fortify安装_Rjava的安装
原文见:
Rjava的安装和介绍www.bioinfo.online
官方文档:https://www.rforge.net/rJava/
一、介绍
rjava
是一个简单的R-to-Java的接口。rjava
通过JNI
在R
和java
之间建立了桥梁。从而可以在R
中创建java
对象,调用java
方法。目前,rJava用作JGR,iPlots和JavaGD软件/软件包的一部分。
二、安装Rjava
install.packages('rJava')
三、Rjava的简单使用
调用java计算字符串长度
library(rJava)
.jinit() # this starts the JVM
s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
.jcall(s,"I","length")
# [1] 12
创建Jframe窗口
library(rJava)
.jinit() # this starts the JVM
f <- .jnew("java/awt/Frame", "Hello")
b <- .jnew("java/awt/Button", "OK")
.jcall(f, "Ljava/awt/Component;", "add", .jcast(b, "java/awt/Component"))
.jcall(f,, "pack")
.jcall(f,, "setVisible", TRUE)
四、安装可能存在的问题
问题
*** Cannot find any Java interpreter
*** Please make sure 'java' is on your PATH or set JAVA_HOME correspondingly
原因:在ubuntu root用户没有JAVA_HOME, 创建脚本, 使用root用户运行
#!/bin/bash
export JAVA_HOME="<path to jdk>"
R CMD javareconf
运行结果
Java interpreter : /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//jre/bin/java
Java version : 1.8.0_231
Java home path : /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231/
Java compiler : /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//bin/javac
Java headers gen.: /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//bin/javah
Java archive tool: /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//include -I/home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/home/wy/softwere/jdk1.8.0_231//jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
JAVA_HOME : /home/wy/softwere/jdk1.8.0_231/
Java library path: $(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.
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