Plink常见命令 --bfile --freq--recode --make-bed

2024-04-21 04:33:30

Plink常见命令

1） `--bfie`

输入的二进制Plink文件，由三个相互链接的文件组成，example.bim，example.bed、example.fam。

2）`--freq`

计算等位基因频率

3）`--out`

输出文件

4）`--recode`

将二进制文件转换为人类可读的文件集

 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu

（1）输出过程

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-9xUIqyNI-1663504756125)(https://files.catbox.moe/hahq61.png)]

Warning: 59 het. haploid genotypes present (see hapmap-ceu.hh ); many commands treat these as missing.，一个warming，这通常与X染色体伪常染色体区域的雄性杂合子calling有关。建议是检查.hh文件中的变异，如果它们都靠近X染色体的开头或结尾，使用命令——split-x来解决这个问题。

慎用，用之后报错。

（2）生成四个文件

hapmap-ceu.map
hapmap-ceu.ped
hapmap-ceu.log
hapmap-ceu.hh

5） `--make-bed`

将其他类型的数据转换成plink二进制文件。

例如，将vcf文件转换为二进制文件。

plink --vcf ALL.chr21.vcf.gz --make-bed --out test_vcf

我们提供了一个命令列表用于从不同的软件导入数据

（1） Oxford格式（do not run this example）

plink   --gen oxford_example.gen\--sample oxford_example.sample\--make-bed --out oxford_example

（2） Bgen （do not run this example）

plink   --ben bgen_example \--make-bed --out bgen_example

（3） 23andme（do not run this example）

plink   --23fle 23andme_example \--make-bed --out 23andme_example

Plink常见命令 --bfile --freq--recode --make-bed相关推荐

Plink常用命令总结
文章目录一.基本操作二.质量控制三.编码附一.基本操作 2020/05/06 更新补充一下Plink相关的几种数据格式,见下图(图片来源忘记了,在整理文档时看到就插了进来). 1.–bfi ...
ansys 常见命令集合
原文地址为: ansys 常见命令集合 APDL换行与续行- APDL规定每行72个字符如果要写表达式A＝C1+C2 (C1与C2都为表达式可以用 B=C1 A=B+C2 将一行拆成两行来做但是如 ...
我所用的一些linux常见命令
linux常见命令自用的一些命令,特地整理下来,以备以防不时之需 .. //上级目录 ./ //当前目录 / //根目录cd cd.. //返回上级目录 cd~ //home目录 cd- //返回之 ...
linux常见命令的列表
这是一个linux常见命令的列表. 那些有• 标记的条目,你可以直接拷贝到终端上而不需要任何修改,因此你最好开一个终端边读边剪切&拷贝. 所有的命令已在Fedora和Ubuntu下做了测试命 ...
python注入_python的常见命令注入威胁
ah!其实没有标题说的那么严重! 不过下面可是我们开发产品初期的一些血淋淋的案例,更多的安全威胁可以看看北北同学的<python hack>PPT,里面提及了不只命令执行的威胁,那些都是我 ...
Linux常见命令（二）
随着Linux应用的扩展许多同学开始接触Linux,根据学习Windwos的经验往往有一些茫然的感觉:不知从何处开始学起.虽然Linux桌面应用发展很快,但是命令在Linux中依然有很强的生命力.Li ...
Linux常见命令（五）——rmdir
前言 JRedu 今天我们来介绍第五个命令:rmdir . 命令英文原意:remove empty directories 命令用途: rmdir:删除空目录,非空的目录不能删除本章内容将详 ...
WPS漏洞利用工具Bully常见命令集合
WPS漏洞利用工具Bully常见命令集合 Bully是一款利用路由的WPS漏洞来破解WiFi密码工具.相比Reaver工具,Bully提升了资源使用效率,并提供了更丰富的设置选项.
ignite windows无法访问linux ignite集群_Linux常见命令
一 Linux常见命令介绍 1.Linux系统目录 (1)/ 根目录.Unix 和 Linux 中,没有盘符. 一个硬盘,一个根. (2) /bin 系统的常用命令目录. 包括控制台命令, 系统可执行 ...

最新文章

热门文章