一般来说，面对日常处理的一些小任务，直接用 sed,grep 之类的就可以搞定，更复杂一点的就会考虑 awk 或者用一些现成的轮子，要是 awk 搞不定我就只好用 Python 了。但有些时候，我仅仅只是想写一个一次性脚本，不想打开编辑器写所谓 格式优美 的 Python 语句呢？(正如写 Perl 一样随性)

其实在 Python 中也可以使用单行命令，直接用 python -c  即可，虽然这与 Python 之禅中所说的 Readability counts 相悖，但信手拈来，随便用用还是挺方便的。

-c cmd : program passed in as string (terminates option list)

terminates option list 表示 -c 之后的其它选项不起作用，为终极选项。

例如：

python -c "print('Hello World')"

Hello World

-c 之后，要用双引号将命令包起来，import 以;结尾，命令用[]括起来，多行命令用多个[]。

python -c "import os,time;[print(i) for i in os.listdir()];[print(time.time())]"

一些比较复杂的命令复杂的命令必须要用[]括起来，否则会报错。

举个实际的例子，比如在生物信息学编程实战一文中第三题 ，hg19 基因组序列的一些探究，jimmy 老师用 Perl 单行命令做了这道题：

perl -alne '{if(/^>/){$chr=$_}else{ $A_count{$chr}+=($_=~tr/Aa//); $T_count{$chr}+=($_=~tr/Tt//);$C_count{$chr}+=($_=~tr/Cc//); $G_count{$chr}+=($_=~tr/Gg//); $N_count{$chr}+=($_=~tr/Nn//); }}END{print "$_    $A_count{$_}    $T_count{$_}    $C_count{$_}    $G_count{$_}    $N_count{$_}" foreach sort keys  %N_count}' test.fa

示例数据：

>chr_1ATCGTCGaaAATGAANccNNttGTAAGGTCTNAAccAAttGggG>chr_2ATCGAATGATCGANNNGccTAAGGTCTNAAAAGG>chr_3ATCGTCGANNNGTAATggGAAGGTCTNAAAAGG>chr_4ATCGTCaaaGANNAATGANGgggTA

结果如下：

>chr_1        13        10        7        10        4>chr_2        11        6        5        8        4>chr_3        10        6        3        10        4>chr_4        9        4        2        7        3

这题用 Python 单行命令也可以写：

cat test.fa | python -c "import sys;from Bio import SeqIO;[print(line.id,line.seq.count('A'),line.seq.count('T'),line.seq.count('C'),line.seq.count('G')) for line in SeqIO.parse(sys.stdin,'fasta')]"

这里我就用了 Biopython 来解析 fasta 格式，所以 Python 的优势就在于有众多现成的模块可以调用，减少了代码量。

再举个例子，比如一行代码转换 genbank 为 fasta ：

cat sequence.gb | python -c "import sys;from Bio import SeqIO;SeqIO.write(SeqIO.parse(sys.stdin, 'genbank'),sys.stdout,'fasta')" > sequence.fasta

关于更多 Biopython 的内容可以参见我之前的笔记：

•我的Python笔记·BioPython(一)•我的Python笔记·BioPython(二)•用 BioPython 做一些酷酷的事情(一)•用 BioPython 做一些酷酷的事情(二)

其他例子

•算术：

python -c "print(3.0/2)"

•导入模块并输出结果：

python -c "import math;print(math.sin(1))"

•使用循环输出 1-10：

python -c "for i in range(1,11):print(i)"

•使用多个循环(注意格式)：

python -c "for i, j in ((i,j) for i in range (1,11) for j in range(1,11)): print(i, j)"

•实现类似 grep 的功能，输出正则匹配的行：

echo hey | python -c "import sys,re;[sys.stdout.write(line) for line in sys.stdin if re.search('he.', line)]"

•实现类似 sed 的功能，使用正则表达式替换并输出结果：

echo hallo | python -c "import sys,re;[sys.stdout.write(re.sub('h[au]llo', 'hello', line)) for line in sys.stdin]"

•删除前两个字符：

python -c "import sys;[sys.stdout.write(' '.join(line.split(' ')[2:])) for line in sys.stdin]" < input.txt

除了使用 -c 之外，Python 还可以使用 -m 参数直接使用模块

-m mod : run library module as a script (terminates option list)

•使用 calendar 模块，输出今年的日历：

python -m calendar

•开启文件分享：

python -m http.server 8000

执行后，在本机打开 http://localhost:8000 ，或者在局域网内的其它机器上打开 http://本机ip:8000，就能访问到执行目录下的文件。

•生成 HTML 格式官方帮助文档：

python -m pydoc -p 9000

•安装 module：

python -m pip install xxx

这种写法相比于 pip install xxx ，在存在多个 Python 版本的环境中，可以精确地控制三方库的安装位置。

•创建、查看和提取 zip 格式压缩包：•-l 显示 zip 格式压缩包中的文件列表•-c 创建 zip 格式压缩包•-e 提取 zip 格式压缩包•-t 验证文件是一个有效的 zip 格式压缩包

python -m zipfile -c test.zip tmp1.txt tmp2.txtpython -m zipfile -e test.zip target-dir/python -m zipfile -l test.zip

引用链接

[1]  https://en.wikibooks.org/wiki/Python_Programming/Command-line_one-liners

[2] Python 中 -m 的典型用法、原理解析与发展演变

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