow=FALSE)#记得更新个体数#计算遗传距离 D=1-IBS，
D=g-m

此时有的一些数据情况如下图

ID_number <- read.table("plink.mibs.id")
rownames(D) <- ID_number$V1  #补充每分支的IDtr2 <- bionj(D) #使用bionj函数进行建树write.tree(tr,file="tr.nwk")  #写出nwk文件，可在itol中美化树

如果直接在R 中出图，可以用以下命令

plot(tr2,cex =0.5) #输出系统发育树

plot(tr2,type="unrooted") #输出系统发育树

但是小Y半瓶子咣当当，不会调参数，就直接在itol 中进行了美化

3、将nwk文件在itol网站上进行美化。

https://itol.embl.de/

这个网站，简单方便又免费，又好看。就不班门弄斧了，推荐一个小Y当时学习的教程吧

https://www.jianshu.com/p/d93c2a6d9d10

补充一个无根树图

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1、使用plink进行IBS矩阵的构建；

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