R语言绘制差异火山图示例

基因表达差异火山图

提到差异火山图，相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山（喷发），所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中，在基因表达层面，用于展示两组间表达量上调和下调的基因。常规的火山图中主要包含了两个重要信息，差异表达倍数（Fold Change值，简称FC，作图时会对FC进行log转化，根据logFC值的正负判断这些基因的表达量是上调了还是下调了）以及统计学显著性p值（p-value，通常是FDR校正后的p值，根据校正后p值判断基因表达量上调或下调是否具有显著性）。因此在判断差异基因时，与常规的统计学方法相比，除了p值，通常还会考虑差异倍数，即结合这两个统计结果筛选表达量显著上调或下调的基因（一般而言，差异倍数不能太小）。

如下图示例，癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。红色点代表了癌组织中表达量显著上调的基因，蓝色的点代表了表达量显著下调的基因，灰色的点或者p值未达到显著性水平，或者差异倍数太低不具生物学代表性。

作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式，差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件，作图就可以了。如上提到，limma、edgeR、DESeq2、EBSeq等方法可计算这些数值。

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