SimpleITK读写nii.gz文件
SimpleITK读写nii.gz文件
- 1、读写nii.gz文件
- 2、对于神经网络输出概率生成二值图保存
1、读写nii.gz文件
## using simpleITK to load and save data.
import SimpleITK as sitk
itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print("img shape:",img.shape)## save
out = sitk.GetImageFromArray(img)
# # out.SetSpacing(itk_img.GetSpacing())
# # out.SetOrigin(itk_img.GetOrigin())
sitk.WriteImage(out,'simpleitk_save.nii.gz')
参考:使用SimpleITK读取和保存Nii.gz文件
2、对于神经网络输出概率生成二值图保存
import os
import SimpleITK as sitk
from glob import globdef save_prob2label(prob_dir, save_labeldir):all_prob_seg = glob(os.path.join(prob_dir, "*.nrrd"))for index, file in enumerate(all_prob_seg):print("processing", index, '/', len(all_prob_seg), file)label_file = file.replace(prob_dir, save_labeldir).replace(".nrrd", ".nii.gz")prob_img = sitk.ReadImage(file)prob_arr = sitk.GetArrayFromImage(prob_img)label_arr = (prob_arr > Dice_value) * 1label_img = sitk.GetImageFromArray(label_arr)sitk.WriteImage(label_img, label_file)if __name__ == '__main__':prob_nrrd_dir = r'C:\Users\wmz\Desktop\input'save_label_dir = r'C:\Users\wmz\Desktop\test'Dice_value = 0.5save_prob2label(prob_nrrd_dir, save_label_dir)
SimpleITK读写nii.gz文件相关推荐
- 7-18 nii.gz文件的处理
CBCT的分类结果是以nii.gz格式存储的,为此要对分类结果进行展示就必须对nii.gz格式文件进行解析,然后以合适的方式进行可视化. 同样的,前端js方面依旧缺乏解析的库,为此想了一个代替方案,通 ...
- python读取nii文件_读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像. import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as ...
- python读取.nii.gz文件并展示医学图片
python读取.nii.gz文件并展示医学图片 注意细节 我的数据集格式 展示图片 补充 注意细节 第一次做医学图像相关的内容,拿到数据集却不会用,搞了半天终于可以打开显示了,必须写一个给跟我一样的 ...
- 读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像
读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像. import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as ...
- python读取nii文件、nii.gz文件
显示标准nii.gz或nii文件 import numpy as np import nibabel as nib from ipywidgets import interact, interacti ...
- python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件
nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式,python中可用nibabel和sitk来读取保存. 使用nibabel 由于使用nibabel图像会旋转90度,所以读取保存的时候还得保存映射信息,3维图 ...
- CT图像分割dicom文件与nii.gz文件预处理----窗宽(window width)和窗位(window level)的设置
最近被CT图像的值弄得很烦,记录一下. CT分割也是个很热门的话题,病灶分割,器官分割等. CT图像大多是两种格式.dcm和nii.gz,当然也有别的,但这里我就不说别的,就说这两种常用的. .dcm ...
- linux csv gz压缩命令,在R中读写csv.gz文件
关于这个主题有很多关于这个问题的7000个问题,但非正确地解决了这个问题. 我有一个csv.gz文件,我想"解压缩"该文件并将其作为普通的* .csv文件.我想首先要读取csv.g ...
- Nibabel 读取 nii 文件和 nii.gz 文件
读取nii文件并且将nii文件转换为png格式 import numpy as np import nibabel as nib import os import imageio# 文件路径 nii_ ...
最新文章
- 使用 ThreadLocal 一次解决老大难问题!
- 如何自动以管理员身份运行.NET程序?
- iredmail安装roundcube webmail插件
- 【转】ArcGIS API for Silverlight/WPF 2.1学习笔记(二)
- [密码学] RSA利用解密指数分解n
- 贾君鹏你妈妈喊你回家吃饭
- window wamp中配置安装xhprof步骤(windows)
- 2016.08.19
- c语言中sizeof是一个标准库函数,对C语言中的sizeof的介绍分析
- 批量修改一张表格的多个sheet名
- leetcode-全排列详解(回溯算法)
- H3C SecPath F100-C 防火墙默认配置
- 在Leangoo里怎么修改密码?
- linux usb摄像头 监控软件,Linux下的motion detection(最简单的办公室监控系统)
- Error: Invalid or corrupt
- 大数据之实时数据分析之Apache Doris数据库
- 低代码平台- Intellij IDEA 插件开发
- 微信小程序实例教程(一)
- SQL SERVER代理的权限设置
- list转Tree和手动过滤TreeNode
热门文章
- OpenNI2 开发者指南
- 孙正义:亚洲首富日本软银总裁
- linux pythonide_用于Linux程序员的8个最佳Python IDE
- oneinstack mysql_使用oneinstack安装mysql设置远程连接教程简析
- java.uti.List包和com.sun.util.List包区别
- ros2与turtlebot3仿真教程-turtlebot3自走避障
- 如何证明地球在自转?
- 如何使用vue-cli
- Java poi 操作word替换模版中固定参数(页眉、段落、表格)
- docker 一键部署前后端项目 ruoyi