如下图片所示:

对于位置为48245131的allele来说,REF为A,ALT为C

想确定变异到底是纯合还是杂合,即两条染色体是否同时发生了变异,则看GT,GT对应的数值为0/1,说明该变异为杂合;

如果GT对应的数值为0/0,说明该变异为纯合。

转载于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7077428.html

vcf文件(call variants得来的)怎么看变异是纯合还是杂合的相关推荐

  1. R语言丨根据VCF文件自动填充对其变异位点并生成序列fa文件

    根据VCF文件自动填充对其变异位点并生成序列fa文件 首先提出一个问题: 假如有一个重测序结果VCF文件,里面包含了很多个样本在几百个突变位点(snp和iad)的基因型数据,现在想根据这份原始数据,得 ...

  2. R语言丨根据VCF文件设计引物,自动识别两样本差异SNP位点,调用samtools获取上下游参考序列

    根据变异位点设计引物序列 今天碰到一个新问题:假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据,每行代表一个位点,我现在想找出两样本差异的SNP位点,再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示, ...

  3. java vcf文件 昵称怎么写_Annovar注释vcf-笔记

    找了突变,获得了snp的vcf文件,肯定想知道这些突变位点到底是出现在哪些基因上以及那些转录本上:如果是出现在外显子上的突变,想了解这些突变会对编码蛋白造成怎么样的影响,这些统统能用annovar解决 ...

  4. java printable_java解析电话薄 VCF文件ENCODING=QUOTED-PRINTABLE编码

    posted on 2008-08-04 11:28 青菜猫(孙宇) 阅读(5587) 评论(6)  编辑  收藏 所属分类: java FeedBack: # re: java解析电话薄 VCF文件 ...

  5. 实操 | 合并VCF文件的几种方法及注意事项

    背 景 在基因组分析领域的很多不同场景中,需要合并VCF文件. VCF文件.简单来说,就是记录样本基因型的文件.但多数VCF文件不只记录了基因型,也包含有关该基因型的来源的细节. 其它文件.VCF文件 ...

  6. pta通讯录排序用python实现,python实现将android手机通讯录vcf文件转化为csv

    经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然 ...

  7. python提取文本中的手机号_Python从vcf文件中读取手机号并进行去重操作

    文章目录 1. Python代码 file = open('test.vcf', 'r', encoding='utf-8') tels = [] for line in file: line = l ...

  8. 绘制完成的cad图纸文件应使用哪一款看图软件进行查看?

    绘制完成的cad图纸文件应使用哪一款看图软件进行查看?CAD相关的设计师们在完成绘制一张CAD图纸文件之后会需要使用到专门的看图软件来将其进行打开查看,但是我们应该选择哪一款软件来进行操作,今天就要来 ...

  9. python 处理snp的vcf文件,统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近

    1.c处理vcf文件,初步统计snp位置 位置信息有5种 down_stream是gene下游2k以内,up_stream 是gene上游2k以内,gene_exon是snp在外显子内,gene_in ...

最新文章

  1. 动态加载子节点_微信小游戏开发之场景切换和常驻节点传递数据
  2. 关于ASP.Net的导入导出的[转]
  3. org.hibernate.transientobjectexception:The given object has a null identifier: com.gxuwz.check.entit
  4. java hashmap扩容大小_HashMap的扩容机制以及默认大小为何是2次幂
  5. 消息中间件系列四:RabbitMQ与Spring集成
  6. android elf 加固_APK一键自动化加固脚本
  7. 在vb中使用Iphlpapi.dll获取网络信息(上)
  8. 如果Mac无法连接到其他电脑共享怎么办?
  9. 世界是平的,这本书主要是写给美国人看的
  10. 清理打印机连接数bat_通过批处理bat解决局域网打印机共享问题
  11. 不同网段共享文件服务器,不同局域网如何共享文件
  12. gin-binding参数效验
  13. 采样频率Hz 采样率KSPS或MSPS,两种单位的换算关系
  14. BLE(15)—— Privacy
  15. [转] ReactNative Animated动画详解
  16. linux内核-进程三部曲:创建、执行与消亡
  17. win7计算机窗口像xp,在Win7系统中登录界面变成Xp样式的方法
  18. Spark技术内幕:究竟什么是RDD
  19. iOS音频篇:AVPlayer的缓存实现
  20. tm32f429 pcb 原理图工程文件 OPENTX遥控器可用

热门文章

  1. 如何使用一台PC搭建可以在线迁移的KVM学习环境
  2. IT 企业稿阿米巴 失败
  3. Nginx 笔记与总结(11)Nginx + php-fpm + MySQL 安装 ecshop
  4. String和string的区别
  5. Maven集成指令总结
  6. CentOS7虚拟机搭建xwiki
  7. ios 图片截取功能 图片拼接功能
  8. PHP解析URL并得到URL中的参数
  9. java中的布局文件改成,Android 动态设置布局文件的exception
  10. linux ntp时间立即同步命令_如何在 Linux 下确认 NTP 是否同步?