GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台

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GEPIA整合了来自TCGA和GTEx项目中的基因表达谱数据，提供了多种数据分析和可视化功能，操作简单，方便广大科研人员对肿瘤的表达谱数据进行挖掘，对应的文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/45/W1/W98/3605636

该web平台的网址如下

http://gepia.cancer-pku.cn/index.html

通过首页的检索框，可以快速检索单个基因的相关结果

以TP53为例，结果如下

1. General

这部分对基因的功能进行了简单描述，同时给出相关数据库的链接，示意如下

右侧的body map中红色代表肿瘤患者，绿色代表正常个体，给出了在不同组织中的表达量，颜色越深，对应的表达量越高，鼠标点击可以看到具体的表达量。

还给出了不同肿瘤中正常样本和肿瘤样本中表达量的对比图，每个点代表一个样本，如下所示

还有柱状图，取了所有样本的平均值，示意如下

无论是哪种可视化方式，都是用于直观的查看肿瘤和正常个体间该基因表达量的差异。

2. Differential Genes

该部分分析在特定肿瘤中正常样本和肿瘤样本中的差异表达基因，可以自己定义差异基因分析的算法和对应的阈值，示意如下

点击List查看差异基因对应的表格数据，示意如下

点击Plot显示差异基因在各个染色体上的分布，示意如下

3. Expression DIY

这部分自己选择感兴趣的肿瘤，查看该基因的表达量在多种肿瘤中的分布，提供了dotplot, boxplot, viovlin plot等展现形式，示意如下

如果输入多个基因列表，还可以以热图的形式进行可视化，示意如下

T代表tumor, N代表normal, 对多种肿瘤中肿瘤患者和正常样本的表达量进行了可视化。

4. Survival

这部分进行生存分析，可以绘制如下所示的生存曲线

还可以分析与生存状态相关的差异基因，结果如下所示

5. Correlation

这部分用于分析两个基因间的相关性，可以自己挑选样本，指定相关系数的算法，结果如下所示

6. PCA

这部分进行PCA分析，指定多组样本，然后根据输入的基因的表达量进行PCA分析，可以生成2D和3D PCA的图，结果如下所示

其核心的差异分析和生存分析等功能，已经可以满足绝大多数TCGA数据挖掘的需求，多种可视化结果更是锦上提花。如果只是对肿瘤的表达谱数据进行挖掘，GEPIA可以称得上是最简便的平台。

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