Multiqc（转录组分析之质量评估）

fastqc是一款基于java的软件，能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告，当样本量过多时，逐一查看样本质量就稍显不方便，multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件，能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件，这样能方便的查看所有测序数据的质量。目前支持以下软件结果的整合：

作者：stanford_strive
链接：https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020
来源：简书

Pre-alignment tools

Alignment tools

Post-alignment tools

multiqc的安装：

在已经安装Anaconda的情况下，安装MultiQC非常简单，直接在shell命令面板中输入以下命令：

conda install -c biocondamultiqc

multiqc的使用和常用参数：

Usage: multiqc[OPTIONS] <analysis directory>

Options:

-f, --force 重写已存在的报告

-s, --fullnames 保留样本名称

-o, --outdir TEXT 报告输出路径

-l, --file-list 提供包含搜索路径列表的文档（每行一个）

-z, --zip-data-dir 压缩数据目录

-p, --export 将报告中的图导出为静态图

-fp, --flat 只使用平面图（静态图）

-ip, --interactive 只使用动图(HighCharts Javascript)

--pdf 输出PDF格式的报告（需要安装Pandoc）

现在用最简单的命令整合fastqc的报告：

(multiqc+fastqc结果报告存放路径+multiqc报告输出路径）

> multiqc /data/home/chj/fastqc_result -o/data/home/chj/multiqc_result

命令执行完毕会生成1个html报告，直接网页打开就可以查看和一个multiqc_data的文件夹，其中包含一些数据基本的统计信息和日志文档。

multiqc整合的fastqc的报告包含以下几个部分：

1 General Statistics：所有样本数据基本情况统计

%Dups——重复reads的比例

%GC——GC含量占总碱基的比例，比例越小越好

Length——测序长度

M Seqs——总测序量（单位：millions）

2 Sequence Quality Histograms：每个read

作者：stanford_strive
链接：https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020
来源：简书
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