ASC18世界大学生超算竞赛题目分析以及思路总结
2018年ASC预赛在3月20日已经结束,从开始报名到最后的提交proposal大概经过了四个月左右的样子,然后最终的成绩大概在30名吧,决赛名额只取前20,所以无缘南昌啦。其实对决赛的执念还是很大的,在最后一个月里,可以说拼尽全力了,心里也有过在决赛打破世界纪录的想法,越是怀有这种执念,在实验室的时间就过得越快,时间过去很久,心情也难以平静,提交结果的时候,感觉所有的一切都很完美了,该做的都做了,结果出来之后,感觉的是所有的一切都还可以在改进,也许差的就是那些细节呢。
接下来对本次比赛的题目给出一定程度的总结,仅代表个人观点,因为大赛的某些题目形式较为固定,参加比赛的同学也许可以作为借鉴。
首先,因为是国际比赛的缘故,比赛文档要求全英文描述,并且除了proposal外,要格外注意附加的文件(RELION以及最后一个深度学习题目需要的文件),这些文件对你的题目得分高低影响非常大(我认为远大于提案中华丽的描述)。
第一部分:背景介绍
这一部分占5分(预赛总分100),主要描述所在大学的超算背景,要求描述的内容如下:
1.超算相关的硬件软件平台。
2.超算的相关课程,培训以及兴趣小组。
3.超算相关的研究和应用。
4.超算研究的成果以及相关证明材料。
对于以上的描述,如果有最好,如果没有也不必慌张,ASC作为国际比赛,势必不会为难没有超算环境但持有积极态度的参赛选手,据我所知,历届比赛的评分方式大致分为两类:一,统一平台,分配环境相同的集群(例如,一个队伍一个节点),2017年的预赛就是要求在太湖之光的超算集群上搭建环境,这种情况下,后面的题目会进行横向的比较,比如说,你的HPL跑了800Gflops,然后其他队伍在相同的环境下跑了900Gflops,那么在这道题目上,前者就有可能得到更高的分数(不排除文档描述条例清晰然后反杀的情况)。二,不提供统一平台,今年的就是这种情况,此时,参赛队伍可以使用手中的可用资源完成任务,使用学校的超算集群或者租集群使用,同时,因为环境的不同,应该不会对同一题目进行横向比较(这一点在培训会上也有所说明),但是需要注意的是,题目明确说明根据结果评分的会做横向对此(例如,今年的机器学习就是根据最终的准确率评分)。
第二部分:团队介绍
这一部分占5分,主要描述你的优秀团队,要求描述的内容如下:
1.简介团队的建设过程。
2.团队成员介绍(记得放一张帅气合照)。
第三部分:技术方案
这一部分占90分,也是比赛的主要内容,分为四部分:
1.HPC系统构建
2.Linpack测试(可能还会有其他的性能测试)。
3.大题,类型不定,去年是海浪模拟,今年是冷冻电镜RELION。
4.大题,类型相对固定,机器学习方面,去年是交通预测,今年是搜索查询的答案预测。在本文中不对本题进行分析。
接下来分别描述解决思路以及结果,大部分的内容是我们的预赛提案,现在看来也是有很多不足之处,在这里仅供参考吧。
1. HPC系统构建
这一部分占15分,要求如下所示:
1.在3000瓦功率预算内,您的系统应设计为实现最佳计算性能。
2.指定您的系统的软件和硬件配置和互连。描述功耗,评估性能,并分析您提出的架构的优缺点。
3.您的系统应该基于浪潮NF5280M5服务器。下表中列出的组件将由浪潮提供给进入最终的团队(配置可能会改变)。其他组件(除了服务器本身)是可以接受的,但是应该由团队自行准备。例如,您可以更改NF5280M5服务器和加速器的数量,硬盘和内存的类型,甚至可以在您提出的配置中更改以太网的类型。
项目 |
名称 |
配置 |
服务器 |
浪潮NF5280M5 |
CPU:Intel Xeon Gold 6132 x 2,2.6GHz,14核 内存:16G x 12,DDR4,2666Mhz 硬盘:1T SATA x 1 功耗估算: 6132 TDP 140W,内存7.5W,硬盘10W |
HCA卡 |
FDR |
Infiniband MellanoxConnectX®-3 HCA卡,单端口QSFP,FDR IB 功耗估算:9W |
switch |
千兆交换机 |
10/100 / 1000Mb / s,24端口以太网交换机 功耗估算:30W |
FDR-IB交换机 |
SwitchX™FDR InfiniBand交换机,36个QSFP端口 功耗估算:130W |
|
电缆 |
千兆CAT6电缆 |
CAT6铜电缆,蓝色,3米 |
Infiniband电缆 |
Infiniband FDR光缆,QSFP端口,协作 与Infiniband开关一起使用 |
本题要求功率限制在3000W以内,并且给出了服务器的参数,我们需要从他提供的项目中选择需要的设备来组装集群,需要注意的是,这里并没有给出GPU类型,我们可以选择最高端的GPU来提升集群的性能,构建HPC所需要的设备在决赛中由官方提供。
这里给出我们的设计,仅供参考。
这里说明一下,我们设计了两种模式,CPU模式下,理论峰值很低,13.977Tflops,GPU模式下,因为GPU过于强大的缘故,理论上达到56Tflops,在比赛结束过后,我想了下,应按是没有必要设计两种模式的,仅GPU模式足够,无论是Linpack测试还是完成后面的题目,完全够用了。
还有一点不足,题目中给出的3000W是实际功率,而我们设计的集群最高功率不超过3000W,虽说这样肯定不会违背要求,但同时也一定放弃了部分性能,在历届的决赛中,参赛队伍使用了降低功耗的方法,也只有这样,才能在3000W以内获得最佳性能。
2. HPL和HPCG
这一部分占15分,涉及超算集群性能测试方法。
本题要求的描述包括软件环境(操作系统,编译器,数学库,MPI软件,软件版本等),测试方法,性能优化方法,性能评估,问题和解决方案分析等。
有关于HPL的测试方法资料非常丰富,但是HPCG的资料几乎没有,这里推荐去HPCG官网学习。
下面给出我们的测试方法以及结果。
需要注意的是使用HPCG测试所得的性能远远低于HPL所得的性能,所以,在这里我们使用了它们的比值进行性能评判,这一方法在国际上进行性能测试时也有使用。
3. RELION测试
题目描述很长,这里就不粘贴了,这道题占30分,需要按照步骤得到最终的输出文件,要求分辨率小与3.3埃,这是硬性规定,除此之外,尽可能的优化,使其在尽可能短的时间内跑完所有步骤,优化可以有很多方面,硬件资源的优化,RELION软件本身使用方法的优化,以及RELION源代码的优化,下面给出我们的测试方法以及优化方法。
使用Vtune进行程序热点测试的结果在这里就不展示了。
ASC18预赛就总结到这里啦,其实比赛最大的感受就是学会了看文档,确实百度谷歌可以看到很多大牛的见解,或者看到很多漂亮的论文,但是回过头来看,官方的文档已经把大部分的信息摆出来了,把这些信息利用好,就已经可以得到不错的结果了,当然除了这些,还需要有强大的创新能力,实践能力,大概才能在比赛中取得优秀的成绩吧!
有不合适之处,敬请指正,共同学习。
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