前言

本科毕设相关，存个档。

在使用U-Net++神经网络将盆腔CT图像的骨头、髂血管、淋巴结和非诊断组织分割出来的基础上，对盆腔进行三维重建。

一、关于 3D Script 插件

插件安装步骤和使用说明详见下面这篇文章：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/97217577

二、原理

1. 重建思路

CT图像是通过二维图像的顺序堆叠来显示人体部位的三维信息的，所以三维重建也按照这个思路来。

目前已有网络分割好的各部位mask如下：

使用3D Script进行三维重建时，由于无法定位空间信息，所以只能使用一组二维图像来重建。如果将分割后的骨头、髂血管、淋巴结和非诊断组织直接拼在一张图上，重建后的组织肯定会遮挡血管和淋巴的显示，因此考虑将它们放在图像的不同通道中。

2. 二维图像准备

首先是需要重点展示的骨头、髂血管和淋巴，合并成一张图像并调整显示颜色。

然后对于非诊断组织部分，为保留更多细节，选择按照mask在原始CT图像上抠出组织部分，并且为了便于后续调整透明度，保存格式为灰度图像，保存时可以适当降低透明度。

三、实验

1. 二维图像

首先在ImageJ中导入需要的图像序列（File->Import->Image Sequences），骨头等选择RGB格式导入，组织选择8-bit灰度格式导入。

然后选择RGB格式的图像序列，对其进行通道拆分（Image->Color->Split Channels），拆分后再选择通道合并（Image->Color->Merge Channels），将各层切片重新整合为一张图像。骨头等默认会占据原本的RGB三通道，将组织填入CMY三通道，下图是各通道合并后的图像。

2. 三维重建

打开 3D Script 插件（Plugins->3D Script->Interactive Animation），就可以看到显示的三维模型了。

这时参数都是默认的，所以不太好看，可以在交互窗口调整一下组织CMY三通道的权重（我取的是80、40、20），然后再调整一下角度，就可以得到比较好的展示效果了。

3D Script 的交互不太好用，推荐用Animation Editor代码调整到需要的角度，也可以用它生成展示视频，具体操作之前贴的文章里有写。

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