GO/KEGG富集分析泡泡图中为什么基因的数目是小数？

在上次转录组可视化课程中，有位老师看到富集分析泡泡图的图例中的Count存在小数，于是提出了这么一个问题：为什么基因的数目有小数？

之前没有注意过这个问题，应该是ggplot2默认的图例生成方式所导致的。

看下面这个代码，根据数据不同，产生同样长度的区间，有时会得到小数，有时会得到整数。

> seq(10,20,length=5)
[1] 10.0 12.5 15.0 17.5 20.0
> seq(10,14,length=5)
[1] 10 11 12 13 14

所以出现在图例中有时会小数、有时会整数。其本身的含义是这么大的点代表的基因数有多少，一般也没有要求必须是整数。不过为了避免误解，这个问题还是要解决一下。

人为根据要呈现的图例间隔数目计算出一个步长，再生成完整图例数字，就全都是整数了。在之前的绘图代码中加上下面的代码就可以了：

min = min(data[[size_variable]])
max = max(data[[size_variable]])
# 4 is length
step = ceiling((max-min)/4)
p <- p + scale_size_continuous(breaks=seq(min, max, by=step))

这样出来的图就没问题了。这也更新到了我们的高颜值在线绘图平台。

Venn网络展示富集分析结果
单个基因集富集分析泡泡图绘制
多个基因集富集结果泡泡图绘制展示

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