基因组组装之GCE的使用

首先将测序获得的fragment.?.fastq文件写入一个列表并命名为read.list

read.list 文件内容如下：

紧接着

输入下图命令，估计基因组大小。

运行截图

运行后生成两个文件E_coli.log和E_coli.table

下图是使用H参数后所得结果

制作kmer图

最终结果

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