bed文件 坐 标的调整（awk的用法）
bed文件 坐 标的调整（awk的用法）
。annotatePeak的输入也可以是GRanges对象，你如果用R做peak calling的话,直接就可以衔接上ChIPseeker了。
require(ChIPseeker)
f = getSampleFiles()[[4]]
这里我们需要的是一个TxDb对象，这个TxDb就包含了我们需要的各种信息，ChIPseeker会把信息抽取出来，用于注释时使用。
require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
x = annotatePeak(f, tssRegion=c(-1000, 1000), TxDb=txdb)
Bioconductor里有很多包是针对GRanges对象的，这样方便你在R里做后续的处理，如果你说你不懂这些，只想输出个Excel表格。那么也很容易，用as.data.frame就可以转成data.frame，然后你就可以用write.table输出表格了。
第三种注释
两种注释有时候还不够，我想看peak上下游某个范围内（比如说-5k到5k的距离）都有什么基因，annotatePeak也可以做到。
你只要传个参数说你要这个信息，还有什么区间内，就可以了。
x = annotatePeak(f[[4]], tssRegion=c(-1000, 1000), TxDb=txdb, addFlankGeneInfo=TRUE, flankDistance=5000)输出中多三列: flank_txIds, flank_geneIds和flank_gene_distances，在指定范围内所有的基因都被列出。
awk ‘{print $1+1}’ su [【注意进行加减运算要看，有时候最后有空行也被运算！！】
删除空行
下列 5 种方法可以做到。
◈ sed：过滤和替换文本的流编辑器。
◈ grep：输出匹配到的行。
◈ cat：合并文件并打印内容到标准输出。
◈ tr：替换或删除字符。
◈ awk：awk 工具用于执行 awk 语言编写的程序，专门用于文本处理。
◈ perl：Perl 是一种用于处理文本的编程语言。
$ cat 2daygeek.txt
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$ sed ‘/^$/d’ 2daygeek.txt
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$ grep . 2daygeek.txt
or
$ grep -Ev “^$” 2daygeek.txt
or
$ grep -v -e ‘^$’ 2daygeek.txt
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以下是命令展开的细节：
◈ grep： 该命令本身。
◈ .： 替换任意字符。
◈ ^： 匹配字符串开头。
◈ $： 匹配字符串结尾。
◈ E： 使用扩展正则匹配模式。
◈ e： 使用常规正则匹配模式。
◈ v： 反向匹配。
◈ 2daygeek.txt： 源文件名。
$ grep . 2daygeek.txt
or
$ grep -Ev “^$” 2daygeek.txt
or
$ grep -v -e ‘^$’ 2daygeek.txt
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以下是命令展开的细节：
◈ awk： 该命令本身。
◈ //： 标记匹配范围。
◈ ^： 匹配字符串开头。
◈ $： 匹配字符串结尾。
◈ .： 匹配任意字符。
◈ !： 删除匹配的字符串。
◈ 2daygeek.txt： 源文件名。
4）使用awk命令进行简单的数学运算
[linuxmi@linux:~/linuxmi迷]$ awk ‘BEGIN{ a=9;b=8;print"(a + b)=",(a + b)}’
(a + b)= 17
[linuxmi@linux:~/linuxmi迷]$ awk ‘BEGIN{ a=100;b=78;print"(a - b)=",(a - b)}’
(a - b)= 22
[linuxmi@linux:~/linuxmi迷]$ awk ‘BEGIN{ a=80;b=5;print"(a / b)=",(a / b)}’
(a / b)= 16
[linuxmi@linux:~/linuxmi迷]$ awk ‘BEGIN{ a=80;b=5;print"(a ÷ b)=",(a / b)}’
(a ÷ b)= 16
[linuxmi@linux:~/linuxmi迷]$ awk ‘BEGIN{ a=10;b=9;print"(a × b)=",(a * b)}’
(a × b)= 90
https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1595850298&ver=2486&signature=pS42jRFE8HChSmC4UkdIHZxr1edkIFN5CRcTFpwv5kNKFucOwlN28v10eKogWe45drNOvMcD0swXPTQJGKHrr2cN3kKl-fvWTyb9EiNmBysA6KU8YdZ4fiY7zk4fSOEQ&new=1数据详见：生信练习题：调整GFF文件中的坐标位置——by徐洲更
因此：
如果是#开头的注释部分，不处理
如果非#开头的部分，则需要将chr8后边的起始位置数值提取出来，实现将该值与后边两个位置列进行相加-1。具体对于第一行而言，就是使得第4列的30280+25234310-1，第5列的30951+25234310-1。并且在数据处理之后，去掉chr8后边这一串:25234310-25266151.
对于需要处理的数据，思路也比较简单，先按照冒号(
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