vasp和ms_武汉理工大学赵焱课题组开发脚本 MS建模一键获取VASP输入文件POSCAR
本文给大家推介并分享一个通过Materials Studio一键获取VASP输入文件POSCAR的脚本,xsd2pos.pl。此脚本是武汉理工大学首席教授赵焱在帮助学生解决VASP计算问题时编写,解决了其他间接非手动获取POSCAR存在的问题,同时也相较于其他方法更为便捷,相信会对从事VASP计算的同行们带来便利。赵焱老师怀着哺育天下学子的情怀,希望给大家分享一下。
下文介绍一下它的使用方法以及它所解决的问题,在此就不给大家介绍脚本的内容了,会编程的朋友们可自行学习。
使用方法
此脚本适用于用Materials Studio 建模获取POSCAR,操作非常简单。
(1)把xsd2pos.pl脚本直接拖至需要转化成POSCAR的xsd格式文件所在目录。示例中,我们将TiO2_single.xsd转化成POSCAR。
(2)将xsd2pos.pl打开,将第12行引号中的内容改写成需转化的xsd文件的名字。
(3)点击上图紫红色框中的三角形按钮运行脚本便生成了POSCAR文件,如下图。
解决的问题
此脚本的诞生源于赵焱老师的学生运用cel2pos.pl 脚本和Vesta生成POSCAR时不能便利地选择性固定原子。赵焱老师为了解决这个问题,花了半天时间为学生们创造了该脚本。不得不说,尽管赵焱老师作为计算化学专家,编个脚本不费吹灰之力,但在繁重的教学任务、科研任务之下,半天的时间于他而言实为珍贵。
一般大家构造表面模型时,需要选择性固定几层原子以模拟体相结构。
如下图是一个TiO2(101)表面结构模型,通过Materials Studio我们可以很轻松地按需要固定原子。该示例中选择性固定了图中标黄的原子。
运用先前大家比较熟悉的cel2pos.pl将cell文件转化为POSCAR得到的原子结构信息如图,所有的原子都不是固定的,而要手动固定将会有很大的工作量。
另外,还有一个常用的方法就是用Vesta生成POSCAR,这种方法得到的POSCAR如下图所示,这种就没有原子固定与否的信息,等同于cel2pos.pl得到的POSCAR。
而我们运用xsd2pos.pl脚本能够直接将原子固定信息写进POSCAR。如图所示,在这里需要注意一下,选择性固定原子做动力学的时候“Selective Dynamics”必须有。
现在大家知道这个脚本的厉害了吧。
该脚本诞生仅有几天时间,应广大VASP计算同行的需求,将它分享出来。可能还有错误之处没有来得及发现和纠正,如果大家在之后的应用中发现错误,请反馈给我们(邮箱:yan60@hotmail.com),不胜感激。如陈述内容有错误之处,也请大家指正,我们会虚心接受并改正。
本文系赵老师的学生何同学供稿。
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