1.导入项目的文件夹是什么名字，则source-path就配置成什么，如eclipse：WebContent，MyEclipse：WebRoot，或者是webapp都可以，这样在发布到tomcat中时，才会将文件夹下的内容发布。

<wb-resource deploy-path="/" source-path="/WebRoot"/>

2.把生成的没用的文件夹删除。

参考：eclipse 导入myeclipse web项目

在直接Import
MyEclipse的项目文件导入到Eclipse之后，需要在项目所放的workspace内修改引入项目目录下的.project文件，修改如下：
1.增加一个<buildCommand>，代码如下：

<buildCommand>

<name>org.eclipse.wst.validation.validationbuilder</name>

<arguments>

</arguments>

</buildCommand>

2.修改<natures>，修改后代码如下：

<natures>

<nature>org.eclipse.wst.common.project.facet.core.nature</nature>

<nature>org.eclipse.wst.common.modulecore.ModuleCoreNature</nature>

<nature>org.eclipse.jem.workbench.JavaEMFNature</nature>

</natures>   
之后，刷新项目工程文件。继而，右键项目——>Properties——>选择Project Facets,勾选Dynamic Web Module以及Java，在Runtime内勾选Tomcat。
然后进入项目目录，在其.settings的目录下修改org.eclipse.wst.common.component内 
<wb-resource deploy-path="/" source-path="/WebRoot"/>

1. <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

2. <project-modules id="moduleCoreId" project-version="1.5.0">

3. <wb-module deploy-name="logistics_portal">

4. <wb-resource deploy-path="/" source-path="/WebRoot" tag="defaultRootSource"/>

5. <wb-resource deploy-path="/WEB-INF/classes" source-path="/src"/>

6. <wb-resource deploy-path="/WEB-INF/classes" source-path="/test"/>

7. <property name="context-root" value="logistics_portal"/>

8. <property name="java-output-path" value="/logistics_portal/WebRoot/WEB-INF/classes"/>

9. </wb-module>

10. </project-modules>

若web module为3.0,axis2仅支持到2.5，如果需要改变将文件org.eclipse.wst.common.project.facet.core

Xml代码  

1. <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

2. <faceted-project>

3. <fixed facet="wst.jsdt.web"/>

4. <installed facet="java" version="1.6"/>

5. <installed facet="jst.web" version="2.5"/>

6. <installed facet="wst.jsdt.web" version="1.0"/>

7. </faceted-project>

然后再刷新项目工程文件，删除WebContent，即可在Tomcat中发布并运行。