2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因
文章目录
- 论文地址
- STRING数据库
- PPI网络构建
- 输入差异基因list
- PPI图
- 保存结果
- cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
- 输入“string_interactions”文件
- 用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
- 生存分析
- 用MCODE插件，筛选功能模块
论文地址
STRING数据库
PPI网络构建
输入差异基因list
进入网页，左侧选择“Multiple proteins”,输入所有差异基因list，“Organsim”选择“Homo sapiens”,然后“SERACH”
继续
PPI图
保存结果
cytoscape软件筛选hub基因、功能模块
在此之前，需要先下载cytohHubba插件以及MCODE插件
输入“string_interactions”文件
用cytohHubba插件，筛选top10 Hub基因
下面这张图主要就是根据Degree值给基因排序
下面的图片就是筛选出来的10个hub基因，保存结果，后续进行生存分析
生存分析
最终发现VEGFA基因与生存显著相关
用MCODE插件，筛选功能模块
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