FSL5.0使用教程

关于如何在Windows中安装可以参考我的博客：window下安装脑图像处理软件FSL

如有问题，欢迎加入交流群共同探讨：515574325

官方文档：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslOverview

我用的是Ubantu16.04,安装的是fsl-complete

首先是BET 模块

我主要是用它来去掉非脑组织的，输入原图的路径以及输出保存的路径，点击Go 运行一段时间非脑祖宗就去掉了

第二个模块是FLIRT模块，它是用来变换的，这里面是线性变换中的放射变化

这里的Renference image需要提前下载安装好，百度fsl atlas fsl's MNI152 standard space 就能找到

第一次配准就用它默认的MNI 152_T1_2mm_brain

12自由度放射模型

输入输出敲上去点击Go

就会出来一个nii压缩文件和一个矩阵

我把第一次的输出命名为output1

因为我做的是分割，需要再对深层结构进行配准还需要第二次配准

这个时候需要换一个标准文件

第二次配准后就可以进行下一步了

第三个模块就是FIRST 模块，在fsl5.0中它没有图形界面

在命令行中输入fsl5.0-first

会显示以下文字

The following COMPULSORY options have not been set:
   -i,--in   Filename of input image to be segmented.
   -k,--outputName   Output name
   -m,--inputModel   Filename of input model (the structure to be segmented).
   -l,--flirtMatrix   Filename of flirt matrix that transform input image to MNI space (output of first_flirt)
***************************************************

Part of FSL (build 509)
first University of Oxford (Brian Patenaude)

Usage:
first -i <input image> -l <flirt matrix> -m <model>

Compulsory arguments (You MUST set one or more of):
   -i,--in   Filename of input image to be segmented.
   -k,--outputName   Output name
   -m,--inputModel   Filename of input model (the structure to be segmented).
   -l,--flirtMatrix   Filename of flirt matrix that transform input image to MNI space (output of first_flirt)

Optional arguments (You may optionally specify one or more of):
   -v,--verbose   switch on diagnostic messages
   -h,--help   display this message
   -p,--inputModel2   Filename of second input model (the structure to be segmented).
   -n,--nmodes   Robust maximum. Used for global inetensity normalization.
   --intref,--intref   use structure specified by modelname2 as intensity reference
   --multiImageInput,--multiImageInput   use structure specified by modelname2 as intensity reference
   --binarySurfaceOutput,--binarySurfaceOutput   use structure specified by modelname2 as intensity reference
   -b,--bmapname   Filename of conditional mapping matrix
   -o,--bvars   Initialize using bvars from a previous segmenation. When using with --shcond specifies the                           the shape of the structure we are conditioning on.
   --shcond   Use conditional shape probability
   --loadbvars   load intial parameter estimates from a previous segmentation.

这里的COMPULSORY options是必须选择的

用一句命令

fsl5.0-first -i /home/marsmarcin/Pictures/output2.nii -l /home/marsmarcin/Pictures/output2.mat -m /home/marsmarcin/Documents/segment/R_Hipp/R_Hipp_bin.bmv -k /home/marsmarcin/Documents/segment/R_Hipp/R_Hipp.nii

便可以分割出右海马

结果如下

三维重构结果

说明一下命令

/home/marsmarcin/Pictures/output2.nii。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。是我第二次配准后的输出文件的路径

/home/marsmarcin/Pictures/output2.mat。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。是我第二次配准完后输出的矩阵文件路径

/home/marsmarcin/Documents/segment/R_Hipp/R_Hipp_bin.bmv。。。。。。。。。是右海马的标准文件路径

/home/marsmarcin/Documents/segment/R_Hipp/R_Hipp.nii。。。。。。。。。。。。。。是右海马的输出路径

这是fsl的安装目录

first文件里存放的是结构的标准bmv文件

standard里面存放的是配准用的标准文件

这是我最近学习fsl的一些经验，如有错误欢迎指正！

一些结果的展示

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