所以如果这些是你的输入表

d1

coord = c(3178881L, 38894616L, 104972190L),

sID = structure(c(1L, 1L, 1L), .Label = "SP_SA036,SP_SA040", class = "factor"),

CM0016 = c(0, 0.000434783, 0.497802888), CM0017 = c(0, 0.000467464,

0.529319536), CM0018 = c(0.0009923, 9.7e-05, 0.5479003)), .Names = c("chrom",

"coord", "sID", "CM0016", "CM0017", "CM0018"), class = "data.frame", row.names = c("7",

"8", "9"))

d2

38894616L, 104972190L), sID = structure(c(1L, 1L, 1L), .Label = "SP_SA036,SA040", class = "factor"),

CM0001 = c(0.526806527, 0.009049774, 0.451612903), CM0002 = c(0.544927536,

0.002849003, 0.401617251), CM0003 = c(0.56561086, 0.002857143,

0.435318275)), .Names = c("chrom", "coord", "sID", "CM0001",

"CM0002", "CM0003"), class = "data.frame", row.names = c("4",

"5", "6"))

然后我会组合并重塑数据,以便更容易绘图 . 这就是我要做的

m1

m2

dd

mm$pos

levels=do.call(paste, c(unique(dd[order(dd[[1]],dd[[2]]),1:2]), sep=":")))

我首先 melt 两个输入表将列转换为行 . 然后我在每个表中添加一列,以便我知道数据的来源和它们在一起 . 最后,我做了一些麻烦的工作,使chr / coord对中的因子以正确的顺序排序 .

完成所有这些,我将使情节像

ggplot(mm, aes(x=pos, y=value, color=s)) +

geom_boxplot(position="dodge")

它看起来像

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