sge安装 centos 安装 gridengine

centos 安装 gridengine 详细操作步骤

Installation of Son of Grid Engine(SGE) on CentOS 6.7

mgt# hostnamectl set-hostname mgt.hpc.com

mgt# vi /etc/hosts

10.1.1.1 mgt mgt.hpc.com

10.1.1.101 node01 node01.hpc.com

1）源码编译：

mgt# yum -y install ant junit openssl-devel ncurses-devel pam-devel libXmu-devel hwloc java-devel javacc ant-junit csh ksh xterm perl-XML-Simple xorg-x11-fonts-ISO8859-1-100dpi xorg-x11-fonts-ISO8859-1-75dpi

mgt# yum localinstall jemalloc-*

mgt# groupadd -g 490 sgeadmin

mgt# useradd -u 490 -g 490 -r -m -d /home/sgeadmin -s /bin/bash -c "SGE Admin" sgeadmin

mgt# visudo

%sgeadmin ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL

mgt# tar zxvf sge-8.1.9.tar.gz && cd sge-8.1.9/source/

mgt# sh scripts/bootstrap.sh && ./aimk && ./aimk -man

mgt# export SGE_ROOT=/opt/gridengine && mkdir $SGE_ROOT

mgt# echo Y | ./scripts/distinst -local -allall -libs -noexit

mgt# chown -R sgeadmin.sgeadmin /opt/gridengine

2）设置SGE

mgt# cd $SGE_ROOT

mgt# ./install_qmaster

一直回车

.....

mgt# cp /opt/gridengine/default/common/settings.sh /etc/profile.d/

mgt# . /etc/profile.d/settings.sh

mgt# qconf -sh

mgt

mgt# qconf -ah node01

node01 added to administrative host list

添加管理节点为执行主机

mgt# cd $SGE_ROOT

mgt# ./install_execd

一直回车

....

开启服务

[root@hostname gridengine]# /etc/init.d/sgemaster start

Starting sgemaster: [ OK ]

[root@hostname gridengine]# /etc/init.d/sge_execd start

Starting sge_execd: [ OK ]

如果没有设置 “ SGE_ROOT ” 环境，执行命令就会收到这样的提示。

[root@hostname gridengine]# qhost

critical error: Please set the environment variable SGE_ROOT.

## for node

[root@mgt ~]# tar zcvf sge-bin.tgz /opt/gridengine/

mgt# pscp -r sge-bin.tgz node01:/root/

[root@mgt ~]# ssh node01 "tar zxvf /root/sge-bin.tgz -C /"

mgt# scp /etc/passwd node01:/etc; scp /etc/group node01:/etc

ssh node01

node01# export SGE_ROOT=/opt/gridengine && cd $SGE_ROOT

node01# chown -R sgeadmin.sgeadmin /opt/gridengine

node01# cd $SGE_ROOT; ./install_execd

一直回车

....

node01# cp /opt/gridengine/default/common/settings.sh /etc/profile.d/

node01# . /etc/profile.d/settings.sh

[root@node01 gridengine]# /etc/init.d/sgeexecd.p6444 start

sge_shepherd won't run -- dynamic library missing?

[root@node01 gridengine]#

ssh node01 "rm -rf /etc/yum.repos.d/*"

[root@mgt ~]# scp -r /etc/yum.repos.d/dvd.* node01:/etc/yum.repos.d/

[root@mgt ~]# scp -r sge/*.rpm node01:/root

[root@node01 ~]# yum localinstall *.rpm

node01# yum -y install ant junit openssl-devel ncurses-devel pam-devel libXmu-devel hwloc java-devel javacc ant-junit csh ksh xterm perl-XML-Simple xorg-x11-fonts-ISO8859-1-100dpi xorg-x11-fonts-ISO8859-1-75dpi hwloc-devel javacc db4-utils

node01# yum localinstall jemalloc-*

[root@node01 ~]# /etc/init.d/sgeexecd.p6444 start && chkconfig sgeexecd.p6444 on

Starting Grid Engine execution daemon

[root@node01 ~]#

[root@node01 ~]# qhost

HOSTNAME ARCH NCPU NSOC NCOR NTHR LOAD MEMTOT MEMUSE SWAPTO SWAPUS

----------------------------------------------------------------------------------------------

global - - - - - - - - - -

mgt lx-amd64 1 1 1 1 0.10 976.5M 333.9M 2.0G 4.2M

node01 lx-amd64 1 1 1 1 0.25 2.8G 232.7M 2.0G 0.0

[root@node01 ~]#

===================================================================================================================

配置队列

在执行安装master主机上，初始安装后是将执行主机添加到了默认的 “all.q” 队列中。在队列中的hostlist的那一行显示的执行主机名称是 “@allhosts”，这是一个主机组。需要用qconf命令编辑主机组。

[root@hostname gridengine]# qconf –sql 显示已经配置队列名称

all.q

[root@hostname gridengine]# qconf -mhgrp @allhosts

安装的时候使用默认的配置，主机组命名也是默认的。如果要使用这个名称，就必须编辑它，将主机名称加入主机组名称“@allhosts”。

[root@hostname gridengine]# qstat -f -u '*'

执行主机启动，主机列表中没有相应执行主机名称，执行qstat命令就不会看到有任何输出。

[root@hostname gridengine]# qstat -f

queuename qtype resv/used/tot. load_avg arch states

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

all.q@hostname BIP 0/0/1 0.00 lx26-amd64

到此初步配置完成：

集群控制主机、执行主机、队列、主机组

用到的命令：

qconf 配置命令

qhost 主机状态等信息

qstat 队列状态、job状态

gridengine server 常规配置过程

队列配置：

qconf –aq all.q 新增加一个队列

qconf –mq all.q 配置（修改）一个队列

qconf –dq all.q 删除一个队列

qconf –sql 显示已存在的队列

主机组配置：

qconf –ahgrp @allhosts新增加一个主机组

qconf –mhgrp @allhosts配置（修改）一个主机组

qconf –dhgrp @allhosts删除一个主机组

qconf –shgrpl 显示已存在的主机组

用户组配置：

qconf –au opusers新增加一个用户组

qconf –mu opusers配置（修改）一个用户组

qconf –du opusers删除一个用户组

qconf –sul 显示已存在的用户组

添加提交主机：

qconf -as mgt

[root@mgt ~]# echo "sleep 60" |qsub

Unable to run job: denied: host "mgt" is not a submit host

Exiting.

[root@mgt ~]

[root@mgt ~]# echo "sleep 60" |qsub

Unable to run job: job rejected: your user id 0 is lower than minimum user id 100 of cluster configuration

Exiting.

[root@mgt ~]#

## for GPU

qconf -mc

#name shortcut type relop requestable consumable default urgency

#----------------------------------------------------------------------------------------------

gpu gpu INT <= YES YES 0 0

qconf -me node02

hostname node01

load_scaling NONE

complex_values gpu=1

user_lists NONE

xuser_lists NONE

projects NONE

xprojects NONE

usage_scaling NONE

report_variables NONE

qsub -l gpu=1

[t01@mgt ~]$ echo "sleep 60" |qsub -l gpu=1

qsub: submit error (Unknown resource type Resource_List.gpu)

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