生信搬运工-02-sra文件的下载
生信搬运工-02
文章目录
- 一、SRA数据库
- 二、sra文件下载方式
- 1.SRA Toolkit安装与使用
- 2.grabseqs下载sra数据
- 总结
一、SRA数据库
SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的,SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据,包括SRA主页和 Entrez system,由 NCBI 负责维护。
ENA数据库:European Nucleotide Archive:隶属EBI (European Bioinformatics Institute),功能等同SRA,并且对保存的数据做了注释,界面相对于SRA更友好,对于有数据需求的研究人员来说,ENA数据库最诱人的点应该是可以直接下载fastq (.gz)文件,由 EBI 负责维护。
两者在主要功能方面非常类似,同时数据互通。
二、sra文件下载方式
1.SRA Toolkit安装与使用
SRA Toolkit是ncbi下载.sra文件和转换.fastq文件的极好工具。
首先,到ncbi官网点击Download–>Download tools,找到SRA Toolkit,点击Download,找适合自己的版本,比如CentOS Linux64位,复制链接,在服务器上用wget下载。
下载
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz
解压缩,并配置环境
tar xzvf sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz
cd sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin | pwd | cd .. #复制路径
echo 'export PATH=$PATH:/home/hongsheng_zhong/software/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/bin ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc #添加环境变量
vdb-config --interactive #会出现一个框架,按字母x键退出,然后就可以使用啦
prefetch -V #安装成功测试
下载SRA命令
prefetch SRR1553610 #下载.sra文件
fastq-dump --split-e ./SRR1553610/SRR1553610.sra #将.sra文件转换成.fastq文件
.sra转换成fastq格式文件
fastq-dump --split-3 SRR1553610.sra
经测,速度很快
#单个数据下载
prefeth SRR4045218 -O output #output为数据输出路径
#批量下载,提前准备好SRR编号的TXT文件
prefetch -O output --option-file SRR_Acc_List.txt
通过数据库查找对应SRR号可以获取数据链接。一般都显示在“Data access”界面下。
超过20G的文件使用wget下载
wget -c -t 0 -O SRR4045218.sra https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos3/sra-pub-run-19/SRR4045218/SRR4045218.1
2.grabseqs下载sra数据
第四种下载方式的优势在于可以直接将下载的sra数据直接转换为fastq文件。该软件基于python3,可使用pip安装。
#安装
pip3 install grabseqs
#下载数据
grabseqs sra -t 6 SRR000000 SRP000000 PRJNA000000
总结
sra里保存着测序的.sra格式的原始文件,一般有四种下载方式,以上介绍sratoolkit、grabseqs两种方式,另外可以直接在数据库里用链接下载,或者使用aspera下载数据。
原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_45214599/article/details/114847650
原文链接:https://blog.csdn.net/weixin_44065382/article/details/120378765
生信搬运工-02-sra文件的下载相关推荐
- 生信搬运工-01-fastq文件的处理
生信搬运工-01 文章目录 一.fastq文件 1.介绍 2.fastq转换为fasta 3.测序的大致流程 总结 一.fastq文件 1.介绍 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质 ...
- SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)
sra文件下载方式 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnolog ...
- 生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装
一.BWA 1.介绍 简介:用于建立 index:基于 BWT 算法,将 reads 比对到参考基因组:最新版本 bwa-mem2,Intel实验室对计算效率进行了优化. 详情:baw是一款将序列比对 ...
- 干货分享 | Windows系统下载SRA数据方法——生信小白亲测可行
在开展二代测序相关课题研究时,经常需要上传或者下载SRA数据库中的数据,对熟悉Linux系统.懂代码的同学们来说是非常容易的事情.但像小编这一类看到代码两眼一抹黑的小白就有点难度了,尤其电脑还是Win ...
- 生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra software --download 下载了NCBI SRA Toolkit解压后得到2进制的exe工具包 快捷键 ...
- 生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
文章目录 1. 介绍 2. 安装 2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA ...
- 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式.在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed.bed12. ...
- 生信分析过程中这些常见文件(fastq/bed/gtf/sam/bam/wig)的格式以及查看方式你都知道吗?
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式.在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed.bed12. ...
- linux怎么查看一个bam文件,生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?...
原标题:生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗? 生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据 fastq 之外,还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 ...
- C#,生信软件实践(06)——DNA数据库GenBank文件的详解介绍及解释器之完整C#源代码
1 GenBank 1.1 NCBI--美国国家生物技术信息中心(美国国立生物技术信息中心) NCBI(美国国立生物技术信息中心)是在NIH的国立医学图书馆(NLM)的一个分支.它的使命包括四项任务: ...
最新文章
- 站立会议 ---01
- python怎么读取excel某一行某一列-python3读取excel文件只提取某些行某些列的值方法...
- 【学习笔记】27、面向对象学习
- Linux优盘挂载卸载以及文件查看
- 2异常处理_Java处理异常2种机制关键字区别解析
- 小白视角来看传说中的卷积神经网络
- 你必须知道的几种java容器(集合类)
- java 环境变量_Win10系统配置Java环境变量
- 图解wordpress模板架构
- 安装netframewo酷比魔方平板电脑一键Root教程
- vijos 1002
- Mac 终端所有命令失效
- 计算机课程设计心得,课程设计心得体会450字
- 使用FFmpeg合并多个MP4视频
- ubuntu 20.04网卡驱动安装(rtl8812au)
- 为什么RSA 公钥指数(e=65537)
- 从创建服务器到搭建一台内网穿透服务器
- 高等数学笔记-乐经良老师-第五章-积分(Ⅰ)-定积分与不定积分-第一节-定积分的概念
- 「经济读物」小岛经济学:鱼、美元和经济的故事
- 百度地图的驾车路线规划