使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

2024-06-05 10:58:12

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通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接

https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html

对于测序深度信息，常用的有bedgraph和bigwig两种格式。对于bigwig格式，UCSC只接受URL链接，不能直接上传文件。这意味着必须先传到一个网盘上再进行分享或者上传自己的web服务器上才行，总之必须先获取一个公开的URL链接，如果有数据保密性的需求，这种格式就不太适合了。

本文主要介绍如何利用UCSC展示bedgraph格式的数据，步骤如下

1. 从bam文件得到bedgraph文件

通过bedtools可以实现，用法如下

bedtools  genomecov -ibam input.bam -bg > result.bedgraph

2. 编辑track信息

bedtools输出的bedgraph文件中，只包含了data line, 我们需要手动编辑，在文件的开头添加track line, 声明文件格式，便于UCSC基因组浏览器识别，不然会自动识别为bed格式，同时还可以添加一些基本的属性，调整显示的设置，示例如下

track type=bedGraph name=case color=0,128,0 visibility=full priority=20

3. 上传文件

在UCSC的主页上，通过My Data->Custom Tracks, 打开上传文件的链接，示意如下

选择对应的基因组版本，然后选择文件，点击Submit上传，成功后可以看到如下所示的界面

这里我上传了两个样本的数据，也可以根据情况通过add custom tracks继续上传，所有样本的数据上传完成后，点击go按钮，就可以通过基因组浏览器查看数据了，在检索中输入查看的染色体区域信息，示意如下

图中的case和control就是导入的两个样本文件，在track line中设置了不同的颜色。可以看到，在基因组浏览器中，默认还显示了很多内置的track, 可以根据自己的需求，调整每个track的显示情况，在页面下方的控制栏，可以调整每个track的显示方式

UCSC基因组浏览器也是可视化的常用工具之一，使用简单方便，更多高级的展示功能值得深入学习。

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