DNA分析            
JaMBW 1.1 分子生物学软件包。
ANNHYB 4.938 用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件。
Chromas 2.32 ABI格式文件显示与编辑软件。
DNAProbe 核苷酸序列设计工具。
DnaSP 4.10.9 基因多态性分析软件。
DFW 2.51 trail DNA分析软件。
Artemis R9 以Java语言写成的序列查看工具。
ACT R6 以Java语言写成的序列比较查看器。
GDA 1.1 主要用来进行不连续基因数据的统计分析。
Sequencher 4.7 Demo 序列拼接软件。
MeltCalc 2.06 自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件。
ConsInspector 3.3 DNA蛋白结合位点预测识别软件。
GenomePixelizer 2003.10.1版 帮助理解基因组中的簇基因（clustering gene）之间的相互关系的软件。
Gene Construction Kit 2.5 Demo 管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件。
GenescanView 1.2 查看基因扫描（genescan）格式.fsa文件的小软件。
Sequin 7.77 数据库GenBank, EMBL, DDBJ 查询软件。
DNAuser 1.0 DNA序列处理软件。
GenomeComp 1.3 中科院生物物理所生物信息实验室推出的可视化的微生物基因组比较工具
Apollo 1.6.5 Java语言开发的基因组注释显示编辑软件
SNPHunter 1.75 SNP（单核苷酸多态性）查找软件。
SSRHunter 1.3 SSR（Simple Sequence Repeat，即简单序列重复，又称微卫星DNA）位点查找软件。
iCE 3.5 Java语言编写的显示基因指纹图及相关数据的软件
MB6.84 免费的DNA分析软件
FinchTV 1.4 免费的DNA图谱分析软件；
Sequence Scanner v1.0 显示分析ABI基因分析仪DNA图谱数据软件，
CodonCode Aligner 2.0.1 DNA测序trace图编辑、突变分析、contig编辑、序列拼接软件。
WinGene 2.31 分析核酸序列的多用工具软件；
BioLign 4.0.6 还增加免费序列拼接软件；
PIC_Calc 0.6 多态信息含量计算程序。
SequenceViewer 1.0 DNA序列图形显示软件；
SERIAL CLONER 1.2 DNA序列分析工具软件
Xplorer 2.4.2 DNA图谱查看分析软件
生物化工 　
brd.zip 生物反应器（发酵罐）设计软件。
BioStat 4.3 BioStat B发酵罐控制程序。
PenSim v2.0 青霉素发酵模拟软件。
BioProSim 4.0 发酵实时模拟软件。
SuperPro Designer 6.0评估版 计算机辅助设计特别是生物工艺设计的软件包。
FRAE 2.01 发酵记录分析专家。
进化分析 　
phylip 3.65 进化树分析软件，并可绘制进化树。
TreeView 1.6.6 进化树处理软件。
GeneTree 1.3 比较基因与种系进化树的程序。
NDE 0.5.0 用来编辑NEXUS格式文件的程序。
TreeMap 1.0 用来可视地比较主、从进化树的程序。
Spectrum 分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件。
Phyltools 1.32 计算与处理进化树数据的软件。
tree-puzzle 5.2 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。
ATV 1.92 JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件。
TREECON 1.3b Demo 构建和绘制进化树的软件包。
ProBiosys 0.9 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件。
COMPONENT 2.0 分析进化树免费软件。
NJplot 小巧的显示进化树的免费软件NJplot。
MEGA 4.0 免费分子进化遗传分析软件
PAUP 4 PAUP的快速使用手册
TreeSAAP 3.2 蛋白序列进化分析软件；
mesquite 2.0 进化分析软件
PAL 1.51 进化分析java程序库；
Vanilla 1.2 使用PAL编写的进化分析命令行程序；
SplitsTree 4.8 JAVA程序编写的分析和显示进化数据软件；
TCS 1.21 JAVA程序所写的进化网络分析软件；
GEODIS 2.5 进化分析软件；
RDP 3b22 重组分析软件
FastME 1.0 快速精确的进化树软件；
REAP DOS下的进化分析软件包；
T-REX 4.01 进化树构建分析软件；
FSTAT 2.9.3.2 基因差异分析软件；
ProfDist 0.9.7 构建大进化树软件
STC 1.2 新的算法构建进化分析软件，
SymmeTREE 命令行差异分析软件
Phylogenetic Visualization tool 进化树显示工具
TREEFINDER 200706版 计算进化分析软件
PHASE 2.0 序列进化分析软件；
BAMBE 2.01b 分子生物进化分析软件；
MODELTEST 3.7 核苷酸替换DNA进化最优模型分析软件
MTgui 1.5 MODELTEST图形操作介面软件
Clann 3.02 以色列科学家编写进化树分析软件；
Phylogenetic Independence 2.0 进化独立性分析软件 ；
Jevtrace2 v3.12b JAVA语言写的进化分析软件；
NimbleTree 2.6 建立进化树软件；
Phyl-O-Gen 1.1 构建进化树软件；
BEAST 1.4.6 贝叶斯进化分析软件
MESA 1.9.23 宏进化分析和模拟软件；
TreeJuxtaposer 2.1 进化树比较分析软件；
TreeExplorer 2.12 进化树绘制显示软件；
TreeMe 03/2007 进化树生成和显示软件；
DNATREE 1.2 DNA序列进化分析软件
Genie 3.0 系谱间隔分析软件
Pebble v1.0 进化分析软件；
ArboDraw 进化树绘图软件
PhyloDraw 0.82 进化树绘图软件.
MrBayes 3.1.2 进化树分析软件；
Network 4.201 进化树生成软件；
PhyDE 0.993 进化数据编辑器；
PRAP 1.21 Parsimony ratchet分析软件
图像处理 　
Image Tool 3.0 科学用途的处理图像软件。
Image J 1.38 用Java语言写成的科学用途的处理图像软件。
Cross Checker 2.91 基因指纹图分析软件。
ALFmap 1.22 ALF (Amersham Pharmacia) 图像格式转换软件。
Band Leader 3.0 凝胶图像处理软件。
Scion Image 4.03 图像处理与分析工具。
OSIRIS 4.19 通用医学图像处理与分析软件。
Melanie Viewer 6.0 免费Melanie图像查看器。
TotalLab v2006c 评估版 图像分析软件。
LabImage 2.71 评估版 凝胶图像分析软件。
QuantiScan 3.0 Demo 使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。
Engauge Digitizer 4.1 图形数字化软件。可以将曲线图转化为数据与等式。
Graph Digitizer version 2.16 图形数字化软件。
Peak Explorer 2.11 处理试验图谱图像软件。
电泳图谱绘制器1.0 处理电泳图谱图像软件。
Volocity LE 4.2.1 免费显微图像处理软件。
GetData 2.22 图像数字化处理软件。
Bersoft Image Measurement 5.1 图像数字化处理软件。
DigitizeIt 1.5 图像数字化处理软件。
CellC v1.11 微生物显微图像处理软件。

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