PhysioBank简介
PhysioBank简介
PhysioNet(www.physionet.org)
PhysioNet提供免费的网站访问记录生理信号的数据库(PhysioBank)和相关的开源软件(PhysioToolkit)。每个月,全球约45,000访客使用PhysioNet,约4 TB的数据检索。
PhysioNetWorks工作区用来PhysioNet的社区成员将在PhysioBank和PhysioToolkit公开时,完成在建工程。
PhysioBank:目前包括多参数的心肺功能,神经,和其他生物医学信号从各种主要的公众健康的影响,包括心脏猝死,充血性心脏衰竭,癫痫,步态失调,睡眠呼吸暂停的条件与健康受试者和患者数据库 ,并老化。提供一个拥有50个心电信号的数据库,共10000个心电信号数据,数据量高达700G!而大部分数据都是免费提供的,可以从网站上直接下载。
用户可以通过网址http://physionet.org/cgi-bin/ATM,使用浏览器,在线地显示选定的心电数据,还可以将这些数据保存成文本的形式,或者发送到邮箱。
另外,用户可以通过网址http://www.physionet.org/physiobank/database/ ,来了解和查看各种数据库的入口。这些数据库大多是ECG有关的,也有步态数据库(Gait Databases)等一些非ECG的数据库,但数量不多。
每个ECG数据库都包括了一些记录(record),每个记录至少包含3个文件。后缀为.dat的是心电信号的数据文件(二进制格式),后缀为.atr的是心电信号的标注(annotation)文件,后缀为.hea的是心电信号的头(header)文件,该文件是一个文本文件,包含了心电信号数据文件的名字或者URL、存储格式、信号的类型和数量、采样频率等信息。
由于数据量较大,一些镜像站点仅仅收录了它的子集,称之为The PhysioBank Core Collection(PhysioBank核心集)。
PhysioToolkit:对于开发者而言,PhysioNet提供了一个开发包(WFDB Software Package),支持心电信号读取及分析(WFDB库),还有显示及标注(WAVE软件)。这个开发包都是开源(Open Source)的,且是跨平台的,可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS等流行的操作系统平台上使用。
如果用户想开发自己的软件用于读取PhysioBank的数据,推荐使用WFDB库,该库支持C, C++, Fortran, Java, Matlab, Perl, Python等流行的编程语言。使用该库的好处在于:如果PhysioBank的数据格式或者读取方式发生变化的话,可以很容易地升级用户的程序。
更为有用的是:WFDB提供了评估心电信号分析算法(Evaluation of ECG analyzers)的工具,这些工具尊需ANSI/AAMI EC-38和EC-57标准。包括:bxb, ecgeval, epicmp, mxm, plotstm, rxr, sumstats等。这样的话,用户就可以评估自己的算法的效率了,而不用自行编制评估程序。
参见:http://www.physionet.org/physiotools/software-index.shtml
详细的评估ECG分析算法或设备的内容。参见:
http://www.physionet.org/physiotools/wag/eval.htm
当然,如果你仍然执意要使用自己的程序来读取PhysioBank的数据,则在WFDB Applications Guide中有关于数据文件格式的详细描述。
(以上内容大部分节选翻译自:An Introduction to the PhysioBank Archives,网址:http://www.physionet.org/physiobank/physiobank-intro.shtml)
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