lammps教程:nve/nvt/npt系综设置方法
系综是指大量性质和结构完全相同的、处于各种运动状态的、各自独立的系统的集合。
在lammps模拟中,常用的系综有nve、nvt、npt三种系综,下面说说这三种系综的使用方法。
1. nve(微正则系综)
nve系综保证系统中原子数量n、体系总体积v和体系总能量e保持不变。
nve系综没有控温的功能,初始条件确定后,在力场的作用下,原子速度发生变化,相应的体系温度发生变化。我们知道,体系总能量e=势能+动能,温度发生变化,动能就会变化,势能和动能相互转换,总能量保持不变。
nve使用方法:
fix 1 all nve
nve语法比较简单,使用fix语句确定原子组就可以了,nve系综对边界条件没有要求。
2. nvt(等温等压)
nvt系综保证体系的原子数量n、体积v和温度t保持不变。
nvt系综下,模拟盒子box的尺寸不会发生变化,lammps通过改变原子的速度对体系的温度进行调节。
nvt语法:
fix ID group-ID nvt temp Tstart Tstop Tdamp
其中:
ID:fix语句ID标识符
group-ID:原子组标识
temp:温度标识
Tstart:初始温度
Tstop:结束温度
Tdamp:阻尼系数
Tstart、Tstop主要设置初始和结束温度,Tdamp称为阻尼系数,主要是控制温度调节的幅度,在nvt系综中,Tdamp一般设置为100*timestep。
#nvt系综下恒温:
fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 100
#nvt系综下升温(比如融化):
fix 1 all nvt temp 300.0 2000.0 100
#nvt系综下降温(比如结晶):
fix 1 all nvt temp 2000.0 300.0 100
nvt系综对边界条件没有要求。
3. npt(等压等温)
npt系综保证体系的原子数量n、压强p和温度t保持不变。
npt系综不仅进行控温,还进行控压。和nvt一样,npt系综通过调节原子速度调控温度,不同的是,npt系综下box的尺寸可以发生变化。
npt系综通过改变box的尺寸调节压力,比如,当体系压力超过设定值时,扩大box尺寸降低压力。
npt语法:
fix ID group-ID npt temp Tstart Tstop Tdamp Pstart Pstop Pdamp
npt语法和nvt差不多,只不过多了Pstart Pstop Pdamp三个参数进行压力控制。
Pstart、Pstop分别为初始压力、结束压力,Pdamp压力调节阻尼系数,通常为1000*timestep。
需要注意的是,npt在控压方向上必须保证边界条件为p,否则会出错。
#温度300k,iso表示在各个方向上进行控压,压力为0
fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0
#温度300k,对x、y方向进行控压,z方向不控压
fix 1 all npt temp 300.0 300.0 100.0 x 0.0 0.0 1000 y 0.0 0.0 1000
4. 选择依据
在模拟的时候到底应该选择哪一个系综,可能是初学者最头疼的事了。
选择系综主要与模拟的体系、模拟的目的有关。
nve系综是一个封闭的系统,与外界没有能量交换,一般用于不需要控温、体系内能量相互转换的模拟,比如石墨烯卷曲到纳米棒。
在大多数模拟中,用nvt或者npt都可以。
以拉伸为例,使用deform进行拉伸,系综可以为nvt,也可以为npt,不过在npt下更有容易模拟泊松效应。
使用velocity方式进行拉伸,在拉伸方向只能为s边界,使用nvt系综更方便。
nvt和npt系综也可以配合使用,比如,对于比较复杂的模型,可以先进行nvt系综下弛豫,然后再进行npt系综下的弛豫。
系综的选择没有统一的规则,最好的方法是多读文献,相同的模拟环境下,看看文献中用的是哪种系综。
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