初步了解hg19注释文件的内容

hg19有哪些染色体？

chr1
chr2
chr3
chr4
chr5
chr6
chr7
chr8
chr9
chr10
chr11
chr12
chr13
chr14
chr15
chr16
chr17
chr18
chr19
chr20
chr21
chr22
chrX
chrY
chrM

其实还有其他“染色体”，只是我们的研究一般用不到，所以就没有合并进来。比如做同源分析，找变异什么的，还是要选好基因组。

gene_type有哪些？

cat gencode.v27.annotation.gtf | grep exon | cut -f6 -d\" | grep -v "#" | sort | uniq > gene_type

3prime_overlapping_ncRNA
IG_C_gene
IG_C_pseudogene
IG_D_gene
IG_J_gene
IG_J_pseudogene
IG_V_gene
IG_V_pseudogene
IG_pseudogene
MIAT_exon1
MIAT_exon5_1
MIAT_exon5_2
MIAT_exon5_3
Mt_rRNA
Mt_tRNA
SOX2OT_exon1
SOX2OT_exon3
SOX2OT_exon4
TEC
TR_C_gene
TR_D_gene
TR_J_gene
TR_J_pseudogene
TR_V_gene
TR_V_pseudogene
Xist_exon1
Xist_exon4
antisense_RNA
bidirectional_promoter_lncRNA
lincRNA
macro_lncRNA
miRNA
misc_RNA
non_coding
polymorphic_pseudogene
processed_pseudogene
processed_transcript
protein_coding
pseudogene
rRNA
ribozyme
sRNA
scRNA
scaRNA
sense_intronic
sense_overlapping
snRNA
snoRNA
transcribed_processed_pseudogene
transcribed_unitary_pseudogene
transcribed_unprocessed_pseudogene
translated_processed_pseudogene
unitary_pseudogene
unprocessed_pseudogene
vaultRNA

一共多少个基因？

cat gencode.v27.annotation.gtf | cut -f4 -d\; |  grep -v "#" | grep -v level | sort | uniq > gene

56609　　

一共多少个转录本？

cat gencode.v27.annotation.gtf | cut -f2 -d\; |  grep -v "#" | grep -v gene_type | sort | uniq > transcipt

200401　　

一共多少个外显子？

cat gencode.v27.annotation.gtf | grep -v "#" | grep exon | cut -f3-5 | sort | uniq > exon

1132357　　

有多少条lncRNA

cat gencode.v27.long_noncoding_RNAs.gtf | grep -v "#" | cut -f3 -d\; | grep -v gene_type | sort | uniq > lincRNA

15754

转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/8653072.html

初步了解hg19注释文件的内容 | gtf相关推荐

用哪个版本的基因组和注释文件好？| 亲测
What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) ...
gff文件用什么打开_gff文件转换成gtf文件
做测序数据分析的时候经常需要将gff格式的注释文件转换成gtf格式的文件.今天小编就给大家介绍一个工具,gffread来实现这个目的.注意这个工具需要在linux或者mac操作系统上运行. 下面是一个 ...
根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标
用bedtools对基因组片段区域进行基因注释根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标选择的genecode内最早的Grch38版本(201408) v20是最早的hg38版本对应的 ...
GTF基因注释文件详解
GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式,在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件,提取需要的信息进行注释. Cufflinks/Tophat 软件需要 GTF文件作为基因注释 ...
gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并
gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并使用: (1)gffread 安装: conda install gffread -y 使用: mkdir gtf# 格 ...
gff文件_根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列：先反向互补染色体再截取？还是先截取区间再反向互补序列？...
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列：先反向互补染色体再截取？还是先截取区间再反向互补序列？
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件
参考基因组和基因注释文件获取通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment.所以首先需要获取参考基因组和参考转录组信息. Ensembl(http:/ ...
linux基因组文件,科学网-NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件-陈同的博文
NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件同步滚动:关参考基因组和基因注释文件获取通常测序生成的reads要与参考基因组或参考转录组进行比对,或Pseudo-alignment.所以首先需要获取参 ...

初步了解hg19注释文件的内容 | gtf

初步了解hg19注释文件的内容 | gtf相关推荐

最新文章

热门文章