对层级聚类树进行模块分割,定位基因在哪个模块中
拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27),并设置参数.
```
ID untrt_N61311 untrt_N052611 untrt_N080611 untrt_N061011 trt_N61311 trt_N052611 trt_N080611 trt_N061011
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ENSG00000196517 8.71716495352943 8.80729234238504 8.81358767379407 8.97173405562678 7.16483278182353 7.07931029768831 7.32695200524929 7.38038466560133
ENSG00000116584 11.6371557516703 11.612788931764 11.5042905150999 11.5634367210706 10.6886321220955 10.5266753710158 10.6753766727391 10.5387688953368
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ENSG00000108821 17.0865195113119 17.020556078469 17.2338545868399 17.1423648317716 15.8208548129973 15.743807516511 16.0531339419335 15.6456625003272
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ENSG00000189221 8.99357176411766 9.14610254057692 9.29516503816679 8.33792511914316 12.0317315972886 12.1942975920908 12.173925149138 11.8669409685788
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ENSG00000162616 9.60049179527759 9.80803507115486 9.77153615496021 9.62442104235402 10.9919313708193 11.3365667356357 11.168346045279 11.0214674402576
ENSG00000166741 10.7852331507809 11.0330486656662 11.0922997941849 10.3884927743888 13.0398487326212 12.8306255357149 12.9141641803736 12.8359818482846
ENSG00000183044 8.53653023941744 8.53826610584039 8.62933675024207 8.64148822810224 9.61979785142556 9.54428724866868 9.5155391515978 9.62394905063476
ENSG00000164125 11.6795597659358 11.9050422838135 11.8593435917547 11.7641413270987 12.9488834367395 13.0060754999553 12.7602421798248 12.9253289143551
ENSG00000198624 8.81224041484275 9.463774369835 8.68447501783027 9.42219277027381 12.1351015305071 11.9240849588285 11.360166751132 11.84596840912
ENSG00000135821 12.2899789870471 12.0622173998919 12.1443011836111 11.8872401073056 15.3664290482513 15.0095297928796 14.0910571892741 15.4924284754423
ENSG00000256235 9.54276036624034 9.57567250570555 9.53909889230439 9.40146706737256 10.6788138423979 10.4716603690718 10.7877982407155 10.7834554318036
ENSG00000077684 9.95028325393374 9.99844366911642 9.97519309422117 10.0209129802039 11.1164155437442 11.1877547262205 10.9109881854934 11.2769915950236
ENSG00000164647 9.82478106628754 9.89550308997537 9.8346467904318 10.2617144318572 11.2940774130805 11.5588778733001 11.4061933328332 11.4955614768331
```
核心参数:
1. Cut tree (rows): 把行聚类结果切成几个类
2. Cut tree (columns): 把列聚类结果切成几个类
3. Row clustering cutree results as row annotations: 把行聚类的结果作为行注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类
4. Column clustering cutree results as column annotations: 把列聚类的结果作为列注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类
输出的结果除了图,还有几个表格,解释如下
打开`row-cluster`的表格,与图大体对齐,如下,想看哪一部分基因,看着更清楚了:
手动定位,拷贝出这一部分基因。
如果模块或基因太多,还是不好定位怎么办?
设置参数:
1. `Row labels only display row cluster boundary items`: 只标记每个行聚类的第一个基因。
2. `Column labels only display column cluster boundary items`: 只标记每个列聚类的第一个样品。
结果如下,每个类的边界基因就定了,再去`row-cluster`的表格中去寻找基因就可以了。
如果不想聚类,或想标记更多基因,也可以使用下面这个功能,每隔多少位标记 1 个基因。
1. `Label every n row items (n>1)`: 每 n 个基因标记一个,标记第 1 个,n+1个,2n+1个,。。。
2. `Label every n column items (n>1)`: 同上
结果如下,定位基因就标记上了。
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