【ORCA】QM/QM2
下载xtb
https://github.com/grimme-lab/xtb/releases
将bin/xtb复制到orca文件夹下重命名为otool_xtb
以NEB-TS为例
neb.inp
!QM/XTB2 R2SCAN-3C #H层使用R2SCAN-3C,L层使用xtb
!Fast-NEB-TS NumFreq #NEB-TS 不做振动
%pal nprocs 20 end
%maxcore 2000
%qmmm
QMAtoms {671:690} {1142:1245} end #H层原子
Charge_Total -2 #体系总电荷
Mult_Total 1 #体系总自旋
end
%geom ConstrainFragments {1} #冻结片段原子后写有(1)的原子
end
end
%neb
product "pro.xyz" #产物结构
preopt true #自动优化
end
*xyz -1 1 #此处为H层电荷与自旋N(1) -3.53286400 5.01788500 13.43498900 C(1) -2.98346000 4.92205900 12.06786000 C(1) -3.98584800 4.28435300 11.10856100 O(0) -4.36220600 4.89471300 10.10961600 C(0) -1.61251900 4.22284600 12.06919300 C(0) -0.86117000 4.29840500 10.73242500 S(0) -1.43644500 3.22526400 9.38437600 C(0) -0.92200300 1.59533100 9.99290900H(0) -3.65528100 4.09692300 13.83624400H(0) -4.44002500 5.47544200 13.41565300H(0) -2.90932900 5.54119200 14.03679300H(1) -2.82188600 5.93513100 11.70870400H(0) -0.98639300 4.72587800 12.80259500H(0) -1.71818400 3.18275900 12.37609500H(0) -0.88822000 5.33087900 10.38632500H(0) 0.18311100 4.05131800 10.92243300H(0) -1.43450300 1.36180300 10.92525100H(0) -1.17342200 0.83603700 9.25070200H(0) 0.15562700 1.58476700 10.15851600N(1) -4.41991400 3.04926600 11.38393700C(1) -5.17565700 2.21365300 10.43883600C(0) -5.16693300 0.75170400 10.94104600C(0) -6.16073100 0.52273300 12.09230700C(0) -5.44817500 -0.28839900 9.83748200C(0) -4.30056400 -0.43601100 8.83272900H(0) -4.14138300 2.61851400 12.26068400H(1) -4.63207900 2.24783300 9.49630800H(0) -4.16944700 0.54937400 11.32799000H(0) -6.02059200 1.27407200 12.86862500H(0) -7.18783200 0.57224900 11.72948500H(0) -5.99315000 -0.46218900 12.53038500H(0) -5.59982000 -1.26528300 10.29870600H(0) -6.35959900 -0.02802100 9.30462400H(0) -4.57685500 -1.19490000 8.10143900H(0) -4.11442800 0.50051900 8.31006400H(0) -3.39302700 -0.74876600 9.34804900H(1) -6.19429800 2.58079200 10.31790000C(1) -7.53158400 6.57850600 8.02874900C(1) -7.25878400 5.68946100 6.80329400O(0) -7.89955800 5.85456700 5.76887400C(0) -6.48470000 7.70097000 8.14497900C(0) -6.71062400 8.69091500 9.30274600C(0) -8.01190800 9.49877300 9.18091300O(0) -9.08324000 9.03241500 9.64084400O(0) -7.96945300 10.63795700 8.65825600H(1) -8.50184400 7.04840600 7.86308800... ....H(0) 9.96576300 4.70083600 -2.13267700
*
【ORCA】QM/QM2相关推荐
- 【BZOJ4069】[Apio2015]巴厘岛的雕塑 按位贪心+DP
[BZOJ4069][Apio2015]巴厘岛的雕塑 Description 印尼巴厘岛的公路上有许多的雕塑,我们来关注它的一条主干道. 在这条主干道上一共有 N 座雕塑,为方便起见,我们把这些雕塑从 ...
- 机器人程序设计——之如何正确入门ROS | 硬创公开课(附视频/PPT)【转】
转自:http://blog.exbot.net/archives/2966 导语:本期公开课面向想入手ROS却又不知从何下手的小伙伴,为大家梳理好学习思路. ROS和Android一样是开源的,功能 ...
- 【ECCV2020】Spatio-Temporal Graph Transformer Networks for Pedestrian Trajectory Prediction
[ECCV2020]用于行人轨迹预测的时空图 Transformer 网络 摘要 了解人群运动动力学对于现实世界的应用至关重要,例如监控系统和自动驾驶.这是具有挑战性的,因为它需要对具有社会意识的人群 ...
- 【转帖】药物设计软件【schrodinger】 all manual
药物设计软件[schrodinger] all manual Schrödinger(薛定谔)是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式:基于受体结构及配体极性的对接模式 ...
- 【转载】SAP字段与表的对应关系
MASTER DATA-主数据 Customer Master KNA1 Customer Basic Data KNB1 ...
- 【HDOJ】1008 Elevator_天涯浪子_新浪博客
[题目] http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1008 [报告] 这是我在HDOJ里看到的最水的题目,至少目前为止. 题目里已经讲得很清楚了,模拟就能过 ...
- 暑假N天乐【比赛篇】 —— 2019牛客暑期多校训练营(第五场)
以下题解包括:\(A \ \ \ B \ \ \ G \ \ \ H \ \ \ I\) 比赛地址: https://ac.nowcoder.com/acm/contest/885#question ...
- 【U8+】UFO报表制作部门资产负债表和部门利润表
[问题需求] 随着软件的强大.以及客户的需求增加, 最近有的企业要求出部门利润表,甚至是部门资产负债表. [解决方案] 首先:根据需求做好初始化, 既然要出部门的相关报表,那么就要保证所需科目勾选部门 ...
- 【技巧】带搜索的城市下拉
[技巧]带搜索的城市下拉 <!doctype html> <html> <head> <meta http-equiv="Content-Type& ...
最新文章
- web前端三大主流框架_小猿圈web前端之前端的主流框架都有哪些?
- 恢复 outlook express中的附件按钮
- 华为交换机ssh思科交换机_华为交换机 ssh 配置(极简版)
- 为了这个技术,操作系统把 CPU 害惨了!
- (进阶篇)Redis6.2.0 集群 哨兵模式_搭建_01
- Android Handler消息机制源码分析
- 2021-2025年中国电子束加速器行业市场供需与战略研究报告
- apiCloud实现加载更多效果,基本完美~
- IDEA常用的搜索快捷键
- 【MapReduce】猫眼电影数据库传输数据
- 雨季车辆天窗漏水解决银弹
- ipython notebook 如何打开.ipynb文件?
- 卸载 kubernetes
- cesium实现简单地图展示
- legend位置 pyecharts_pyecharts在手,天下我有(常用图表篇上)
- 网易云成功上市,丁磊豪掷1500万股激励员工
- 2011年7月9日参加51CTO活动Linux系统安全
- win7滚动切换窗口快捷键
- canvas系列教程04 —— 渐变、阴影、路径、状态、Canvas对象、图形重叠模式
- 一图看懂SAP仓储单位SU的应用