「文献」杂合基因组的策略思路

文献出处: Sequencing a Juglans regia × J. microcarpa hybrid yields high-quality genome assemblies of parental specie

文章的亮点在于通过对一个F1子代进行三代测序，之后利用BioNano组装出两个亲本的光学图谱，最后根据光学图谱从F1中拆分出两套单倍型。

杂合基因组组装的时候，通常会通过构建近交系，花粉加倍(DH)来降低杂合度。文章采用了种间杂交的方式来避免杂合。这是因为种间杂交的基因组通常包括亲本的两个单倍型，因此能够从中分离出两个亲本的单倍型基因组。种间杂交的一个优势在于，它比较容易构建。

分析策略流程图如下

文字版讲解如下：

Step1: 使用两个近源物种（都有基因组草图）进行杂交得到F1(MS1-56)，使用PacBio进行测序组装（460条contig, 1.05G, 两倍基因组大小）

Step2: 使用BioNano构建F1和两个亲本的光学图谱。

Step3: 通过自我比对（self-alignment），鉴定haploid和diploid。亲本的光学图谱包含两个部分，一个是haploid（两个单倍体因为相似而坍缩成一个)，另一个是diploid(两个单倍体因为不够相似被拆分，也就是分型(phased))。大概是下面这个效果，a表示Serr ctg4上存在两套单倍型的情况.

Step4: 将contig回帖到杂合的光学图谱上，组装成scaffolds，大小为1.06G。之后根据杂合后代光学图谱和亲本光学图谱的关系，对scaffold进行拆分。上图b,c表示的是将F1后代的光学图谱和双亲的光学图谱进行比较，来鉴定出子代中属于一方亲本的单倍型。

Step5: 上述因为太短而无法回帖到光学图谱的contig，比对到illumina组装的双亲基因组，进行区分。

Step6: 根据高密度遗传图谱对scaffold进行排序和确认方向，最终得到准染色体级别的基因组。

最后基因组还可以补洞和纠错，来提高质量，比如说10X Genomics Chicago 测序。

最后一点感想：文章利用光学图谱进行分型的思路的确很棒。但是我想的是，为啥不直接测亲本基因组，用HiC进行分型呢？

----

「文献」杂合基因组的策略思路相关推荐

「文献」多倍体植物基因组测序组装当前策略
「文献」多倍体植物基因组测序组装当前策略文献地址: Current Strategies of Polyploid Plant Genome Sequence Assembly 基因组多倍化主要发生 ...
「渗透」:一句话木马反弹shell的思路
前提:现在情况是已经上传了一句话木马,可以执行命令如:ls,pwd,whoami等:问题在于,不管用python.bash还是perl都反弹不了,偷不了懒,就上msf把. http://target- ...
从知乎「悟空」看一个成熟的Anti-Spam系统演进之路
Hi there! 距离 2015 年 4 月「悟空」正式与大家见面,已经整整三个年头了.随着知乎的不断发展壮大,过去的一段时间,「悟空」不断面临着新的考验,并持续地在优化升级.接下来跟大家系统分享一 ...
「LOJ6482」LJJ爱数数
「LOJ6482」LJJ爱数数解题思路 : 打表发现两个数 \(a, b\) 合法的充要条件是(我不管,我就是打表过的): \[ a + b = \text{gcd}(a, b)^2 \] 设 \( ...
强化学习如何真正实现任务自动化？不妨试试「两步走」策略！
导语:强化学习会是我们开启自动化之门的金钥匙吗? 雷锋网 AI 科技评论按:作为行为主义学派的重要技术,近年来,强化学习在 Atari 游戏领域大放异彩.然而,人们要想将强化学习技术真正应用于现实世界 ...
tomcat 不支持put 高版本_「MG6_DCT280」湿式七档双离合版本-性价比并不高
上汽名爵_MG6定义为「掀背式运动轿车」,设计感很有些英伦风格,性能也确实可圈可点.然而这台车只有MT版本值得选择,即使在新款升级"DCT280"湿式七档双离合变速箱后也不例外.因 ...
HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型
本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容.HaploMerger2的帮助文档写的非常好,一定要花点时间去读啊! HaploMerger2的分析流程如下重建单倍体组装中的 ...
「补课」进行时：设计模式(11)——游戏中的策略模式
1. 前文汇总「补课」进行时:设计模式系列 2. 游戏中的策略模式我是一个很喜欢玩游戏的人,周末在家打打游戏是真的很开心. 回想起来当年上大学的往昔峥嵘岁月,那时候基本上是一个人在玩游戏,背后围着 ...
8个月打磨，一份送给程序员的「分布式系统」合集
这里是Z哥的个人公众号每周五早8点按时送达当然了,也会时不时加个餐- 我的第「75」篇原创敬上整理好的文章目录在文末,可直接拉到最后是的,这份礼物最佳受众是程序员.但是,如果你不是程序员,相 ...

「文献」杂合基因组的策略思路

「文献」杂合基因组的策略思路

「文献」杂合基因组的策略思路相关推荐

最新文章

热门文章