linux非权限安装bioperl,Bioperl的简单安装

按照Bioperl上介绍的方法在linux下安装Bioperl老是安不上，或者是安装上了，但不能用，上面介绍的几种方法都试了，全不行，后面自己想了个办法，就是利用cpan只对要用到的模块进行单独安装，简单适应，如果你和我碰到了同样的问题不妨试试。

1、确定cpan能用。>perl -MCPAN -e shell

cpan>install Bundle::CPAN

cpan>q

2、升级cpan，保证安装的模块是最新的。>cpan

cpan>install Module::Build

cpan>o conf prefer_installer MB

cpan>o conf commit

cpan>q

3、安装Bioperl最重要的模块SeqIO(该模块可以实现文件格式转换，计算序列长度，blast信息提取等)，中间会有些选项要求选择，一路回车采用默认的就行了。cpan>install Bio::SeqIO

4、安装SeqFeature模块(序列特征信息的获取或解析)。cpan>install Bio::SeqFeature

5、安装GenBank模块cpan>install Bio::GenBank

6、安装AlignIO和AlignI模块(数据格式格式转换)。cpan>install Bio::AlignIO

cpan>install Bio::AlignI

7、安装DNAstatistics模块(序列统计分析，进化距离计算)。cpan>install Bio::DNAstatistics

上面是一引起常用的模块，至于其它的一些模块如果要用到就按这种方法安装就行了。

原文来自：http://bioinformation.cn/?p=411

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