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文章目录

一、MS中画出分子结构
二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场
- 1. OPLSAA力场
- 2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查
- 3. 在MS中设置为对应的原子编号
三、转换为Lammps可以读取的Data文件
四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件
- 1. 生成LT文件
- 2. LT文件结构
五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate
- 1. 运行Moltemplate
- 2. 生成对应的力场文件

一、MS中画出分子结构

在MS中画出自己需要的分子结构。当然也可以从其他渠道获得PDB文件，读取到MS中。

二、根据OPLSAA力场文件设置原子力场

1. OPLSAA力场

我们可以看到OPLSAA力场文件中，每一种原子对应以数字为编号的TYPE。我们根据自己的原子结构找到对应的TYPE编号。

OPLSAA文件下载
链接：请点击
提取码：1x9o

2. 根据OPLSAA力场中的原子质量进行检查

3. 在MS中设置为对应的原子编号

三、转换为Lammps可以读取的Data文件

这里采用Lammps目录下的小程序： . / l a m m p s / t o o l s / m s i 2 l m p . e x e \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe ./lammps/tools/msi2lmp.exe

根据手册执行命令，这里不再赘述（注意，测试的data文件为 t e s t . d a t a \rm test.data test.data）

四、采用Moltemplate自带工具生成Lt文件

1. 生成LT文件

Moltemplate官网链接

手册中 P 64 P64 P64 页给出了详细介绍

所以这里我们直接运行就行：（再次注意这里的只需要我们刚才生成的 t e s t . d a t a \rm test.data test.data 文件）

2. LT文件结构

运行后生成对应的 L T \rm LT LT 文件： M o l . l t \rm Mol.lt Mol.lt

五、引入OPLSAA力场并运行Moltemplate

1. 运行Moltemplate

Moltemplate.sh system.lt

2. 生成对应的力场文件

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