MIMIC-IV- v2.0带着随访数据来啦
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MIMIC-IV v2.0 已于 2022 年 6 月 12 日发布。此次新增的数据包括院外死亡日期、来自在线病历系统的信息(包括身高和体重),以及 ICU 持续输注的更多详细信息。
一、主要变化
①移除了core模块,目前admissions, patients 和 transfers 表格存在hosp模块里;
②移除了新生儿数据,后续将与新生儿重症监护室的数据一起在其他项目中单独发布。
二、ICU模块
1、icustays
由于patient表的变化,大约700个stayids(约1%)发生了改变。
2、chartevents, d_items
chartevents表中新增加了itemid=220001,以记录来自MetaVision 的1000多个问题 。大多数记录在案的问题与患者的护理计划有关,并在护士轮班期间(早上 7 点或晚上 7 点)记录在案。
3、ingredientevents
这是一个与 inputevents关联的新表。在 inputevents表中跟踪的每一次静脉给药都与一组成分相关。这些成分包括含水量、热量信息等。 inputevents表支持营养学相关研究,并通过对所有水成分求和以用于评估fluid input。目前,这些成分已从inputevents表中分离出来,添加至新表ingredientevents中。
4、inputevents
仅删除了包含空值的列:cancelreason
5、procedureevents
删除了以下仅包含空值的列:
totalamount, totalamountuom, cancelreason, comments_editedby, comments_canceledby, comments_date, secondaryordercategoryname.
三、Hops模块
1、admissions
修复了患者通过急诊入院时缺少 edregtime 和 edouttime 的问题。
2、patients
①dod现在填充了来自州死亡记录的院外死亡。对于入住 ICU 的患者,这一变化已将死亡日期记录从 8,223 条增加到 23,844 条(即,2.0版本中另外有15621名ICU患者的院外死亡记录)。也就是说,2.0版本的mimic iv中有随访数据了!
②2.0版本中患者纳入MIMIC中的机制有所不同。很大程度上优化了合并同一患者多个医疗记录号码的逻辑。由于此更改,大多数表的数据内容都发生了变化。大约有1%的stays受到了影响。
3、transfers
修复了hadm_id为NULL的 ED 患者(即只入ED没有入院的患者)的outtime问题。原先存在的问题导致transfers表中所有hadm_id为NULL的患者在院内停留时间是错误的。2.0版本中已经修正了outtime列的这个问题。
4、labevents, d_labitems
①更改了d_labitems表中的43项itemid,具体见下图。
②loinc_code列已被删除。将在官方git代码仓中协作开发,其初始值将来自医院系统。
③许多以前在comments字段中有值的实验室指标现在在value字段中也有值。
5、microbiologyevents
microbiologyevents表中增加了新的病原体、检验、标本和抗生素。
6、omr
omr是一个新添加的表。 此数据的来源是在线医疗记录,其中包含有个人健康状况的多种信息。从 v2.0 开始, omr 表具有以下信息:血压、身高、体重、BMI和估计肾小球滤过率 (eGFR)。这些值可从住院和门诊访问中获得,并且在许多情况下,患者住院前的“基线”值是可用的。
7、prescriptions
formulary_drug_cd列已添加回来(以前在MIMIC-III中有)。此列与 emar_detail表中product_code列具有相同的值。
总结
MIMIC-IV--2.0主要更新了院外随访数据,新增了两个表,并且把原来的3个模块缩减为hosp和icu2个模块,另外,MIMIC-IV-1.0数据库安装代码已经不适用于MIMIC-IV--2.0的新数据集了,目前官方github中还没有更新2.0的安装代码,后续推文我们将教大家怎么安装!
参考链接:
https://physionet.org/content/mimiciv/2.0/
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